PDB-6azw: IDO1/FXB-001116 crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6azw

タイトル

IDO1/FXB-001116 crystal structure

要素

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

キーワード

oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / IDO1/FXB-001116 crystal structure / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Lewis, H.A. / Lammens, A. / Steinbacher, S.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Immune-modulating enzyme indoleamine 2,3-dioxygenase is effectively inhibited by targeting its apo-form.
著者: Nelp, M.T. / Kates, P.A. / Hunt, J.T. / Newitt, J.A. / Balog, A. / Maley, D. / Zhu, X. / Abell, L. / Allentoff, A. / Borzilleri, R. / Lewis, H.A. / Lin, Z. / Seitz, S.P. / Yan, C. / Groves, J.T.

履歴

登録	2017年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6azw.cif.gz	427.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6azw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6azw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6azuC 6azvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xe1-2 6e46-2 6o3i-1 4u74-1 6azu-3 6pz1-1 4u74-2 6kof-1 2d0t-1 6e41-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.206, 92.555, 128.698
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase 分子量: 44355.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-C51 / (2R)-N-(4-cyanophenyl)-2-[cis-4-(quinolin-4-yl)cyclohexyl]propanamide 分子量: 383.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₅N₃O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 16% PEG 8K, 0.2 M NH4 acetate, 0.1 M CHES pH 8.75

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.78→46.278 Å / Num. obs: 25234 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.661 % / B_iso Wilson estimate: 70.28 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_rim(I) all: 0.053 / Χ²: 1.079 / Net I/σ(I): 18.67 / Num. measured all: 92390 / Scaling rejects: 541

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.78-3.03	3.76	0.435	3.15	5670	0.919	0.506	96.4
3.03-3.34	3.545	0.203	6.39	4873	0.971	0.238	95.6
3.34-3.84	3.855	0.084	14.88	4976	0.994	0.097	97.6
3.84-4.68	3.534	0.038	25.93	4275	0.998	0.045	95.3
4.68-5.93	3.642	0.028	36.33	2687	0.999	0.032	94.8
5.93-7.62	3.592	0.023	44.01	1411	0.999	0.027	95.7
7.62-11.11	3.54	0.017	55.53	898	1	0.02	97.3
11.11-17.79	3.285	0.014	61.73	333	0.999	0.017	93.3
17.79-46.278	3.441	0.016	64.56	111	1	0.019	88.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.78→46.278 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2986	739	2.93 %
R_work	0.2166	-	-
obs	0.2191	25191	95.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.78→46.278 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5655	0	58	0	5713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	5854
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.462	7967
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.709	3501
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	910
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	1056

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.78-2.9946	0.4511	128	0.3238	4840	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9946-3.2959	0.3978	146	0.3061	4772	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2959-3.7726	0.3647	150	0.2342	4949	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7726-4.7524	0.2374	157	0.1986	4844	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7524-46.2839	0.27	158	0.1843	5047	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7283	1.3816	1.3388	3.2062	0.5509	3.1292	-0.158	0.5332	0.1216	0.07	0.0835	-0.6402	-0.1817	0.6007	-0.3666	0.4556	-0.0487	-0.0148	0.4024	0.12	0.6568	48.4604	-23.4364	89.8756
2	4.7619	1.6637	1.6999	1.218	0.2499	2.2984	0.0395	0.1369	-0.0828	0.1852	-0.145	0.008	0.1603	0.1238	-0.0887	0.4672	0.0346	-0.0095	0.3384	0.0027	0.5149	33.6529	-32.7396	89.3959
3	5.4395	2.9779	2.5481	2.5743	0.7245	4.1946	-0.4954	-0.8033	1.1022	-0.2384	-0.0844	0.3963	-0.0139	-0.885	-0.0128	0.4022	-0.0255	-0.1675	0.4701	-0.1135	0.7514	22.277	-26.0038	87.809
4	2.4746	0.9779	1.5825	3.124	0.4629	3.6384	-0.1672	-0.0462	0.4282	-0.1287	-0.2883	0.2858	-0.282	-0.3572	-0.265	0.3858	-0.0494	-0.066	0.4112	-0.0372	0.5838	18.7346	-30.1219	85.7377
5	8.8589	-1.1939	5.5681	4.0746	0.9628	4.2796	-0.5498	-2.015	0.7719	0.5405	-0.5236	0.7558	-0.4452	-1.4007	-0.5536	0.6921	-0.2179	0.139	1.1029	-0.0571	0.5861	20.0363	-30.9039	101.6336
6	6.4849	-1.2804	-1.4287	3.1092	-1.722	2.651	0.4197	1.8547	0.6531	-0.4434	-0.3853	0.4787	-0.2722	-1.881	-0.4733	0.6918	-0.0024	0.0634	1.0388	-0.1368	0.5958	9.402	-6.3547	67.5881
7	0.493	-0.9692	1.2345	3.2253	-3.3687	3.8728	-0.4281	1.1061	-0.8658	0.6047	0.0722	0.9339	-0.7567	-0.6469	-0.4316	0.3677	0.0583	0.1079	1.8124	-0.2351	1.4407	-8.4638	1.4233	83.6649
8	2.7178	1.1234	2.7863	4.6327	0.858	2.9222	-0.3785	0.0597	-1.6937	-0.3518	-0.4088	1.3879	0.2271	-1.3446	0.1501	0.6809	-0.3142	0.1691	1.5018	-0.2926	1.2831	-8.3699	-6.8871	86.1495
9	3.8197	-0.9794	-1.4362	4.0185	0.9891	7.1548	-0.1251	0.1668	-0.5953	0.4735	-0.3941	0.753	0.3623	-2.0391	-0.2159	0.4423	-0.0792	0.1246	0.8616	-0.0586	0.6371	1.2127	-2.3507	88.0722
10	4.5506	-0.7808	-0.5885	2.2485	0.7136	5.3184	0.1773	0.9504	0.406	-0.2037	-0.6754	-0.0024	-0.0732	-1.0872	-0.5845	0.4794	0.1504	0.0407	0.8556	-0.0734	0.7557	4.6084	0.6855	77.9155
11	3.0835	0.2911	-2.1875	1.6424	0.2113	4.1263	0.448	0.9737	0.3977	-0.6124	-0.2649	-0.0621	-0.2808	-0.6895	-0.0122	0.46	0.1111	0.044	0.6742	0.0953	0.4014	25.0093	1.6066	67.2133
12	3.9405	-0.9514	0.2337	4.0266	0.6299	4.3666	-0.0648	-0.7088	-0.0578	1.4575	-0.1901	0.5437	-0.3381	-0.3167	-0.0738	0.607	-0.049	0.126	0.8404	-0.071	0.3312	8.4311	-0.7506	94.0518
13	1.8251	-0.7903	-0.438	1.5757	-0.4458	2.6241	0.0366	-0.0624	-0.2026	0.0815	-0.0663	-0.0794	0.2614	0.0704	-0.0548	0.475	0.0869	0.0461	0.4566	-0.0751	0.4631	27.8291	-4.1934	77.3747
14	4.2695	-2.558	-2.1527	4.8111	1.9357	5.0295	0.0924	-0.6076	1.1165	0.1749	0.5395	-0.7806	-0.1941	0.0554	-0.1934	0.5736	0.0034	-0.0927	0.5609	-0.1781	0.7825	28.8239	6.0266	87.7807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 118 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 119 through 258 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 259 through 286 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 287 through 353 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 354 through 401 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 10 through 33 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 34 through 52 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 53 through 72 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 73 through 104 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 105 through 159 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 160 through 219 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 220 through 258 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 259 through 353 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 354 through 401 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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