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万見
- PDB-6b20: Crystal structure of a complex between G protein beta gamma dimer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b20
タイトルCrystal structure of a complex between G protein beta gamma dimer and an inhibitory Nanobody regulator
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 2
  • Nanobody against G protein beta gamma dimer
キーワードSIGNALING PROTEIN / Beta propeller / G protein / G protein coupled receptor-signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / eye photoreceptor cell development / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor ...Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / eye photoreceptor cell development / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / phototransduction / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / intracellular protein localization / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Few Secondary Structures / Irregular / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain ...Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Few Secondary Structures / Irregular / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Gulati, S. / Kiser, P.D. / Palczewski, K.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Targeting G protein-coupled receptor signaling at the G protein level with a selective nanobody inhibitor.
著者: Gulati, S. / Jin, H. / Masuho, I. / Orban, T. / Cai, Y. / Pardon, E. / Martemyanov, K.A. / Kiser, P.D. / Stewart, P.L. / Ford, C.P. / Steyaert, J. / Palczewski, K.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
D: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
E: Nanobody against G protein beta gamma dimer
F: Nanobody against G protein beta gamma dimer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,23218
ポリマ－113,1976
非ポリマー3512
水7,134396
1
A: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
F: Nanobody against G protein beta gamma dimer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5989
ポリマ－56,5983
非ポリマー06
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21570 Å2
手法PISA
2
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
D: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
E: Nanobody against G protein beta gamma dimer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6349
ポリマ－56,5983
非ポリマー356
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area21720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.660, 77.230, 101.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUASNASNAA3 - 3401 - 338
21GLUGLUASNASNBC3 - 3401 - 338
12GLUGLUPHEPHECB11 - 645 - 58
22GLUGLUPHEPHEDD11 - 645 - 58
13GLNGLNSERSEREE1 - 1141 - 114
23GLNGLNSERSERFF1 - 1141 - 114

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
Guanine nucleotide-binding protein ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37212.680 Da / 分子数: 2 / 変異: V71L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62871
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 / Transducin gamma chain


分子量: 7130.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina / 参照: UniProt: P02698

-
抗体 , 1種, 2分子 EF

#3: 抗体 Nanobody against G protein beta gamma dimer


分子量: 12255.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6 / Variant (発現宿主): (Su-)

-
非ポリマー , 3種, 408分子

#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 25-30% (w/v) PEG 3350 in 0.1-0.2 M Bis-Tris-HCl, pH 5.5-5.7, and 0.2-0.3 M MgCl2
PH範囲: 5.5-5.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→47.82 Å / Num. obs: 42434 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.31 % / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 6.28
反射 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / 冗長度: 4.43 % / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 3268 / CC1/2: 0.507 / Rpim(I) all: 1.77 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A0R

1a0r


解像度: 2.34→47.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 12.768 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.263 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24906 2234 5 %RANDOM
Rwork0.20034 ---
obs0.20283 42434 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.181 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å2-1.95 Å2
2--3.38 Å2-0 Å2
3----1.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.34→47.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7872 0 12 396 8280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0198031
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.94310864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.988316872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.10751025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31223.862378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.897151377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7181568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021693
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6375.0864082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6355.0854081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6357.6165095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6347.6175096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8695.523949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8695.523949
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1058.095764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.9794.835620
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.96694.79935607
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A215080.07
12B215080.07
21C30000.1
22D30000.1
31E68900.04
32F68900.04
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.401 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 163 -
Rwork0.363 3096 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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