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- PDB-6b3p: Crystal structure of CBMbc (family CBM26) from Eubacterium rectal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b3p
タイトルCrystal structure of CBMbc (family CBM26) from Eubacterium rectale Amy13K in Complex with Maltoheptaose
要素Amy13K
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate Binding Module / Amylase / Starch / Gut Microbiome / Eubacterium rectale
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Starch-binding module 26 / Starch-binding module 26 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / alpha-maltotetraose / FORMIC ACID / Glycosidases
類似検索 - 構成要素
生物種Eubacterium rectale DSM 17629 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Cockburn, D.W. / Wawrzak, Z. / Perez Medina, K. / Koropatkin, N.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
University of Michigan Gastrointestinal Peptides Research CenterDK034933 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
Michigan Economic Development Corporation and the Michigan Technology Tri-Corridor085P1000817 米国
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Novel carbohydrate binding modules in the surface anchored alpha-amylase of Eubacterium rectale provide a molecular rationale for the range of starches used by this organism in the human gut.
著者: Cockburn, D.W. / Suh, C. / Medina, K.P. / Duvall, R.M. / Wawrzak, Z. / Henrissat, B. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2017年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年2月19日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / computing / entity / pdbx_nonpoly_scheme / refine / reflns / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_alt_id / _chem_comp.type ..._atom_site.label_alt_id / _chem_comp.type / _computing.structure_refinement / _entity.src_method / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_percent_reflns_obs / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.percent_possible_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amy13K
B: Amy13K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,11741
ポリマ－45,9082
非ポリマー4,21039
水9,944552
1
A: Amy13K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,03620
ポリマ－22,9541
非ポリマー2,08219
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint47 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
2
B: Amy13K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,08221
ポリマ－22,9541
非ポリマー2,12820
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.200, 134.200, 231.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-745-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Amy13K


分子量: 22953.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eubacterium rectale DSM 17629 (バクテリア)
遺伝子: ERE_20420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4JJZ5

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 587分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 60% Tacsimate, 0.1 M Bis-Tris Propane, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→28.15 Å / Num. obs: 81845 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1781 / Net I/σ(I): 10.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLM7.1.2データ削減
Aimless0.5.8データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B15

6b15


解像度: 2.01→28.15 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 1998 2.44 %
Rwork0.184 --
obs0.184 81782 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→28.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3234 0 279 552 4065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9334840
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0851245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.392554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.06030.30381370.29775571X-RAY DIFFRACTION99
2.0603-2.11590.30331410.2745579X-RAY DIFFRACTION99
2.1159-2.17820.27651390.27075601X-RAY DIFFRACTION99
2.1782-2.24850.25091410.24515601X-RAY DIFFRACTION100
2.2485-2.32880.26381420.24185636X-RAY DIFFRACTION100
2.3288-2.4220.23821410.22315622X-RAY DIFFRACTION100
2.422-2.53210.23791420.21995665X-RAY DIFFRACTION100
2.5321-2.66550.23231400.21245649X-RAY DIFFRACTION100
2.6655-2.83240.22291430.20315670X-RAY DIFFRACTION100
2.8324-3.05090.1971430.19765718X-RAY DIFFRACTION100
3.0509-3.35740.18071440.1715735X-RAY DIFFRACTION100
3.3574-3.84220.14651440.15175774X-RAY DIFFRACTION100
3.8422-4.83680.15281470.12965847X-RAY DIFFRACTION100
4.8368-28.1810.16911540.15456116X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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