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- PDB-6b08: Crystal structure of Pfs25 in complex with the transmission block... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b08
タイトルCrystal structure of Pfs25 in complex with the transmission blocking antibody 1276
要素
  • 1276 antibody, heavy chain
  • 1276 antibody, light chain
  • Pfs25
キーワードIMMUNE SYSTEM / Transmission blocking vaccine / malaria / antibody / EGF-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plasmodium vivax P25 fold / Plasmodium vivax P25 domain / Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / Orthogonal Prism / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Plasmodium vivax P25 fold / Plasmodium vivax P25 domain / Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / Orthogonal Prism / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
25 kDa ookinete surface antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / King, C.R. / Julien, J.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Molecular definition of multiple sites of antibody inhibition of malaria transmission-blocking vaccine antigen Pfs25.
著者: Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / Miura, K. / Liang, Q. / Carroll, S. / Reponen, S. / Nguyen, N. / Giladi, E. / Ramisch, S. / Yusibov, V. / Bradley, A. / Lemiale, F. / Schief, W.R. / ...著者: Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / Miura, K. / Liang, Q. / Carroll, S. / Reponen, S. / Nguyen, N. / Giladi, E. / Ramisch, S. / Yusibov, V. / Bradley, A. / Lemiale, F. / Schief, W.R. / Emerling, D. / Kellam, P. / King, C.R. / Julien, J.P.
履歴
登録2017年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 1276 antibody, heavy chain
B: 1276 antibody, light chain
A: Pfs25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4417
ポリマ－67,0723
非ポリマー3684
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area28250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.351, 70.264, 83.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 1276 antibody, heavy chain


分子量: 23956.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 1276 antibody, light chain


分子量: 23011.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Pfs25


分子量: 20104.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13829*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M di-ammonium hydrogen phosphate, 18 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 40434 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.1 % / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5096 / Rpim(I) all: 0.3 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XPREPデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1276 Fab, 1Z27

1z27


解像度: 2.2→38.748 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 1994 4.94 %
Rwork0.1906 --
obs0.1927 40405 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4476 0 24 169 4669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6896282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6982789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.3941420.30192766X-RAY DIFFRACTION99
2.255-2.3160.35631430.28732726X-RAY DIFFRACTION99
2.316-2.38410.30561460.26082777X-RAY DIFFRACTION99
2.3841-2.46110.28281420.24572728X-RAY DIFFRACTION98
2.4611-2.5490.27891470.24352740X-RAY DIFFRACTION99
2.549-2.6510.2741360.23492745X-RAY DIFFRACTION99
2.651-2.77170.29411420.23142766X-RAY DIFFRACTION98
2.7717-2.91770.26381430.21762736X-RAY DIFFRACTION98
2.9177-3.10050.25231400.21952758X-RAY DIFFRACTION98
3.1005-3.33970.26191420.21392751X-RAY DIFFRACTION98
3.3397-3.67560.23071440.18012742X-RAY DIFFRACTION98
3.6756-4.20690.1921430.1642749X-RAY DIFFRACTION97
4.2069-5.29810.1771410.13682708X-RAY DIFFRACTION97
5.2981-38.75370.21081430.17122719X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3531-0.89981.33212.6922-2.15922.8086-0.2221-0.45310.28160.33480.10040.1057-0.65410.20210.20690.5301-0.046-0.03150.4948-0.08470.364-0.487324.841218.2665
24.7390.2739-0.07760.3255-0.22591.8906-0.19110.17230.0172-0.11620.05380.03420.1245-0.0560.10190.5171-0.0142-0.09170.22120.04530.5056-30.85317.84523.4813
36.99431.1075-1.30593.9687-1.25853.0509-0.12240.06470.54680.0565-0.13320.5281-0.1094-0.43410.10410.4220.0233-0.14080.2921-0.01520.4321-41.024518.7335.7788
44.34140.22151.3445.0938-0.08387.07620.2763-0.0991-0.8257-0.08230.24150.14990.82890.1942-0.50310.45810.075-0.10410.56030.0050.55970.3773.086120.5821
53.60490.3090.6234.70550.90233.3991-0.02890.2875-0.1092-0.0761-0.0095-0.3142-0.340.0420.07720.3657-0.032-0.05730.2410.03160.4223-29.08656.141-4.692
63.97140.28062.73782.16260.42848.0139-0.1045-0.5194-0.58340.5938-0.0078-0.0009-0.0292-1.02450.23220.70920.0304-0.05741.2618-0.0010.546220.368510.563849.2481
76.19690.89072.61232.25081.54858.83880.5472-0.1288-1.20310.27040.01-0.4861.28820.6365-0.73410.79230.1457-0.1951.13830.10930.835824.2372-5.34944.9341
80.25330.27090.10170.715-0.53360.94620.13450.0007-0.9253-0.1739-0.1854-0.10260.62920.6349-0.22420.74110.1809-0.11911.16090.04040.897718.5717-2.779734.8012
94.50410.26344.19941.48850.09425.5439-0.4040.27950.55170.01050.1054-0.1058-0.85081.09320.38650.5413-0.1515-0.02141.15610.03020.442616.827518.006833.1662
105.6365-0.24064.99571.8343-0.8938.3-0.3520.23570.31010.0328-0.0513-0.1638-0.82390.51880.54360.767-0.0161-0.13021.3330.00360.59627.833819.255752.4594
112.78610.07962.54759.5232-2.06932.90930.41250.2737-0.40490.2239-0.6355-0.2947-0.29250.83950.20840.9024-0.0144-0.13050.9525-0.00890.729738.743714.300160.5794
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 1 through 106 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 107 through 177 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 178 through 214 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 106 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 107 through 210 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1 through 25 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 26 through 54 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 55 through 89 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 90 through 131 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 132 through 158 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 159 through 174 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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