[日本語] English
万見
- PDB-6azz: Crystal structure of Pfs25 in complex with the transmission block... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6azz
タイトルCrystal structure of Pfs25 in complex with the transmission blocking antibody 1190
要素
  • (1190 antibody, ...) x 2
  • Pfs25
キーワードIMMUNE SYSTEM / Transmission blocking vaccine / malaria / antibody / EGF-like domain
機能・相同性Plasmodium vivax P25 fold / Plasmodium vivax P25 domain / Orthogonal Prism / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / King, C.R. / Julien, J.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Molecular definition of multiple sites of antibody inhibition of malaria transmission-blocking vaccine antigen Pfs25.
著者: Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / Miura, K. / Liang, Q. / Carroll, S. / Reponen, S. / Nguyen, N. / Giladi, E. / Ramisch, S. / Yusibov, V. / Bradley, A. / Lemiale, F. / Schief, W.R. / ...著者: Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / Miura, K. / Liang, Q. / Carroll, S. / Reponen, S. / Nguyen, N. / Giladi, E. / Ramisch, S. / Yusibov, V. / Bradley, A. / Lemiale, F. / Schief, W.R. / Emerling, D. / Kellam, P. / King, C.R. / Julien, J.P.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
F: 1190 antibody, heavy chain
E: 1190 antibody, light chain
C: 1190 antibody, heavy chain
B: 1190 antibody, light chain
A: Pfs25
D: Pfs25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,06817
ポリマ－134,2536
非ポリマー81511
水7,494416
1
F: 1190 antibody, heavy chain
E: 1190 antibody, light chain
D: Pfs25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4558
ポリマ－67,1263
非ポリマー3285
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 1190 antibody, heavy chain
B: 1190 antibody, light chain
A: Pfs25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6139
ポリマ－67,1263
非ポリマー4866
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.572, 203.136, 65.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#3: タンパク質 Pfs25


分子量: 20104.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 2種, 4分子 FCEB

#1: 抗体 1190 antibody, heavy chain


分子量: 23986.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 1190 antibody, light chain


分子量: 23035.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 427分子

#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.085 M Tris pH 8.5, 0.17 M sodium acetate, 25.5 % (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 51230 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5894 / Rpim(I) all: 0.33 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XPREPデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z27, 1276 Fab

1z27


解像度: 2.4→39.179 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 2024 3.95 %
Rwork0.191 --
obs0.1921 51179 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.179 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8735 0 54 416 9205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54412292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1375409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051565
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.27811580.28723498X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.52650.28641330.27353511X-RAY DIFFRACTION100
2.5265-2.60080.31871460.25973474X-RAY DIFFRACTION100
2.6008-2.68480.26491440.25143541X-RAY DIFFRACTION100
2.6848-2.78070.28871450.23523497X-RAY DIFFRACTION100
2.7807-2.8920.28521330.22923505X-RAY DIFFRACTION100
2.892-3.02360.2431510.22953518X-RAY DIFFRACTION100
3.0236-3.18290.25061430.21043504X-RAY DIFFRACTION100
3.1829-3.38220.23311470.19443506X-RAY DIFFRACTION100
3.3822-3.64320.21251400.18093524X-RAY DIFFRACTION100
3.6432-4.00950.20011490.16653485X-RAY DIFFRACTION100
4.0095-4.58890.16241460.14363523X-RAY DIFFRACTION100
4.5889-5.77860.15731450.14813528X-RAY DIFFRACTION100
5.7786-39.18450.19091440.17383541X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8169-0.76580.48793.9783-0.33411.65130.1466-0.084-0.2407-0.2323-0.09760.20750.1076-0.2094-0.00890.1869-0.0286-0.06830.29610.00030.2024-37.6034-41.852743.8277
22.984-0.83421.08244.8740.52244.1293-0.1339-0.05080.1938-0.1205-0.0825-0.3907-0.18160.35510.24710.2846-0.0628-0.01750.19720.00170.4012-15.7498-67.896853.224
37.3046-1.99543.45765.6807-0.37173.86270.0136-0.2954-0.10750.31030.0059-0.35920.12970.22980.00120.3398-0.04240.04340.30530.00210.3861-15.0917-72.932557.7459
43.5302-0.09630.8163.08650.37621.18260.1622-0.1701-0.0771-0.22160.0069-0.3753-0.09610.0313-0.11880.189-0.02560.04160.2525-0.00060.1764-17.7136-31.218746.3533
53.52442.60890.50436.22580.11552.6161-0.64840.419-0.1494-0.93540.3315-0.4265-0.14360.39280.27390.512-0.14190.02940.38030.0210.5275-7.8372-64.116242.7714
62.0181.3089-0.33454.0570.11832.23560.03690.25320.1727-0.0026-0.03210.4502-0.0528-0.23620.03950.16020.03870.03160.3247-0.01230.1856-34.6356-13.361576.1932
71.30160.1511-0.71553.95650.11481.32980.1138-0.0420.18430.3748-0.09750.18830.0169-0.1676-0.01910.22790.00170.04710.3067-0.01460.204-32.2285-12.489481.9747
81.45670.56950.37263.8204-0.55073.383-0.02060.0252-0.02370.1155-0.0059-0.15080.08470.16090.10490.26820.04160.080.239-0.06110.5344-12.974412.498670.1766
94.82770.449-1.37274.9777-1.27933.8688-0.13770.43450.2089-0.56830.1006-0.4356-0.20360.04810.02830.4172-0.00870.07270.2631-0.07160.5178-10.208518.598264.562
103.8474-0.1907-0.49643.22750.58761.9635-0.0407-0.04690.14690.36310.1511-0.4070.18780.055-0.13810.21730.031-0.04830.2347-0.02440.1993-13.396-26.018977.4356
113.70890.2584-1.32413.43030.60792.1822-0.13970.02170.29890.2740.3439-0.56380.5185-0.06060.20070.20970.0943-0.03340.269-0.00110.2887-13.0788-19.224678.2179
123.7002-1.6494-0.76124.91770.29973.1311-0.5081-0.21250.11420.87990.3254-0.4554-0.04910.36640.17770.45480.0826-0.11630.3155-0.03520.5987-3.38089.359280.318
132.71520.9161-1.08114.30761.39121.0591-0.17690.5261-1.8912-0.1105-0.1586-0.49410.4370.06570.28820.7466-0.05840.28750.4879-0.15121.0581-24.5823-56.385175.9392
147.9932-3.78152.35162.0106-1.66921.8068-0.1818-0.3962-1.56970.14130.0292-0.6453-0.36510.68550.24480.7099-0.0380.14370.56740.13571.1481-10.722-49.737382.4318
153.1623-0.15380.05113.2971-0.51320.1017-0.190.2131-1.06560.2421-0.14360.460.3993-0.16990.21530.5366-0.11330.17380.419-0.12830.498-36.9713-43.670880.5032
163.98412.65651.65567.38931.83512.8370.1183-0.78651.25380.51620.0812-0.56160.05180.1401-0.33610.49750.10030.02540.5132-0.23170.763-39.0565-0.542151.398
174.12383.83740.42714.3236-0.94082.32150.2482-0.86321.65550.1673-0.0192-0.4475-0.1517-0.2269-0.19830.63820.10450.05850.4089-0.20461.5433-24.35995.182847.0145
181.41690.6509-0.07942.0137-1.44111.61830.09020.44341.5767-0.1888-0.0049-0.19640.17260.3882-0.02450.55950.05110.01260.4456-0.05161.2069-16.4151-2.968843.7922
195.6987-0.54120.20696.4366-0.32465.24960.1974-0.0691.0447-0.8384-0.2833-0.9809-0.2988-0.2729-0.04560.35370.03330.03530.2463-0.01520.3294-30.989-13.63740.6405
200.669-1.88161.96085.3669-5.62515.9575-0.3147-0.33920.30240.53380.0256-0.1669-0.7742-0.3090.02190.39010.0914-0.02860.4278-0.09920.157-34.8896-16.985150.2859
212.41-1.11470.22294.2658-0.73662.21010.58180.11240.5908-0.5299-0.43070.2575-0.1739-0.38680.00780.3210.095-0.01190.3704-0.07530.3908-46.7114-10.180743.65
226.376-5.83133.0055.6854-3.46313.21060.1147-0.67981.946-0.5745-0.07660.145-0.78050.2324-0.31780.46970.18740.15250.5343-0.10231.0167-47.76054.202844.5181
230.99080.5769-1.4190.3784-1.317.34210.63260.59050.1164-0.2848-0.57390.676-1.6279-0.35050.22180.80030.31210.20350.58540.20621.3759-49.84216.559445.4906
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 1 through 119 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 120 through 175 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 176 through 214 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 1 through 114 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 115 through 210 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 40 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 41 through 119 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 120 through 177 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 178 through 215 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 75 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 76 through 114 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 115 through 210 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 2 through 62 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 63 through 82 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 83 through 157 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 2 through 25 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 26 through 48 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 49 through 82 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 83 through 96 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 97 through 108 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 109 through 144 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 145 through 158 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 159 through 172 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る