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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vxd | ||||||
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Title | Crystal structure of Xanthomonas campestris OleA E117A | ||||||
![]() | 3-oxoacyl-[ACP] synthase III | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Thiolase / Condensation | ||||||
Function / homology | ![]() acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jensen, M.R. / Wilmot, C.M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: OleA Glu117 is key to condensation of two fatty-acyl coenzyme A substrates in long-chain olefin biosynthesis. Authors: Jensen, M.R. / Goblirsch, B.R. / Christenson, J.K. / Esler, M.A. / Mohamed, F.A. / Wackett, L.P. / Wilmot, C.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 215.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 467.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5vxeC ![]() 5vxfC ![]() 5vxgC ![]() 5vxhC ![]() 5vxiC ![]() 4ku3S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 38784.406 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E117A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25 / Gene: fabH, XCC0212 / Plasmid: pET28b+ / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q8PDX2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.89 % / Mosaicity: 0.262 ° |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.2 Details: 16% PEG 8000, 105 mM potassium phosphate dibasic, 100 mM sodium citrate pH 4.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 30, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03317 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.96→50 Å / Num. obs: 52682 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.068 / Net I/av σ(I): 11.8 / Net I/σ(I): 11.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4KU3 Resolution: 1.968→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.774 / SU ML: 0.105 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.141 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.39 Å2 / Biso mean: 33.923 Å2 / Biso min: 7.06 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.968→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.968→2.019 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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