PDB-6b0a: Crystal structure of Pfs25 in complex with the transmission block...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b0a

タイトル

Crystal structure of Pfs25 in complex with the transmission blocking antibody 1269

要素

1269 antibody, heavy chain
1269 antibody, light chain
25 kDa ookinete surface antigen

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Transmission blocking vaccine / malaria / antibody / EGF-like domain

機能・相同性

機能・相同性情報

side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / King, C.R. / Julien, J.P.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Molecular definition of multiple sites of antibody inhibition of malaria transmission-blocking vaccine antigen Pfs25.
著者: Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / Miura, K. / Liang, Q. / Carroll, S. / Reponen, S. / Nguyen, N. / Giladi, E. / Ramisch, S. / Yusibov, V. / Bradley, A. / Lemiale, F. / Schief, W.R. / ...

履歴

登録	2017年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b0a.cif.gz	240.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b0a.ent.gz	192.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b0a_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b0a_full_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示
XML形式データ	6b0a_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	6b0a_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/6b0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/6b0a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6azzC 6b08C 6b0eC 6b0gC 6b0hC 1z27S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6u6u-d 7dpm-3 1sy6-d 7dpm-1 6zlr-2 6phb-1 6azz-1 1kg0-d 6xc4-2 6wo4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

H: 1269 antibody, heavy chain

L: 1269 antibody, light chain

A: 25 kDa ookinete surface antigen

ヘテロ分子

67.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.100, 39.503, 101.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	1269 antibody, heavy chain 分子量: 24012.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	1269 antibody, light chain 分子量: 23179.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	25 kDa ookinete surface antigen / Pfs25 分子量: 20104.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: isolate NF54 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13829
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M di-ammonium hydrogen citrate, 20 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 23042 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2539 / R_pim(I) all: 0.294 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XPREP		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Z27, 1269 Fab

1z27

解像度: 2.5→39.073 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	1162	5.05 %
R_work	0.2173	-	-
obs	0.2189	22998	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.073 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4366	0	12	15	4393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4470
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.467	6081
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.81	2701
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	702
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	779

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5001-2.6138	0.4698	150	0.3642	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6138-2.7516	0.3865	134	0.3143	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7516-2.9239	0.3493	156	0.2857	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9239-3.1496	0.3464	136	0.2866	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1496-3.4664	0.2728	139	0.2472	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4664-3.9675	0.2464	153	0.2201	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9675-4.9971	0.2037	145	0.1664	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9971-39.0774	0.1865	149	0.1831	2844	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2569	2.7038	-3.1982	4.0507	-4.527	5.1379	-0.0942	-1.106	-0.4668	-0.9379	-0.0066	0.2742	0.6719	-0.4636	-0.1006	0.7899	0.0096	0.0007	0.8914	0.0411	1.2577	-17.2797	-27.4301	-81.6204
2	6.5718	-2.7488	-1.4118	5.1644	-2.965	7.9885	-0.2493	0.8346	-0.3099	-0.6212	0.0003	0.237	0.6682	0.0895	0.2646	0.5622	-0.0287	-0.0124	0.6605	-0.0102	0.803	-20.2784	-13.6005	-74.2493
3	4.0889	-0.879	-1.5492	5.025	-2.7256	3.2558	-0.594	0.837	-0.3474	0.2434	0.1962	0.1025	0.4758	-0.4364	0.2794	0.575	0.0396	-0.0412	0.6481	-0.0395	0.9059	-16.5326	-5.5389	-67.2592
4	7.9441	5.994	-6.4444	7.6091	-5.7836	5.8447	-0.0907	-0.1498	1.1356	0.2253	0.3902	-0.8976	-0.3298	0.2334	-0.4492	0.5451	0.0889	0.0198	0.4922	0.016	0.9492	-15.0308	6.572	-68.7552
5	9.0036	1.4873	-1.9027	1.6873	1.7948	7.7827	-0.152	0.735	0.2385	-0.3661	-0.2561	-0.1448	0.0492	0.3017	0.1967	0.6143	0.0706	0.0073	0.7267	0.132	1.0183	3.8392	1.5553	-84.5267
6	1.3963	0.7936	-1.5913	2.1249	-0.5597	6.2805	0.1665	0.0507	-0.1712	-0.0452	-0.0853	0.0518	0.3154	-0.2412	-0.092	0.3772	-0.0117	-0.0748	0.2695	-0.0008	0.6641	-27.2803	-8.1731	-48.9811
7	0.4482	0.221	0.6784	1.0911	0.5606	3.1561	0.0877	-0.2557	0.084	0.0255	-0.2991	-0.0064	0.1186	-0.5109	0.2185	0.3429	-0.0521	-0.0676	0.5308	0.001	0.8407	-29.1165	0.4303	-35.8182
8	4.9711	-2.9023	-0.7051	6.1426	3.7474	8.6796	0.1977	-0.4265	0.5567	0.0331	-0.7149	0.381	-0.7001	-1.2774	0.4498	0.4883	-0.0846	-0.0291	0.8642	-0.0447	0.6992	-35.359	8.8465	-17.5045
9	5.1849	0.9393	0.6551	2.9563	2.8787	7.3441	0.103	-0.589	-0.3564	-0.1119	0.3972	-1.1587	0.3197	1.0957	-0.3951	0.4561	0.0097	-0.1229	0.6738	0.0473	0.9603	-4.3059	-0.1417	-39.4528
10	5.2469	0.378	0.4342	4.1547	2.8829	8.3316	0.2698	-0.1252	0.2849	0.0064	-0.2939	-0.3386	0.0283	-0.2217	0.1046	0.394	-0.0279	-0.0439	0.3706	0.0843	0.7942	-14.5745	3.3165	-45.4986
11	3.4872	1.6917	0.9808	2.3695	2.4292	6.2951	0.2167	-0.0839	0.0955	-0.1704	-0.1665	-0.4623	-0.277	0.6052	-0.109	0.4254	-0.004	-0.0103	0.5313	0.1021	0.8464	-8.9485	4.928	-44.8256
12	1.844	3.6943	3.7174	7.8045	7.5719	7.5576	0.6691	-0.804	0.1428	0.5889	0.2496	-1.3014	0.3198	0.8704	-0.9347	0.5975	-0.2035	-0.0403	0.8792	-0.139	0.8048	-9.5778	11.6687	-23.5733
13	2.9052	1.0028	-1.0914	4.7549	-0.654	6.9585	0.1572	-0.4779	0.495	0.3811	-0.0948	-0.0795	0.1972	-0.1135	0.1237	0.4555	-0.1623	-0.083	0.8962	-0.0082	0.5011	-24.2216	3.9428	-10.2237
14	2.4092	1.3068	-1.0805	6.004	-2.8846	9.2588	0.2519	-0.3979	-0.0528	1.2776	0.1489	-0.447	-0.5936	0.1577	0.2317	0.6436	-0.0039	-0.1496	0.7795	0.0041	0.7564	-21.451	-4.8179	-8.9813
15	4.4708	-0.0494	-0.422	9.3925	-0.8356	7.9851	-0.1761	-1.4919	0.9987	-0.967	0.4599	-1.1335	-0.567	0.0006	0.0555	0.6467	-0.209	-0.0006	0.8169	-0.0089	0.877	-17.2826	12.3496	-24.3877
16	1.8809	0.5143	-1.3101	4.2965	-0.866	6.0381	-0.3617	-0.9706	-0.131	0.5767	-0.4943	0.1299	0.9965	0.4162	0.2028	0.8627	-0.2013	-0.0093	1.1408	0.0785	0.7071	-26.3191	-2.2349	-3.9187
17	0.5416	0.7461	1.0473	4.4177	-0.0651	3.4283	0.1551	-1.619	-0.3202	0.6372	-0.524	-0.8938	0.0424	1.2214	0.0798	0.7336	-0.1787	-0.187	1.2363	0.0911	0.6897	-16.4369	6.8233	-3.8198
18	3.7115	-0.2811	-2.2323	2.9232	2.9948	4.2474	-0.3248	-0.0292	-0.1087	0.3454	0.4086	-0.1273	0.0157	-0.1675	-0.1257	0.489	0.0705	0.004	0.5664	0.0062	0.7896	-2.6165	-7.3831	-76.8713
19	0.9195	2.6053	0.2916	7.2424	0.6744	6.5608	-0.372	1.3505	-0.3618	-0.3989	0.1617	-0.7238	1.4847	-0.2576	0.2754	0.5485	-0.0843	0.1732	0.8966	-0.165	1.0213	-8.162	-17.7469	-84.4943

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 44 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 89 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 90 through 109 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 110 through 132 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 133 through 172 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 1 through 73 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 74 through 177 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 178 through 227 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 1 through 30 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 31 through 49 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 50 through 100 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 101 through 111 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 112 through 148 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 149 through 161 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 162 through 172 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 173 through 195 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 196 through 211 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 2 through 25 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 26 through 43 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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