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- PDB-6b7q: Crystal structure of Legionella effector protein sdeA (lpg2157) a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b7q
タイトルCrystal structure of Legionella effector protein sdeA (lpg2157) aa. 211-910
要素SdeA
キーワードCELL INVASION / Legionella / Ubiquitin / sdeD / ADPR-Ub / PR-Ub / Phosphodiesterase / mART
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / deNEDDylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deneddylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / K63-linked deubiquitinase activity / protein deubiquitination / cysteine-type peptidase activity / nucleotidyltransferase activity / host cell ...NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / deNEDDylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deneddylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / K63-linked deubiquitinase activity / protein deubiquitination / cysteine-type peptidase activity / nucleotidyltransferase activity / host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / protein ubiquitination / nucleotide binding / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SidE, DUB domain / SidE, mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE DUB domain / SidE, PDE domain / SidE phosphodiesterase (PDE) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA / SdeA
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mao, Y. / Akturk, A. / Wasilko, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM094347 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Mechanism of phosphoribosyl-ubiquitination mediated by a single Legionella effector.
著者: Akturk, A. / Wasilko, D.J. / Wu, X. / Liu, Y. / Zhang, Y. / Qiu, J. / Luo, Z.Q. / Reiter, K.H. / Brzovic, P.S. / Klevit, R.E. / Mao, Y.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SdeA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,97411
ポリマ－79,9681
非ポリマー2,00610
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area32380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.806, 80.616, 85.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SdeA


分子量: 79967.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6RCR0, UniProt: Q5ZTK4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: PEG 8,000 9%, 0.1M Hepes pH7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→80.51 Å / Num. obs: 18728 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.278 % / Net I/σ(I): 7.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→80.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 16.151 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.198 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24078 2111 4.8 %RANDOM
Rwork0.19504 ---
obs0.19731 41829 96.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 49.494 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20.19 Å2
2--0.63 Å2-0 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→80.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5338 0 10 170 5518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0195447
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8131.9487358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.871311887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6055664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.24824.801277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.7515972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0471533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4662.9482665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4642.9472664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9384.4063326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9374.4083327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6323.1962782
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6323.1982783
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2874.674033
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.5823.6776509
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.54623.5486463
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 118 -
Rwork0.291 2543 -
obs--80.05 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.5678 Å / Origin y: 6.1323 Å / Origin z: 54.0249 Å
111213212223313233
T0.4121 Å2-0.0068 Å2-0.2177 Å2-0.0224 Å2-0.0038 Å2--0.1207 Å2
L0.2007 °2-0.2684 °2-0.1411 °2-0.7437 °20.11 °2--0.1354 °2
S-0.0545 Å °-0.011 Å °0.0429 Å °0.0665 Å °0.0626 Å °-0.096 Å °0.0131 Å °-0.0185 Å °-0.008 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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