PDB-6b4a: Crystal structure of the C-Terminal Domain of Doublecortin (TgDCX...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b4a

タイトル

Crystal structure of the C-Terminal Domain of Doublecortin (TgDCX) from Toxoplasma gondii ME49

要素

Doublecortin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Structural Genomics / SSGCID / Toxoplasma gondii / Doublecortin / TgDCX / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular signal transduction
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Bmc Mol Cell Biol / 年: 2020
タイトル: A doublecortin-domain protein of Toxoplasma and its orthologues bind to and modify the structure and organization of tubulin polymers.
著者: Leung, J.M. / Nagayasu, E. / Hwang, Y.C. / Liu, J. / Pierce, P.G. / Phan, I.Q. / Prentice, R.A. / Murray, J.M. / Hu, K.

履歴

登録	2017年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	2vh7-d 1gxt-d 1gh5-d 5cuk-d 3ld7-2 5vk1-3 6gc5-3 4rtw-2 3fe7-d 4z88-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-TogoA.17199.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Doublecortin

B: Doublecortin

ヘテロ分子

24.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Doublecortin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Doublecortin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.860, 53.230, 96.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Doublecortin 分子量: 12222.916 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 148-243 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 株: ATCC 50861 / VEG / 遺伝子: BN1205_078130 / プラスミド: TogoA.17199.a.B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A086LLU6, UniProt: B6KAS6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.5 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Rigaku Reagents PACT screen, optimized condition e6: 24.09% (w/v) PEG 3350, 50 mM sodium formate: TogoA.17199.a.B3.PW38274 at 15 mg/mL: cryo: 20% EG: tray 293956a11: puck utu4-1. For phasing, ...詳細: Rigaku Reagents PACT screen, optimized condition e6: 24.09% (w/v) PEG 3350, 50 mM sodium formate: TogoA.17199.a.B3.PW38274 at 15 mg/mL: cryo: 20% EG: tray 293956a11: puck utu4-1. For phasing, a crystal from Rigaku Reagents PACT screen condition e6 (18% (w/v) PEG 3350, 200 mM sodium formate) was soaked in reservoir plus 20% 2.5 M NaI in ethylene glycol and vitrified. Anomalous data was collected at the home source. Tray 292844e6: puck hly3-2.

結晶

マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.5 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Rigaku Reagents PACT screen, optimized condition e6: 24.09% (w/v) PEG 3350, 50 mM sodium formate: TogoA.17199.a.B3.PW38274 at 15 mg/mL: cryo: 20% EG: tray 293956a11: puck utu4-1. For phasing, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月3日

放射

モノクロメーター: Rigaku Varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→35.725 Å / Num. obs: 13417 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.112 % / B_iso Wilson estimate: 30.77 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 0.997 / Net I/σ(I): 17.97

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	3.916	0.557	2.65	980	0.842	0.645	99.8
2.05-2.11	4.42	0.459	3.57	929	0.89	0.523	99.3
2.11-2.17	4.95	0.338	4.99	931	0.939	0.379	100
2.17-2.24	5.328	0.271	6.58	886	0.967	0.301	99.9
2.24-2.31	5.513	0.246	7.23	878	0.968	0.272	99.9
2.31-2.39	6.146	0.213	8.63	827	0.986	0.232	99.9
2.39-2.48	6.95	0.221	9.1	820	0.988	0.239	99.9
2.48-2.58	7.064	0.179	10.86	777	0.989	0.193	99.9
2.58-2.7	6.98	0.149	13.06	763	0.992	0.161	99.9
2.7-2.83	7.057	0.123	14.73	739	0.996	0.133	100
2.83-2.98	7.043	0.087	19.73	674	0.997	0.094	99.9
2.98-3.16	7.052	0.072	22.36	657	0.998	0.078	100
3.16-3.38	7.035	0.058	26.99	632	0.999	0.062	100
3.38-3.65	6.825	0.048	34.19	578	0.999	0.052	100
3.65-4	6.593	0.038	41.93	540	0.999	0.041	99.8
4-4.47	6.599	0.032	49.41	491	0.999	0.034	100
4.47-5.16	6.757	0.029	49.6	437	0.999	0.031	99.8
5.16-6.32	6.701	0.033	43.61	384	0.999	0.035	100
6.32-8.94	6.408	0.027	45.65	309	1	0.029	100
8.94-35.725	5.449	0.021	55.13	185	1	0.023	95.4

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: EP_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PHENIX	dev_2499	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
ARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→35.725 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2607	1423	10.64 %
R_work	0.1857	-	-
obs	0.1935	13372	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.67 Å² / B_iso mean: 45.6687 Å² / B_iso min: 16.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→35.725 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1463	0	6	104	1573
B_iso mean	-	-	55.3	45.29	-
残基数	-	-	-	-	186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1518
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.784	2068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	222
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	271
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.252	907

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.0002-2.0716	0.3229	122	0.2477	1185	1307
2.0716-2.1546	0.3387	144	0.2303	1165	1309
2.1546-2.2526	0.3211	124	0.2254	1173	1297
2.2526-2.3714	0.2836	139	0.2024	1176	1315
2.3714-2.5199	0.3079	158	0.2103	1169	1327
2.5199-2.7144	0.2623	149	0.2056	1174	1323
2.7144-2.9874	0.2948	151	0.1994	1181	1332
2.9874-3.4194	0.2731	149	0.1885	1202	1351
3.4194-4.307	0.23	133	0.1573	1227	1360
4.307-35.7304	0.2212	154	0.1667	1297	1451

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.3683	-4.8389	2.9922	6.3893	-2.8443	7.2092	0.3455	1.0177	0.355	-0.6324	-0.6939	-1.2955	-0.1118	0.3255	0.4342	0.6773	0.0572	0.1916	0.4251	0.0553	0.378	36.6091	-1.2602	1.3407
2	0.1576	0.3975	0.759	0.8091	1.5418	2.8243	-0.2133	0.8	0.3394	-0.9436	-0.1573	0.5991	-0.9104	-1.4543	-0.4428	1.1382	0.4817	0.0723	0.9176	0.2305	-0.484	25.4879	9.641	4.2387
3	4.7022	2.4598	5.2309	6.3392	3.518	5.9199	0.3515	1.3915	-0.3646	-0.8891	0.4483	-1.9133	-0.2468	1.3781	-0.8634	0.8475	0.0683	0.431	0.7239	0.0556	0.6252	43.6497	0.2388	1.4436
4	2.8226	1.309	2.7123	6.84	1.0225	2.7901	-0.6205	0.5741	-0.3905	-0.6379	0.9235	0.3399	-0.9745	0.5628	-0.2621	0.5348	-0.0828	0.091	0.543	0.1223	0.5954	42.4083	6.7078	6.7612
5	2.4913	0.4411	2.1165	1.8263	1.4842	2.6783	-0.6015	-0.3537	1.6674	-0.757	-0.1659	-0.4008	-1.8194	-0.566	0.5827	0.6391	0.0317	-0.0617	0.3388	-0.0671	0.7207	37.8533	12.9361	10.4728
6	2.7906	0.821	3.564	2.56	-1.4196	7.2645	0.1145	-0.4485	-0.7132	0.2167	-0.2819	-0.3452	0.6666	0.2447	0.1862	0.3804	0.0004	0.0304	0.3218	0.0333	0.3335	33.9131	-1.2781	14.0387
7	4.9903	4.6286	4.305	4.3992	4.1606	3.9986	-0.021	-0.512	-1.1197	-0.4715	-0.3171	-1.1563	1.1119	0.6834	0.3801	0.4774	0.1325	0.0844	0.4992	0.1373	0.4864	39.2494	-6.9715	6.5616
8	7.6773	-3.2687	-1.8745	9.2944	-2.4163	1.7766	0.21	-0.4924	0.3031	-0.0455	-0.1975	-0.7069	-0.2824	0.1178	0.0849	0.2734	-0.018	0.0276	0.3568	-0.0031	0.1851	31.1869	5.3004	11.9575
9	8.7972	-2.0586	-1.6242	5.6484	-5.0944	8.0602	0.1351	0.6279	-0.5668	-1.0312	-0.1732	0.6138	-0.3279	-1.3695	0.0412	0.4428	0.0707	-0.1091	0.4666	0.0024	0.2337	21.3171	3.7138	8.5408
10	1.8989	1.1324	1.3425	1.1274	1.9078	6.7289	0.4938	-0.648	-0.1029	1.2468	-0.0665	-0.3822	-0.144	0.3969	-0.1719	0.5507	-0.0539	-0.0909	0.3229	-0.0244	0.257	21.1731	1.5735	35.0754
11	1.174	-0.5489	-2.3383	8.2609	0.0293	5.5889	-0.4516	-0.259	0.0851	0.9813	0.0051	1.0753	0.5809	-1.0881	0.1591	0.4376	-0.0559	0.0834	0.4404	0.0106	0.2966	13.183	-1.2492	31.8379
12	1.2394	-0.1046	2.3282	4.4372	3.0639	7.2939	0.2073	-0.2092	-0.4338	1.7151	0.4022	-1.0499	0.9286	1.0832	-0.4387	0.8996	0.1204	-0.476	0.5313	-0.074	0.9033	32.2636	-4.9745	35.5953
13	3.622	3.452	-3.9859	3.5268	-3.9407	7.2423	0.3128	-0.6959	-0.4574	1.0409	-0.4667	-0.4954	0.529	0.2031	0.304	0.496	-0.0214	-0.0874	0.3088	0.0729	0.4011	24.2565	-8.23	30.0847
14	3.7841	-0.2067	-0.7175	6.4169	-1.5212	6.8502	-0.1495	0.0666	-0.2907	-0.3911	0.0779	-0.3052	0.3906	0.2067	0.0551	0.1578	-0.0056	-0.0053	0.1882	-0.0096	0.1757	21.3158	-0.8935	22.5582
15	6.9579	-1.4243	2.8557	5.9583	-1.279	7.254	0.0246	0.2571	0.0859	-0.0369	-0.1272	-0.3649	-0.0428	0.4166	0.0548	0.2804	-0.0371	0.0129	0.1834	0.0397	0.1815	20.9605	1.7389	25.7489
16	3.6562	1.3628	2.5822	7.1817	-2.3525	4.0293	-0.0902	-0.5344	0.7389	0.7478	-0.0222	1.3559	-0.5987	-1.4791	-0.3874	0.326	0.0797	0.1201	0.4404	0.0423	0.441	9.6071	7.4416	27.0986

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 148 through 158 )	A	148 - 158
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 159 through 166 )	A	159 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 167 through 177 )	A	167 - 177
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 178 through 189 )	A	178 - 189
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 190 through 197 )	A	190 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 198 through 209 )	A	198 - 209
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 210 through 216 )	A	210 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 217 through 229 )	A	217 - 229
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 230 through 239 )	A	230 - 239
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 149 through 158 )	B	149 - 158
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 159 through 171 )	B	159 - 171
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 172 through 177 )	B	172 - 177
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 178 through 189 )	B	178 - 189
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 190 through 209 )	B	190 - 209
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 210 through 229 )	B	210 - 229
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 230 through 242 )	B	230 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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