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- PDB-6b8b: E. coli LptB in complex with ADP and a novobiocin derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b8b
タイトルE. coli LptB in complex with ADP and a novobiocin derivative
要素Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
キーワードlipid transport/activator / LptB / ABC transporter / LPS transport / LIPID TRANSPORT / lipid transport-activator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-CZJ / Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Mandler, M.D. / Owens, T.W. / Lazarus, M.B. / May, J.M. / Kahne, D.K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM066174 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AI109764 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AI081059 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: The Antibiotic Novobiocin Binds and Activates the ATPase That Powers Lipopolysaccharide Transport.
著者: May, J.M. / Owens, T.W. / Mandler, M.D. / Simpson, B.W. / Lazarus, M.B. / Sherman, D.J. / Davis, R.M. / Okuda, S. / Massefski, W. / Ruiz, N. / Kahne, D.
履歴
登録2017年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32021年1月6日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _audit_author.name / _chem_comp.name ..._audit_author.name / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.42023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9794
ポリマ－27,9411
非ポリマー1,0383
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.030, 34.780, 62.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.380, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB


分子量: 27940.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lptB, yhbG, b3201, JW3168 / 発現宿主: Escherichia coli KRX (大腸菌)
参照: UniProt: P0A9V1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CZJ / (3s,5s,7s)-N-{7-[(3-O-carbamoyl-6-deoxy-5-methyl-4-O-methyl-beta-D-gulopyranosyl)oxy]-4-hydroxy-8-methyl-2-oxo-2H-1-ben zopyran-3-yl}tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane-1-carboxamide / novobiocin derivative


分子量: 586.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H38N2O10
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES pH = 6.5, 30% w/v PEG4000, 1.3mM novobiocin-adamantyl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→61.48 Å / Num. obs: 52602 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 24.27 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-22.60.6750.5240.50.84398.6
8.94-43.712.80.0340.9970.0240.04296

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ収集
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11_2567精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P32

4p32


解像度: 1.95→43.715 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.24
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2237 1528 5.06 %Random Selection
Rwork0.18 ---
obs0.1822 30170 96.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.1 Å2 / Biso mean: 38.1118 Å2 / Biso min: 11.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→43.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1817 0 120 105 2042
Biso mean--50.4 37.1 -
残基数----233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9122651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.179309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.011163
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.0130.27071560.28642482263894
2.013-2.08490.32581580.2492625278397
2.0849-2.16840.27151470.22652672281997
2.1684-2.26710.25911310.2132579271096
2.2671-2.38660.21641250.20452625275096
2.3866-2.53610.26951550.18762593274896
2.5361-2.73190.23871220.18212656277897
2.7319-3.00680.22051450.17752617276297
3.0068-3.44170.20871410.16042617275896
3.4417-4.33560.18151260.14462581270795
4.3356-43.72590.19681220.16362595271795
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07120.0965-0.15890.1091-0.08010.09950.22070.0504-0.1388-0.1519-0.1992-0.0128-0.1062-0.2627-0.00160.17620.00210.00110.162-0.0260.233-22.2327-1.383610.0977
20.0363-0.044-0.04390.0170.00120.0315-0.05290.1430.89070.05820.02690.86710.1354-0.3298-0.00010.23770.07210.05680.2875-0.06710.4436-28.84112.345116.7182
30.6065-0.02450.24020.1372-0.16750.4740.07350.0016-0.0053-0.0158-0.07730.0771-0.1049-0.0531-0.00010.1427-0.013-0.00470.1095-0.01280.1679-17.23024.238211.5288
40.1752-0.0158-0.09930.15260.03120.2418-0.0053-0.1581-0.15450.2666-0.12630.28420.3555-0.21670.00210.2115-0.0440.03830.1546-0.00360.2293-21.4225-6.706517.0641
50.22580.1722-0.18910.17110.15040.07520.1252-0.4020.0252-0.0215-0.22410.08210.11990.13460.00010.2612-0.0339-0.00320.189-0.01420.1389-9.11181.570620.6224
60.0757-0.24010.37950.1401-0.27490.3780.10690.1202-0.11370.1822-0.10540.091-0.02030.204300.2495-0.0056-0.00470.3111-0.0270.18150.6981-2.568329.0205
71.58820.69220.65170.8291-0.17021.28140.08450.7488-0.11890.09020.0887-0.07720.13110.59110.17410.22280.0449-0.01080.4587-0.03510.18535.5915-0.797122.608
80.2704-0.05820.0783-0.0040.01960.23710.0676-0.22690.0334-0.05470.0182-0.0280.05720.085-00.1293-0.02570.02740.1389-0.02580.1647-2.06486.990611.978
90.01770.0830.01480.0082-0.0071-0.00770.0492-0.0725-0.1943-0.0448-0.0935-0.0978-0.04350.0441-00.2117-0.0325-0.0110.16920.01170.27891.0017-1.58646.6173
100.11090.04960.1130.24660.17290.1196-0.1298-0.03970.17150.18980.0806-0.22460.0918-0.06040.00270.1445-0.0107-0.0140.13750.0030.2006-7.74538.48316.3303
110.1673-0.03330.09620.0459-0.03960.38460.06160.28040.0356-0.0819-0.0904-0.0092-0.0576-0.1448-0.00010.14880.01-0.00450.14590.00320.1584-16.10217.63190.0716
120.06760.0472-0.01470.0358-0.07350.05670.29690.27910.0104-0.1335-0.40980.7348-0.02490.1605-00.28360.0638-0.04570.29130.05070.243-17.650916.3589-6.6306
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:11)A2 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 12:20)A12 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 21:55)A21 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 56:76)A56 - 76
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 77:89)A77 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 90:108)A90 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 109:155)A109 - 155
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 156:177)A156 - 177
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 178:186)A178 - 186
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 187:200)A187 - 200
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 201:225)A201 - 225
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 226:232)A226 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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