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- PDB-1pkf: Crystal Structure of Epothilone D-bound Cytochrome P450epoK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pkf
タイトルCrystal Structure of Epothilone D-bound Cytochrome P450epoK
要素cytochrome p450EpoK
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME P450EPOK / HEME-ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


epothilone biosynthetic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 還元型鉄-硫黄タンパク質を片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EPOTHILONE D / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Epothilone C/D epoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sorangium cellulosum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nagano, S. / Li, H. / Shimizu, H. / Nishida, C. / Ogura, H. / Ortiz de Montellano, P.R. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of Epothilone D-bound, Epothilone B-bound, and Substrate-free Forms of Cytochrome P450epoK
著者: Nagano, S. / Li, H. / Shimizu, H. / Nishida, C. / Ogura, H. / Ortiz de Montellano, P.R. / Poulos, T.L.
履歴
登録2003年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytochrome p450EpoK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9323
ポリマ－46,8231
非ポリマー1,1082
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.430, 60.430, 252.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 cytochrome p450EpoK


分子量: 46823.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sorangium cellulosum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KIZ4
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-EPD / EPOTHILONE D / (E)-エポチロンD


分子量: 491.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H41NO5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: PEG 550, Glycine, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 23K
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111 %PEG550 MME1reservoir
20.05 Mglycine1reservoirpH8.4

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月27日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 25935 / % possible obs: 96.2 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 33.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1348 / % possible all: 96.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 27331 / Num. measured all: 167058
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 5.421 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1329 4.9 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.22 25935 --
obs0.22 25935 95.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.099 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å20 Å20 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----2.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3175 0 77 200 3452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213326
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.442.0244524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81937226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3185402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.3802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2730.33656
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.51918
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2520.5285
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3380.316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3130.351
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3970.511
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.43822013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.53833245
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61121313
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.38231279
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.357 82
Rwork0.3 1890
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.273 / Rfactor Rwork: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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