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- PDB-6b2u: Crystal structure of Xanthomonas campestris OleA H285N with Cerulenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b2u
タイトルCrystal structure of Xanthomonas campestris OleA H285N with Cerulenin
要素3-oxoacyl-[ACP] synthase III
キーワードTRANSFERASE / Thiolase / OleA / Condensation / Cerulenin
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CER / : / Acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Jensen, M.R. / Goblirsch, B.R. / Esler, M.A. / Christenson, J.K. / Mohamed, F.A. / Wackett, L.P. / Wilmot, C.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008700 米国
BioTechnology Institute1000014885 10866 MNT11 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The role of OleA His285 in substrate coordination of long-chain acyl-CoA
著者: Jensen, M.R. / Goblirsch, B.R. / Esler, M.A. / Christenson, J.K. / Mohamed, F.A. / Wackett, L.P. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0993
ポリマ－38,8181
非ポリマー2802
水48627
1
A: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1976
ポリマ－77,6372
非ポリマー5604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area5300 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.516, 90.516, 69.793
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[ACP] synthase III


分子量: 38818.402 Da / 分子数: 1 / 変異: H285N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (strain ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25) (バクテリア)
株: ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25 / 遺伝子: fabH, XCC0212 / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PDX2
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CER / (2S, 3R)-3-HYDROXY-4-OXO-7,10-TRANS,TRANS-DODECADIENAMIDE / CERULENIN


分子量: 225.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO3 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 % / Mosaicity: 0.28 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% PEG 4000, 105 MM MANGANESE CHLORIDE, 100 MM MES PH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月19日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→29.51 Å / Num. obs: 20876 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.04-2.0990.77314710.7510.2640.81895.5
9.11-29.518.50.0262640.9990.0090.02896.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.14データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER2.7.0位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S21

3s21


解像度: 2.04→29.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 10.39 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1048 5 %RANDOM
Rwork0.1786 ---
obs0.1812 19822 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.08 Å2 / Biso mean: 50.006 Å2 / Biso min: 20.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å2-0.08 Å2-0 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→29.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2509 0 9 27 2545
Biso mean--71.68 38.49 -
残基数----331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192588
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.9693507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67335742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5235335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.50524.299107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.92915446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.351518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02501
LS精密化 シェル解像度: 2.045→2.098 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 77 -
Rwork0.258 1306 -
all-1383 -
obs--90.04 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.2706 Å / Origin y: -0.802 Å / Origin z: -3.635 Å
111213212223313233
T0.1354 Å2-0.0661 Å2-0.0375 Å2-0.0593 Å20.0121 Å2--0.0182 Å2
L0.5029 °20.2679 °2-0.0455 °2-1.1088 °2-0.6206 °2--0.3764 °2
S-0.1433 Å °0.067 Å °0.0346 Å °-0.2511 Å °0.2017 Å °0.1026 Å °0.1213 Å °-0.0992 Å °-0.0585 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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