[日本語] English
万見
- PDB-6b11: TylHI in complex with native substrate 23-deoxy-5-O-mycaminosyl-t... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b11
タイトルTylHI in complex with native substrate 23-deoxy-5-O-mycaminosyl-tylonolide (23-DMTL)
要素20-oxo-5-O-mycaminosyltylactone 23-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / tylosin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


20-oxo-5-O-mycaminosyltylactone 23-monooxygenase / antibiotic metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CGM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 20-oxo-5-O-mycaminosyltylactone 23-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces fradiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者DeMars, M.D. / Sherman, D.H. / Podust, L.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM078553 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TylHI in complex with native substrate 23-deoxy-5-O-mycaminosyl-tylonolide (23-DMTL)
著者: DeMars, M.D. / Sherman, D.H. / Podust, L.M.
履歴
登録2017年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 20-oxo-5-O-mycaminosyltylactone 23-monooxygenase
B: 20-oxo-5-O-mycaminosyltylactone 23-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,11524
ポリマ－95,6022
非ポリマー3,51422
水4,216234
1
A: 20-oxo-5-O-mycaminosyltylactone 23-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,86817
ポリマ－47,8011
非ポリマー2,06716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 20-oxo-5-O-mycaminosyltylactone 23-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2477
ポリマ－47,8011
非ポリマー1,4466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.730, 109.240, 150.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 20-oxo-5-O-mycaminosyltylactone 23-monooxygenase / Cytochrome P-450 monooxygenase TylH1


分子量: 47800.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYS 41 is spontaneously oxidized to sulfenic acid (CSO)
由来: (組換発現) Streptomyces fradiae (バクテリア)
遺伝子: tylH1, tylHI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZHQ1, EC: 1.14.13.186
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CGM / (4R,5S,6S,7R,9R,11E,13E,15S,16R)-16-ethyl-4-hydroxy-5,9,13,15-tetramethyl-2,10-dioxo-7-(2-oxoethyl)-1-oxacyclohexadeca-11,13-dien-6-yl 3,6-dideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-glucopyranoside


分子量: 581.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H51NO9
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 14% PEG MME 550, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 6 mM glutathione
Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→88.47 Å / Num. obs: 69968 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.63
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.74 / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 7210 / % possible all: 69.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.74 Å149.83 Å
Translation5.74 Å149.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FOI

5foi


解像度: 1.99→88.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.829 / SU ML: 0.129 / SU R Cruickshank DPI: 0.1577 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.153
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 3507 5 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
obs0.1962 66461 95.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.87 Å2 / Biso mean: 46.516 Å2 / Biso min: 19.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2--1.73 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→88.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5847 0 281 234 6362
Biso mean--45.27 49.28 -
残基数----768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0196316
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9662.0298620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.915313875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1325778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.15622.815270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34715932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0691564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021399
LS精密化 シェル解像度: 1.985→2.037 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 199 -
Rwork0.362 3565 -
all-3764 -
obs--70.61 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る