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万見
- PDB-6b27: Crystal structure of human STAC2 Tandem SH3 Domains (296-411) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b27
タイトルCrystal structure of human STAC2 Tandem SH3 Domains (296-411) in complex with a CaV1.1 II-III loop peptide
要素
  • SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
キーワードPROTEIN BINDING / Excitation-contraction coupling / ion channel adaptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


skeletal muscle adaptation / positive regulation of voltage-gated calcium channel activity / extraocular skeletal muscle development / positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / myoblast fusion / endoplasmic reticulum organization / NCAM1 interactions / I band ...skeletal muscle adaptation / positive regulation of voltage-gated calcium channel activity / extraocular skeletal muscle development / positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / myoblast fusion / endoplasmic reticulum organization / NCAM1 interactions / I band / voltage-gated calcium channel complex / neuromuscular junction development / cellular response to caffeine / skeletal muscle contraction / calcium ion import across plasma membrane / voltage-gated calcium channel activity / small molecule binding / skeletal muscle fiber development / striated muscle contraction / release of sequestered calcium ion into cytosol / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / T-tubule / skeletal system development / sarcoplasmic reticulum / molecular function activator activity / muscle contraction / calcium ion transmembrane transport / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / sarcolemma / calcium ion transport / calmodulin binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Stac2, SH3 domain / STAC1/2/3 / Unstructured on SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2 / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain ...Stac2, SH3 domain / STAC1/2/3 / Unstructured on SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2 / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1S subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / SH3 Domains / Voltage-dependent channel domain superfamily / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Wong King Yuen, S.M. / Van Petegem, F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-119608 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into binding of STAC proteins to voltage-gated calcium channels.
著者: Wong King Yuen, S.M. / Campiglio, M. / Tung, C.C. / Flucher, B.E. / Van Petegem, F.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
B: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
C: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
D: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
E: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
F: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
G: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
H: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
I: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
J: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
K: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
L: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,46922
ポリマ－90,63012
非ポリマー83910
水11,169620
1
A: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
G: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3935
ポリマ－15,1052
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area7640 Å2
手法PISA
2
B: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
H: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2013
ポリマ－15,1052
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7780 Å2
手法PISA
3
C: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
I: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2013
ポリマ－15,1052
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7710 Å2
手法PISA
4
D: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
J: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2013
ポリマ－15,1052
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area7800 Å2
手法PISA
5
E: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
K: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2725
ポリマ－15,1052
非ポリマー1673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area7420 Å2
手法PISA
6
F: SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2
L: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2013
ポリマ－15,1052
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.920, 114.650, 144.678
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
SH3 and cysteine-rich domain-containing protein 2 / 24b2/STAC2 / Src homology 3 and cysteine-rich domain-containing protein 2


分子量: 13471.185 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 296-411 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZMT1
#2: タンパク質・ペプチド
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 3 / skeletal muscle / Voltage-gated ...Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 3 / skeletal muscle / Voltage-gated calcium channel subunit alpha Cav1.1


分子量: 1633.799 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 747-760 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13698
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 2.24M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→35 Å / Num. obs: 83341 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 301764
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.73-1.783.60.49368660.7660.2940.5770.91899.6
1.78-1.843.60.36868640.8490.2210.4320.95599.2
1.84-1.93.50.27268170.8640.1660.321.06398.3
1.9-1.983.80.23168930.9080.1350.2691.09799.6
1.98-2.073.70.17468900.9430.1020.2031.04299.4
2.07-2.183.60.12568960.9760.0740.1461.08799.4
2.18-2.323.50.14268210.8240.0860.1671.06298.4
2.32-2.493.80.08469740.9910.0490.0981.08699.6
2.49-2.753.70.07369460.9860.0430.0851.09999.5
2.75-3.143.60.04669770.9970.0270.0531.03198.8
3.14-3.963.70.03670930.8840.0210.0421.01599.6
3.96-353.50.02373040.9980.0140.0270.93298.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.358 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.11
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2163 4075 4.9 %RANDOM
Rwork0.1786 ---
obs0.1804 79187 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.63 Å2 / Biso mean: 24.436 Å2 / Biso min: 12.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å2-0 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5797 0 42 620 6459
Biso mean--55.94 32.25 -
残基数----744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.026135
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9351.9688352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.045312970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0095779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.99824.3300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.237151000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6941549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021259
LS精密化 シェル解像度: 1.731→1.776 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 270 -
Rwork0.255 5842 -
all-6112 -
obs--99.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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