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万見
- PDB-6b1z: Crystal Structure of Glutamate-tRNA Synthetase from Elizabethking... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b1z
タイトルCrystal Structure of Glutamate-tRNA Synthetase from Elizabethkingia anophelis
要素Glutamate--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / Elizabethkingia anophelis / Glutamate--tRNA ligase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamate-tRNA ligase, bacterial/mitochondrial / Glutamyl-tRNA synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding / Anticodon binding domain / : / Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Glutamyl-trna Synthetase; Domain 2 ...Glutamate-tRNA ligase, bacterial/mitochondrial / Glutamyl-tRNA synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding domain, subdomain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding / Anticodon binding domain / : / Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Glutamyl-trna Synthetase; Domain 2 / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 3 / Glutamyl-tRNA Synthetase; Domain 3 / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Glutamate--tRNA ligase / Glutamate--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of glutamyl-tRNA synthetase from Elizabethkingia anopheles and E. meningosepticum.
著者: Brooks, L. / Subramanian, S. / Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Myler, P.J. / Asojo, O.A.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,83225
ポリマ－58,6371
非ポリマー1,19524
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.170, 99.780, 132.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glutamate--tRNA ligase / Glutamyl-tRNA synthetase / GluRS


分子量: 58636.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis (バクテリア)
遺伝子: gltX, AYC66_05715 / プラスミド: ElanA.01348.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1T3FQP0, UniProt: A0A077E909*PLUS, glutamate-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: ElanA.01348.a.B1.PW38250 at 18.25 mg/ml was mixed 1:1 with JCSG+ (a5): 0.2 M magnesium formate, 20% (w/v) PEG-3350, cryoprotected with 20% ethylene glycol. Tray: 292004a5, puck: qrh6-5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.441 Å / Num. obs: 83273 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.052 % / Biso Wilson estimate: 20.07 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rrim(I) all: 0.039 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 26.47 / Num. measured all: 503995 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.646.120.463.5137374610861070.9090.503100
1.64-1.696.1140.374.4336279593459340.9370.404100
1.69-1.746.150.2955.5835462577057660.9580.32399.9
1.74-1.796.1420.2337.1934354559455930.9710.254100
1.79-1.856.1390.1819.2333527546454610.9820.19899.9
1.85-1.916.1340.13512.3132374528352780.9910.14799.9
1.91-1.986.1140.10116.1931242511951100.9940.1199.8
1.98-2.076.0970.07820.9329821491148910.9960.08699.6
2.07-2.166.0620.06225.7928692474447330.9980.06899.8
2.16-2.266.0530.05230.0627256452045030.9980.05799.6
2.26-2.396.0270.04534.4225797429342800.9990.0599.7
2.39-2.536.0180.03939.4424353407140470.9990.04399.4
2.53-2.75.9780.03543.4122997386838470.9990.03999.5
2.7-2.925.9810.03148.4221352360635700.9990.03499
2.92-3.25.9940.02554.7119745332232940.9990.02899.2
3.2-3.585.9350.02360.4717828301830040.9990.02599.5
3.58-4.135.9570.0265.52159182687267210.02299.4
4.13-5.065.9160.01867.22135532296229110.0299.8
5.06-7.165.8020.01765.92105891826182510.01999.9
7.16-44.4415.1380.0264.035482109110670.9990.02297.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JA2

2ja2


解像度: 1.6→44.441 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2106 1941 2.39 %
Rwork0.1778 79158 -
obs0.1786 81099 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.3 Å2 / Biso mean: 32.6223 Å2 / Biso min: 12.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→44.441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3838 0 77 579 4494
Biso mean--54.78 40.51 -
残基数----495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7635495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051594
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5512455
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5999-1.63990.26131250.21095241536691
1.6399-1.68430.24391280.19755328545693
1.6843-1.73380.2281320.19545387551994
1.7338-1.78980.23971370.20055472560996
1.7898-1.85380.2141340.20095577571197
1.8538-1.9280.26021390.18995627576698
1.928-2.01570.20541420.18455700584299
2.0157-2.1220.21461400.18135708584899
2.122-2.2550.20721420.18665751589399
2.255-2.42910.22031410.18285744588599
2.4291-2.67350.2191420.1825775591799
2.6735-3.06020.23321430.1835824596799
3.0602-3.85520.19131440.16765883602799
3.8552-44.45860.1911520.161561416293100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8734-1.273-0.74723.7332-0.5472.67050.00230.074-0.1240.12640.00260.2327-0.0597-0.24910.00320.12770.0105-0.00580.1436-0.00710.123844.106234.5488117.9989
20.9953-0.12950.32270.8688-0.48521.4046-0.08620.01460.00450.07110.10130.142-0.0463-0.2469-0.00350.11630.00160.03110.14930.01130.170632.053149.557102.5877
30.1399-0.54140.17862.8667-1.17060.70350.0459-0.0035-0.0058-0.1625-0.03540.03520.10480.00350.00780.1436-0.0126-0.01310.17970.00010.137650.363220.4011115.1423
40.9688-1.36070.40762.1416-0.10861.5865-0.4168-0.5098-0.77150.2584-0.1704-0.57861.00790.55260.00320.63270.14190.15510.42820.24230.620962.5409-17.734125.7549
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 65 )A2 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 201 )A66 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 202 through 424 )A202 - 424
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 425 through 501 )A425 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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