PDB-6b2h: P38A/T216I mutant of the HIV-1 capsid protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b2h

タイトル

P38A/T216I mutant of the HIV-1 capsid protein

要素

HIV-1 capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV-1 capsid protein / hexamer / P38A/T216I mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / viral process / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Gres, A.T. / Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Multidisciplinary studies with mutated HIV-1 capsid proteins reveal structural mechanisms of lattice stabilization.
著者: Gres, A.T. / Kirby, K.A. / McFadden, W.M. / Du, H. / Liu, D. / Xu, C. / Bryer, A.J. / Perilla, J.R. / Shi, J. / Aiken, C. / Fu, X. / Zhang, P. / Francis, A.C. / Melikyan, G.B. / Sarafianos, S.G.

履歴

登録	2017年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b2h.cif.gz	106.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b2h.ent.gz	81.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ay9C 6ayaC 6b2gC 6b2iC 6b2jC 6b2kC 4xfxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6b2j-1 6b2g-1 4xfx-1 6axx-1 6axw-1 6mqa-1 6axs-1 5w4o-1 5w4p-1 6mqp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (3) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HIV-1 capsid protein

ヘテロ分子

26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HIV-1 capsid protein

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z	1
crystal symmetry operation	6_555	x-y,x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.242, 92.242, 57.735
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	HIV-1 capsid protein 分子量: 25616.443 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 133-363 / 変異: P38A, T216I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.56 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03319 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→46.8 Å / Num. obs: 8764 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 15.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.71	9.3	0.804	1037	0.791	0.273	0.85	98.4
8.99-46.79	9	0.049	230	0.997	0.018	0.053	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.35 Å	46.79 Å
Translation	5.35 Å	46.79 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.31	データスケーリング
Blu-Ice		データ収集
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
Aimless	0.5.31	データ削減
PHASER	2.7.17	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XFX

4xfx

解像度: 2.6→46.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 34.12 / SU ML: 0.329 / SU R Cruickshank DPI: 0.6489 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.649 / ESU R Free: 0.295
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	521	5.9 %	RANDOM
R_work	0.2003	-	-	-
obs	0.2029	8242	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 184.92 Å² / B_iso mean: 97.797 Å² / B_iso min: 58.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.65 Å²	-0.32 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→46.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1700	0	12	34	1746
B_iso mean	-	-	115.92	76.52	-
残基数	-	-	-	-	219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.266	1.958	2375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.925	3	3797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.817	5	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.549	24.865	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.73	15	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.751	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	320
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	49.941	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	49.25	5	8

LS精密化シェル

解像度: 2.596→2.663 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	33	-
R_work	0.377	583	-
all	-	616	-
obs	-	-	97.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5936	-5.5369	1.5402	23.4889	-7.7454	2.8394	0.1765	-0.4988	-0.0479	0.0936	-0.5075	-0.6745	-0.3598	0.7111	0.331	0.9161	-0.3647	-0.1482	1.3674	0.3636	0.4854	2.3179	-11.8433	18.8621
2	6.164	4.2639	1.8776	10.5844	-13.894	30.9057	1.685	-0.079	-0.7492	1.3219	-0.3269	0.1148	0.1728	0.8614	-1.3581	0.5539	0.1306	0.0273	0.488	0.114	0.5744	-3.1877	-11.3089	13.4235
3	7.5612	-5.7542	-3.7234	13.116	8.4513	16.9583	-0.0307	0.3779	1.1509	-0.4452	0.0882	-0.1929	-1.5961	0.2468	-0.0575	0.2683	-0.0037	0.0002	0.4037	0.082	0.6011	-0.8295	-13.4048	-3.005
4	18.6547	5.277	4.2605	1.5099	1.2131	0.9839	-0.1785	0.3556	-0.8428	-0.1556	0.24	-0.1638	-0.1373	0.0409	-0.0615	0.6568	0.1358	0.0292	0.4011	0.1968	0.7449	4.1731	-20.274	-9.5209
5	12.0328	-0.1207	4.5968	15.1618	-2.4405	6.4403	-0.2821	0.6608	0.2433	0.1511	0.0075	-0.4972	-0.2298	-0.1861	0.2746	0.2914	-0.0491	-0.015	0.3622	0.0293	0.4978	6.2857	-19.4196	0.4682
6	0.8491	-0.8399	0.0979	5.9298	2.8146	7.7355	-0.0292	-0.0431	0.1245	0.2105	-0.0927	-0.1783	-0.3145	0.17	0.1219	0.2919	-0.0237	0.0384	0.3619	0.0441	0.4631	-4.6031	-22.9986	0.9832
7	0.9858	-0.9575	2.1621	7.2228	-6.8911	25.4498	-0.2138	-0.0602	-0.3771	0.4599	0.0604	-0.2834	0.6787	0.0672	0.1534	0.3806	-0.0036	0.0896	0.3378	0.0241	0.4705	-1.8605	-37.8889	8.2715
8	0.5465	-2.133	1.02	8.4864	-4.103	2.0283	-0.3063	-0.1268	-0.2402	1.0992	0.6255	0.7313	-0.3544	-0.2471	-0.3192	0.8692	0.1406	0.1459	0.7116	-0.0028	0.5184	-10.7591	-36.1678	28.1745
9	3.2582	-1.6008	-10.8401	2.1239	6.074	37.5347	0.0013	-0.3601	0.0121	0.5887	0.0683	-0.081	0.4463	0.5007	-0.0696	0.5305	-0.0244	0.0839	0.503	-0.0979	0.4611	-6.7784	-31.6526	20.246
10	1.4401	-2.7842	-0.1778	6.6759	-2.0354	4.7455	-0.4359	-0.2206	0.0225	0.8825	0.5553	0.0633	-0.8191	-0.4036	-0.1194	0.6472	0.0333	-0.0072	0.3639	-0.0725	0.53	-7.9688	-24.4886	16.657
11	4.7996	-0.2855	5.1368	0.9229	-4.7038	26.9992	0.1485	-1.2315	0.4717	0.108	-0.2517	0.0229	-0.0187	0.0839	0.1032	0.9489	0.1237	-0.0553	0.4979	-0.0102	0.4852	1.3636	-25.8154	17.9278
12	13.0834	-1.2549	-16.7651	2.6874	4.7858	25.4451	-0.2247	-0.4641	-0.4379	0.1954	0.1296	-0.3954	0.512	0.796	0.0951	0.3222	0.0375	0.008	0.3995	0.1002	0.5338	4.4398	-30.6761	1.2968
13	24.6546	-3.0928	-13.1003	0.3909	1.6889	9.985	-0.1823	0.7634	-0.2732	0.0386	-0.0907	0.0665	0.3821	-1.3426	0.273	0.5166	0.0395	0.0897	0.4533	-0.0025	0.455	12.8131	-33.0465	-13.8362
14	17.4204	-5.2498	0.4237	1.6155	-0.4373	3.0207	0.3648	0.3314	-0.517	-0.1383	-0.1432	0.169	-0.0832	0.2784	-0.2216	0.6272	-0.0775	0.1237	0.529	0.0062	0.394	27.7133	-25.1865	-22.5515
15	8.8684	2.556	-3.3263	5.8085	-5.9003	11.292	0.0106	0.1706	0.5413	-0.3813	-0.2466	0.069	-0.2807	0.4785	0.236	0.358	0.0351	0.0194	0.3212	0.0554	0.3659	22.6013	-24.5061	-13.7703
16	10.7472	-5.4107	7.2515	16.8129	-2.4689	4.9953	0.1271	-0.1837	-1.0894	-0.1983	0.643	1.9303	0.1703	-0.0389	-0.7701	0.3625	0.0026	0.174	0.4718	0.049	0.5915	15.3777	-31.611	-5.1209
17	21.5586	-4.015	-9.9972	8.5218	0.9373	10.6334	-0.2971	-0.2783	-0.047	0.4741	-0.1764	-0.5221	0.0134	0.5221	0.4736	0.4148	-0.0069	-0.0306	0.3042	0.0583	0.3873	24.1872	-35.4222	-3.4972
18	4.3227	9.2246	-3.0219	20.6166	-7.6586	3.7	-0.0908	0.2058	-0.5226	-0.828	-0.1395	-1.0036	0.8446	0.5852	0.2303	0.5423	0.3531	0.0704	0.5877	0.0302	0.5351	29.6247	-32.6585	-13.8663
19	15.963	-0.1484	1.4104	9.3165	3.2358	1.2609	0.0095	0.3249	-0.5756	-0.1223	0.0512	-0.3902	-0.0852	-0.0162	-0.0607	0.5763	0.1699	0.1033	0.5466	0.059	0.4208	38.0937	-28.9938	-15.6024
20	8.0975	0.0488	-7.2467	7.7218	-1.3798	19.3888	0.2346	0.1736	0.5437	-0.7389	0.3625	-0.2275	-0.0587	1.6039	-0.5971	0.2751	0.0124	0.0048	0.4788	0.0431	0.5147	35.2744	-20.3709	-12.2814

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 17
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	18 - 27
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	28 - 34
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	35 - 44
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	45 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	68 - 85
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	86 - 93
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	94 - 104
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	105 - 118
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	119 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	132 - 142
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	143 - 153
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	154 - 161
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	162 - 172
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	173 - 178
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	179 - 185
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	186 - 195
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	196 - 209
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	210 - 221

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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