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万見
- PDB-6b58: FrdA-SdhE assembly intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b58
タイトルFrdA-SdhE assembly intermediate
要素
  • FAD assembly factor SdhE
  • Fumarate reductase flavoprotein subunit
キーワードFLAVOPROTEIN / FrdA / assembly intermediate / complex / respiration
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex II assembly / fumarate reductase complex / succinate dehydrogenase activity / fermentation / succinate metabolic process / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / anaerobic electron transport chain / anaerobic respiration / bacterial-type flagellum assembly ...respiratory chain complex II assembly / fumarate reductase complex / succinate dehydrogenase activity / fermentation / succinate metabolic process / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / anaerobic electron transport chain / anaerobic respiration / bacterial-type flagellum assembly / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / DNA damage response / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Flavinator of succinate dehydrogenase / Flavinator of succinate dehydrogenase / Flavinator of succinate dehydrogenase superfamily / Flavinator of succinate dehydrogenase / Fumarate reductase, flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA ...: / Flavinator of succinate dehydrogenase / Flavinator of succinate dehydrogenase / Flavinator of succinate dehydrogenase superfamily / Flavinator of succinate dehydrogenase / Fumarate reductase, flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / MALONATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Fumarate reductase flavoprotein subunit / FAD assembly factor SdhE / FAD assembly factor SdhE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.611 Å
データ登録者Sharma, P. / Iverson, T.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM061606 米国
Department of Veterans AffairsBX001077 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of an assembly intermediate of respiratory Complex II.
著者: Sharma, P. / Maklashina, E. / Cecchini, G. / Iverson, T.M.
履歴
登録2017年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate reductase flavoprotein subunit
B: FAD assembly factor SdhE
C: Fumarate reductase flavoprotein subunit
D: FAD assembly factor SdhE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,18126
ポリマ－146,3344
非ポリマー2,84722
水1,13563
1
A: Fumarate reductase flavoprotein subunit
B: FAD assembly factor SdhE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,65315
ポリマ－73,1672
非ポリマー1,48613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23760 Å2
手法PISA
2
C: Fumarate reductase flavoprotein subunit
D: FAD assembly factor SdhE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,52811
ポリマ－73,1672
非ポリマー1,3619
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.640, 63.330, 175.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Fumarate reductase flavoprotein subunit


分子量: 63477.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00363, fumarate reductase (quinol)
#2: タンパク質 FAD assembly factor SdhE


分子量: 9689.108 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P64561, UniProt: P64559*PLUS

-
非ポリマー , 8種, 85分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 90 mM Bis-Tris pH 5.5, 100 mM NH4CH3COO, 20% PEG 10,000 and 50mM NaMalonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 41620 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 11.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KF6

1kf6


解像度: 2.611→37.153 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2547 2025 4.87 %
Rwork0.1914 --
obs0.1946 41598 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.611→37.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9308 0 188 63 9559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06813105
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1336594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6113-2.67660.29841230.25492561X-RAY DIFFRACTION88
2.6766-2.74890.34851490.27262825X-RAY DIFFRACTION97
2.7489-2.82980.41661500.27422823X-RAY DIFFRACTION97
2.8298-2.92110.35271130.26232875X-RAY DIFFRACTION97
2.9211-3.02550.34141410.23262872X-RAY DIFFRACTION98
3.0255-3.14650.29871360.2222857X-RAY DIFFRACTION98
3.1465-3.28970.31581510.22152845X-RAY DIFFRACTION97
3.2897-3.4630.26081630.20512588X-RAY DIFFRACTION89
3.463-3.67980.27071370.17572845X-RAY DIFFRACTION97
3.6798-3.96360.20411440.16792927X-RAY DIFFRACTION99
3.9636-4.36190.23211600.162893X-RAY DIFFRACTION99
4.3619-4.99180.2181750.15732892X-RAY DIFFRACTION98
4.9918-6.28420.23531500.19052880X-RAY DIFFRACTION97
6.2842-37.15680.21211330.17512890X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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