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万見
- PDB-6b17: Design of a short thermally stable alpha-helix embedded in a macr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b17
タイトルDesign of a short thermally stable alpha-helix embedded in a macrocycle
要素Capped-strapped peptide
キーワードDE NOVO PROTEIN / De Novo design / constrained peptide
機能・相同性3,3'-dimethyl-1,1'-biphenyl
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Wu, H. / Acharyya, A. / Wu, Y. / Liu, L. / Jo, H. / Gai, F. / DeGrado, W.F.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2018
タイトル: Design of a Short Thermally Stable alpha-Helix Embedded in a Macrocycle.
著者: Wu, H. / Acharyya, A. / Wu, Y. / Liu, L. / Jo, H. / Gai, F. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2017年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年3月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capped-strapped peptide
B: Capped-strapped peptide
E: Capped-strapped peptide
F: Capped-strapped peptide
D: Capped-strapped peptide
C: Capped-strapped peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,76812
ポリマ－8,6746
非ポリマー1,0946
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area5470 Å2
2
A: Capped-strapped peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6282
ポリマ－1,4461
非ポリマー1821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Capped-strapped peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6282
ポリマ－1,4461
非ポリマー1821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: Capped-strapped peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6282
ポリマ－1,4461
非ポリマー1821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
F: Capped-strapped peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6282
ポリマ－1,4461
非ポリマー1821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: Capped-strapped peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6282
ポリマ－1,4461
非ポリマー1821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
C: Capped-strapped peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6282
ポリマ－1,4461
非ポリマー1821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.758, 35.583, 38.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Capped-strapped peptide


分子量: 1445.716 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-B0I / 3,3'-dimethyl-1,1'-biphenyl / 3,3′-ジメチルビフェニル


分子量: 182.261 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M Na3Cit, 0.6 M NH4H2PO4, pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月25日
放射モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.79
11-H, -K, H+L20.21
反射解像度: 1.25→38.1 Å / Num. obs: 21799 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 1366 / % possible all: 58.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NMR model

解像度: 1.25→16.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.172 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.009 / ESU R Free: 0.008 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14762 1064 4.9 %RANDOM
Rwork0.13221 ---
obs0.13302 20733 90.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.233 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.05 Å20 Å216.59 Å2
2---2.92 Å20 Å2
3---3.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.25→16.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数588 0 90 138 816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.019714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2582.17962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9283.0081584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.974576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg18.33514.61526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0071584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.9851520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7981.44334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7961.437332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0932.166414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.092.165414
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0981.702380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0971.701381
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4792.469547
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.09719.485833
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.11118.155792
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.57831434
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.136577
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.92151475
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 61 -
Rwork0.189 891 -
obs--53.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3128-0.20360.18270.6182-0.19760.35640.00410.0072-0.0005-0.0284-0.0098-0.00810.00810.01010.00570.0078-0.0006-0.00310.0099-0.00080.00474.5234-17.6532-9.0174
20.6061-0.2968-0.28011.42920.5840.78670.00550.02390.0056-0.03680.0002-0.0043-0.0062-0.0262-0.00570.00790.0005-0.00530.012300.0043-4.8412-16.8516-8.0298
30.0466-0.019-0.03620.71170.56920.61210.0094-0.0076-0.00790.0273-0.02680.03440.0238-0.04140.01750.0083-0.002-0.00130.01390.00010.0054-10.501-16.77241.1004
40.14890.01630.09610.3660.02380.14730.0077-0.00120.00190.0152-0.00090.01330.0063-0.0077-0.00680.0087-0.0006-0.00370.0109-0.00050.0038-6.1793-17.72919.7272
50.45140.34970.10691.1495-0.12340.19350.00810.0003-0.00970.0624-0.0139-0.0658-0.0020.01130.00590.01180.0019-0.00690.011-0.00020.00734.8195-18.235110.5939
60.2426-0.45090.22911.7984-1.13810.9179-0.0329-0.02450.03190.03570.011-0.0732-0.0187-0.01380.02190.00810.0013-0.00480.0128-0.00110.00849.4786-16.60240.9096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION1A101
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 14
4X-RAY DIFFRACTION2B101
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 14
6X-RAY DIFFRACTION3C101
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 14
8X-RAY DIFFRACTION4D101
9X-RAY DIFFRACTION5E1 - 14
10X-RAY DIFFRACTION5E101
11X-RAY DIFFRACTION6F1 - 14
12X-RAY DIFFRACTION6F101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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