PDB-2vh7: Crystal structure of human common-type acylphosphatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vh7

タイトル

Crystal structure of human common-type acylphosphatase

要素

ACYLPHOSPHATASE-1

キーワード

HYDROLASE / ACETYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

acylphosphatase / acylphosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Yeung, R.C.Y. / Lam, Y. / Wong, K.B.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: A Rigidifying Salt-Bridge Favors the Activity of Thermophilic Enzyme at High Temperatures at the Expense of Low-Temperature Activity.
著者: Lam, S.Y. / Yeung, R.C.Y. / Yu, T. / Sze, K. / Wong, K.B.

履歴

登録	2007年11月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月1日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vh7.cif.gz	33.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vh7.ent.gz	22.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vh7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vh7_validation.pdf.gz	347.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vh7_full_validation.pdf.gz	347.7 KB	表示
XML形式データ	2vh7_validation.xml.gz	3 KB	表示
CIF形式データ	2vh7_validation.cif.gz	4.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/2vh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/2vh7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w4cC 2w4dC 2w4pC 2acyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fea-1 5umm-2 5vk1-3 5vk1-5 4rxz-2 6hfa-2 2acy-d 3dac-1 4rxz-1 1ylb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ACYLPHOSPHATASE-1

11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.577, 47.235, 57.261
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ACYLPHOSPHATASE-1 / ACYLPHOSPHATE PHOSPHOHYDROLASE 1 / ACYLPHOSPHATASE / ORGAN-COMMON TYPE ISOZYME / ERYTHROCYTE ISOZYME 分子量: 11277.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P07311, acylphosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 10%(V/V) 2-PROPANOL, 20%(W/V) PEG 4000, 0.1 M NA HEPES BUFFER PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.45
検出器	タイプ: RIGAKU-MSC / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→17.7 Å / Num. obs: 20888 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1.45 / 冗長度: 4.28 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 2.97 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ACY

2acy

解像度: 1.45→36.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 1.392 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	1074	5.1 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.209	19814	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.87 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→36.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	761	0	0	118	879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	788
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.325	1.939	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.617	3	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.845	5	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.177	24.872	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.451	15	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.952	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	674
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.065	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.271	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.172	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.043	1.5	608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.194	2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.09	3	387
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.979	4.5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.564	90	-
R_work	0.482	1345	-
obs	-	-	94.04 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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