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- PDB-6b5g: ALDH1A2 liganded with NAD and (3-ethoxythiophen-2-yl){4-[4-nitro-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b5g
タイトルALDH1A2 liganded with NAD and (3-ethoxythiophen-2-yl){4-[4-nitro-3-(pyrrolidin-1-yl)phenyl]piperazin-1-yl}methanone (compound 6-118)
要素Retinal dehydrogenase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / retinoic acid signaling / male contraception / drug discovery / drug development / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


determination of bilateral symmetry / regulation of vascular endothelial cell proliferation / 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / retinoic acid biosynthetic process / retinal dehydrogenase / ureter maturation / embryonic camera-type eye development / pituitary gland development / morphogenesis of embryonic epithelium ...determination of bilateral symmetry / regulation of vascular endothelial cell proliferation / 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / retinoic acid biosynthetic process / retinal dehydrogenase / ureter maturation / embryonic camera-type eye development / pituitary gland development / morphogenesis of embryonic epithelium / RA biosynthesis pathway / proximal/distal pattern formation / vitamin A metabolic process / retinal metabolic process / neural crest cell development / hindbrain development / embryonic digestive tract development / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal binding / pancreas development / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / embryonic forelimb morphogenesis / response to vitamin A / cardiac muscle tissue development / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / anterior/posterior pattern specification / neural tube development / midgut development / blood vessel development / face development / response to retinoic acid / heart morphogenesis / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / response to cytokine / liver development / kidney development / lung development / neuron differentiation / response to estradiol / protein homotetramerization / cell population proliferation / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CQY / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Retinal dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chen, Y. / Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HHSN275201300017C 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)U54HD04245 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of ALDH1A2 Inhibition by Irreversible and Reversible Small Molecule Inhibitors.
著者: Chen, Y. / Zhu, J.Y. / Hong, K.H. / Mikles, D.C. / Georg, G.I. / Goldstein, A.S. / Amory, J.K. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2017年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinal dehydrogenase 2
B: Retinal dehydrogenase 2
C: Retinal dehydrogenase 2
D: Retinal dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,05812
ポリマ－216,6824
非ポリマー4,3768
水12,827712
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24700 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area58250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.600, 140.520, 164.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Retinal dehydrogenase 2 / RalDH2 / Aldehyde dehydrogenase family 1 member A2 / Retinaldehyde-specific dehydrogenase type 2 / RALDH(II)


分子量: 54170.602 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 26-518 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A2, RALDH2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3) / 参照: UniProt: O94788, retinal dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-CQY / (3-ethoxythiophen-2-yl){4-[4-nitro-3-(pyrrolidin-1-yl)phenyl]piperazin-1-yl}methanone


分子量: 430.521 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26N4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 40 mg/mL ALDH1A2, 0.2 M sodium citrate tribasic dehydrate, 20% w/v PEG3350, 1.3 mM 6-118, 4 mM NAD, 10% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月22日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→51.112 Å / Num. obs: 98817 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.395 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 13.89 / Num. measured all: 730750 / Scaling rejects: 235
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.47.3380.5634.516347822747222780.9070.60697.9
2.4-2.67.6140.3576.7412214016294160410.9630.38398.4
2.6-2.87.60.258.868994412017118340.9810.26898.5
2.8-37.5550.17511.6667530904689390.990.18898.8
3-47.3940.08219.6516752922879226570.9970.08899
4-57.1610.04829.8958570824381790.9990.05299.2
5-67.1040.04728.0826006367036610.9980.0599.8
6-106.9650.03930.6628126405440380.9990.04299.6
10-206.4020.03432.996658104210400.9990.03799.8
20-51.1125.1270.04726.917691691500.9960.05488.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575_2575精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6ALJ

6alj


解像度: 2.2→51.112 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2686 988 1 %
Rwork0.2026 97802 -
obs0.2033 98790 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.66 Å2 / Biso mean: 30.8121 Å2 / Biso min: 13.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→51.112 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15244 0 296 712 16252
Biso mean--34.38 32.38 -
残基数----1972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83421548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8359416
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1999-2.31590.34351390.2669136821382198
2.3159-2.4610.31271390.2491137851392498
2.461-2.6510.30411390.2374138111395098
2.651-2.91780.31311400.2365138521399299
2.9178-3.33990.27551420.2146140021414499
3.3399-4.20760.27241420.1773141301427299
4.2076-51.12540.20341470.1646145401468799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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