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- PDB-6azv: IDO1/BMS-978587 crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6azv
タイトルIDO1/BMS-978587 crystal structure
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / IDO1 heme-displaced ligand-bound / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / stereocilium bundle / tryptophan catabolic process to kynurenine / positive regulation of type 2 immune response ... indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / stereocilium bundle / tryptophan catabolic process to kynurenine / positive regulation of type 2 immune response / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / positive regulation of T cell apoptotic process / Tryptophan catabolism / negative regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / negative regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #480 / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C4V / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.755 Å
データ登録者Lewis, H.A.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Immune-modulating enzyme indoleamine 2,3-dioxygenase is effectively inhibited by targeting its apo-form.
著者: Nelp, M.T. / Kates, P.A. / Hunt, J.T. / Newitt, J.A. / Balog, A. / Maley, D. / Zhu, X. / Abell, L. / Allentoff, A. / Borzilleri, R. / Lewis, H.A. / Lin, Z. / Seitz, S.P. / Yan, C. / Groves, J.T.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,7708
ポリマ－181,0204
非ポリマー1,7504
水1,910106
1
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6932
ポリマ－45,2551
非ポリマー4381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6932
ポリマ－45,2551
非ポリマー4381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6932
ポリマ－45,2551
非ポリマー4381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6932
ポリマ－45,2551
非ポリマー4381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)203.392, 120.868, 101.527
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and resseq 501
21chain B and resseq 501
31chain C and resseq 501
41chain D and resseq 501
12(chain A and (resseq 11 or resseq 13:14 or (resid...
22(chain B and (resseq 11 or resseq 13:14 or (resid...
32(chain C and ((resid 11 and (name N or name...
42(chain D and (resseq 11 or resseq 13:14 or (resid...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain TA1
211chain QB1
311chain RC1
411chain SD1
122(chain A and (resseq 11 or resseq 13:14 or (resid...A0
222(chain B and (resseq 11 or resseq 13:14 or (resid...B0
322(chain C and ((resid 11 and (name N or name...C0
422(chain D and (resseq 11 or resseq 13:14 or (resid...D0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 45254.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-C4V / (1R,2S)-2-(4-[bis(2-methylpropyl)amino]-3-{[(4-methylphenyl)carbamoyl]amino}phenyl)cyclopropane-1-carboxylic acid


分子量: 437.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H35N3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 22% PEG-3350, 0.2 M NH4 citrate pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.755→45.405 Å / Num. all: 54682 / Num. obs: 54682 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 54.95 Å2 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.139 / Rsym value: 0.091 / Net I/av σ(I): 6.5 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 178933
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.755-2.93.40.4271.680190.3250.6090.42799.7
2.9-3.083.50.3082.176130.2420.4560.30899.4
3.08-3.293.40.2422.671490.1930.3560.24299.5
3.29-3.563.20.1633.965790.1390.2520.16398.8
3.56-3.93.20.1016.160540.0890.1610.10197.9
3.9-4.3630.0728.954190.070.1230.07297
4.36-5.033.10.06110.547980.0540.0970.06197.3
5.03-6.163.20.0610.741230.0490.0880.0698.4
6.16-8.713.10.04513.331730.0340.0620.04597.7
8.71-45.4053.20.03615.817550.0260.0480.03696

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D0T

2d0t


解像度: 2.755→45.108 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 2771 5.07 %
Rwork0.1947 --
obs0.1986 54642 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 467.55 Å2 / Biso mean: 68.3118 Å2 / Biso min: 23.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.755→45.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11078 0 268 318 11664
Biso mean--151.32 51.08 -
残基数----1462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01611492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37315648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671779
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3476849
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A0X-RAY DIFFRACTION6.046TORSIONAL
12B0X-RAY DIFFRACTION6.046TORSIONAL
13C0X-RAY DIFFRACTION6.046TORSIONAL
14D0X-RAY DIFFRACTION6.046TORSIONAL
21A6974X-RAY DIFFRACTION6.046TORSIONAL
22B6974X-RAY DIFFRACTION6.046TORSIONAL
23C6974X-RAY DIFFRACTION6.046TORSIONAL
24D6974X-RAY DIFFRACTION6.046TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7548-2.80230.37211400.29525912731100
2.8023-2.85330.36031440.29892597274199
2.8533-2.90810.39411350.29812630276599
2.9081-2.96750.33611640.274125652729100
2.9675-3.0320.34591120.25522665277799
3.032-3.10250.28861160.2432616273299
3.1025-3.18010.36481600.243525872747100
3.1801-3.2660.37751540.23352591274599
3.266-3.36210.33631490.22852609275899
3.3621-3.47060.25871250.21952577270298
3.4706-3.59460.29431350.21782600273599
3.5946-3.73840.30121280.19042572270098
3.7384-3.90850.26181310.1772567269897
3.9085-4.11440.27691530.1672551270497
4.1144-4.3720.21941510.15412552270397
4.372-4.70920.23081470.14972549269697
4.7092-5.18250.2191450.15062586273198
5.1825-5.9310.27811180.17712623274198
5.931-7.46690.24631410.1842622276398
7.4669-45.11380.20531230.17682621274496
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3272-0.0979-0.77980.72460.00751.6754-0.0513-0.50660.0642-0.01290.0379-0.2457-0.19490.7347-0.01130.3757-0.1175-0.07530.6729-0.14010.420349.943222.717-16.1632
23.00161.0123-2.43031.8522-0.04962.77580.00050.22640.1124-0.11640.0684-0.1807-0.02130.34370.09020.2623-0.08760.00250.3559-0.07470.323745.478722.2213-25.6424
33.4426-0.8314-1.76771.86110.36213.5593-0.244-0.12090.01950.50260.0593-0.3214-0.1130.3930.03820.2375-0.0499-0.02280.5155-0.10690.312146.273714.4137-21.0204
41.1520.0015-1.02260.508-0.58711.33760.0374-0.03050.14590.02660.04620.0343-0.13530.1537-0.09660.3025-0.0705-0.01670.4394-0.11250.343230.883920.3178-12.7969
53.83431.0162-2.15581.3586-0.68223.2345-0.27020.3434-0.3129-0.00390.0702-0.03750.2869-0.57030.120.3825-0.03950.07410.4621-0.14280.425126.31784.6179-9.1594
63.52073.7286-4.36077.8262-6.91136.3815-0.31440.4435-0.28020.30340.2013-0.2601-0.5127-0.61760.04120.3894-0.0568-0.02820.4776-0.01460.351915.635918.1139-10.2287
71.87543.5501-2.42066.4783-4.58024.2815-0.12450.2139-0.0095-0.5122-0.11750.04060.5923-0.08610.10180.3236-0.0678-0.0230.732-0.05820.384315.785717.0542-21.016
82.8266-2.17262.70065.311.1425.4826-0.0957-0.1652-0.5028-0.24360.0029-0.78060.00550.84420.09070.15790.0119-0.03260.57940.10280.528443.1065-17.0073-7.1939
90.80960.24710.58434.54071.54273.3833-0.1595-0.284-0.04540.91660.2003-0.38990.14440.5539-0.02780.53270.2073-0.10440.68940.05650.430133.8459-25.551113.9034
103.419-0.7651-1.89482.313-0.88895.38840.2269-0.26650.03980.4146-0.227-0.1832-0.02230.12980.03510.27660.0604-0.06450.30170.0030.327326.7217-22.17177.5734
114.1813-0.129-2.16383.03510.80768.74910.1483-0.13940.16490.1468-0.1087-0.2672-0.17960.1597-0.11990.29840.0263-0.0420.2786-0.0010.304631.0548-14.35365.8106
120.82940.2017-0.85030.7565-0.10882.6904-0.0593-0.0023-0.1893-0.0763-0.0597-0.1210.24750.06370.12950.32480.1082-0.03510.4902-0.01890.353531.5549-22.4339-11.6841
132.8329-0.0244-2.10780.7817-1.0814.97090.15520.150.1702-0.196-0.03470.038-0.3221-0.3532-0.26360.43690.09290.00330.4216-0.03370.347128.1284-7.198-15.115
144.58715.7083-6.03167.5415-7.57667.71840.0530.0221-0.1277-0.3281-0.2138-0.1530.2318-0.36520.28950.4430.0609-0.05250.6752-0.0180.349324.4755-18.3959-25.941
154.32074.0453-3.05658.83-6.56574.7310.0799-0.11950.40490.20970.1020.7632-0.2139-0.5539-0.33740.37010.09520.00480.7878-0.00570.343415.4262-17.4025-20.1993
164.5318-3.59330.41374.2182-1.27482.5235-0.4238-0.67220.09690.42880.1227-0.20430.0724-0.28380.20360.4897-0.07140.06520.3574-0.08790.322911.087321.384548.3282
173.9195-0.25550.94772.9044-0.90623.4736-0.1525-0.02220.2940.04650.02270.2407-0.1379-0.56470.16370.3004-0.0251-0.01840.4016-0.03250.3841-5.050333.795831.9146
181.8133-0.77580.22294.26550.46563.6513-0.04610.063-0.01860.2626-0.23680.15530.2417-0.30610.2550.2739-0.04320.03190.3445-0.08470.27861.926624.168335.3989
191.1886-0.10561.03061.8614-0.06461.80150.02320.4158-0.034-0.0899-0.0268-0.24980.28350.04210.12630.3262-0.01190.10660.325-0.02120.359614.831920.96831.5362
204.71-2.63510.77372.7866-0.64230.39480.13850.30940.18260.3182-0.512-0.84840.08190.10480.35070.3812-0.0999-0.07650.28610.02980.558326.890324.246239.6743
213.66271.68833.25741.50420.73054.39720.03040.0141-0.0832-0.13430.0175-0.42570.2960.00080.07110.3955-0.07880.12820.3038-0.12230.514724.481714.545224.1596
222.00271.14850.99122.10960.65191.6226-0.05790.4933-0.1623-0.32770.1366-0.0344-0.2756-0.18570.00170.42530.09040.01860.47530.05390.30865.7721-30.337522.786
235.88340.1306-1.29033.44740.93393.56590.52850.5533-0.697-0.0136-0.4788-0.1224-0.039-0.6004-0.00270.35710.0585-0.08610.3013-0.03230.43310.9964-39.295829.0978
241.80760.0973-0.24672.68480.38212.23210.18620.03860.2376-0.2763-0.0486-0.1374-0.5574-0.562-0.02020.53220.23310.0650.32540.06680.39515.7854-19.342927.5164
251.57950.27550.0931.12280.77380.95920.1048-0.15430.08320.12710.0132-0.1077-0.1571-0.1906-0.12370.50760.09860.02450.34280.07660.347113.3487-19.635743.909
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 72 )A10 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 104 )A73 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 129 )A105 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 130 through 288 )A130 - 288
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 289 through 325 )A289 - 325
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 326 through 353 )A326 - 353
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 354 through 401 )A354 - 401
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 10 through 33 )B10 - 33
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 34 through 72 )B34 - 72
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 73 through 104 )B73 - 104
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 105 through 129 )B105 - 129
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 130 through 254 )B130 - 254
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 255 through 325 )B255 - 325
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 326 through 353 )B326 - 353
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 354 through 401 )B354 - 401
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 4 through 33 )C4 - 33
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 34 through 104 )C34 - 104
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 105 through 159 )C105 - 159
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 160 through 288 )C160 - 288
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 289 through 328 )C289 - 328
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 329 through 401 )C329 - 401
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 10 through 92 )D10 - 92
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 93 through 118 )D93 - 118
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 119 through 159 )D119 - 159
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 160 through 399 )D160 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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