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万見
- PDB-6b5c: Structural Basis for Katanin Self-Assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b5c
タイトルStructural Basis for Katanin Self-Assembly
要素Katanin p60 ATPase-containing subunit A-like 1
キーワードCELL CYCLE / Katanin / AAA ATPase / Microtubule severing protein
機能・相同性
機能・相同性情報


katanin complex / microtubule-severing ATPase / microtubule severing ATPase activity / microtubule severing / cytoplasmic microtubule organization / isomerase activity / spindle / spindle pole / microtubule cytoskeleton / microtubule binding ...katanin complex / microtubule-severing ATPase / microtubule severing ATPase activity / microtubule severing / cytoplasmic microtubule organization / isomerase activity / spindle / spindle pole / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / spermatogenesis / microtubule / centrosome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Katanin p60 subunit A-like 1, chordates / : / : / Katanin p60 subunit A1, MIT domain / Katanin p60 subunit A1 / Vps4 oligomerisation, C-terminal / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain ...Katanin p60 subunit A-like 1, chordates / : / : / Katanin p60 subunit A1, MIT domain / Katanin p60 subunit A1 / Vps4 oligomerisation, C-terminal / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Katanin p60 ATPase-containing subunit A-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nithianantham, S. / Al-Bassam, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110283 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for disassembly of katanin heterododecamers.
著者: Nithianantham, S. / McNally, F.J. / Al-Bassam, J.
履歴
登録2017年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Katanin p60 ATPase-containing subunit A-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8172
ポリマ－34,6231
非ポリマー1941
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.100, 61.190, 117.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Katanin p60 ATPase-containing subunit A-like 1 / Katanin p60 subunit A-like 1 / p60 katanin-like 1


分子量: 34622.879 Da / 分子数: 1 / 変異: E308Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KATNAL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BW62, EC: 3.6.4.3
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M TRIS pH 8.0 and 18% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月28日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→58.81 Å / Num. all: 11932 / Num. obs: 11932 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 41.74 Å2 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.094 / Net I/av σ(I): 5.8 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 73593
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.534.30.5691.4731717130.3290.6970.5692.199.4
2.53-2.685.60.4021.9900816050.1970.470.4023.6100
2.68-2.876.60.2832.7996215170.1270.3280.2835.3100
2.87-3.16.90.1794.1974614200.0780.2070.1797.9100
3.1-3.396.80.1076.6888713110.0470.1230.10711.7100
3.39-3.796.80.087.8810011890.0350.0910.0816.2100
3.79-4.386.80.0659.7731210780.0280.0720.06519.4100
4.38-5.376.60.0688.660769160.030.0770.06820.3100
5.37-7.596.20.0926.345397300.0410.1040.09217.6100
7.59-58.815.80.05410.226464530.0240.0610.0542199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B5D

6b5d


解像度: 2.4→58.81 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2531 620 5.22 %Random selection
Rwork0.2151 11268 --
obs0.2171 11888 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.52 Å2 / Biso mean: 54.3312 Å2 / Biso min: 21.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→58.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2319 0 13 53 2385
Biso mean--78.13 51.17 -
残基数----293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5023183
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8271478
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.64160.32551500.263927622912
2.6416-3.02380.33291580.25927512909
3.0238-3.80960.24681500.212528112961
3.8096-58.82760.21641620.193129443106
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.4383 Å / Origin y: 35.447 Å / Origin z: 73.3184 Å
111213212223313233
T0.2066 Å20.0069 Å20.0338 Å2-0.3052 Å2-0.0147 Å2--0.255 Å2
L0.2762 °20.1705 °20.238 °2-2.383 °2-0.3234 °2--0.5617 °2
S0.0132 Å °-0.064 Å °-0.0148 Å °0.0709 Å °-0.0335 Å °0.0051 Å °0.07 Å °0.0099 Å °0.0157 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA184 - 490
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 53
3X-RAY DIFFRACTION1allA501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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