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- PDB-6ayc: Naegleria fowleri CYP51-itraconazole complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ayc
タイトルNaegleria fowleri CYP51-itraconazole complex
要素Protein CYP51
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP51 / sterol 14alpha-demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1YN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / CYP51, sterol 14alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Debnath, A. / Calvet, C.M. / Jennings, G. / Zhou, W. / Aksenov, A. / Luth, M. / Abagyan, R. / Nes, W.D. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2017
タイトル: CYP51 is an essential drug target for the treatment of primary amoebic meningoencephalitis (PAM).
著者: Debnath, A. / Calvet, C.M. / Jennings, G. / Zhou, W. / Aksenov, A. / Luth, M.R. / Abagyan, R. / Nes, W.D. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.
履歴
登録2017年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CYP51
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8823
ポリマ－53,5601
非ポリマー1,3222
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.300, 55.190, 72.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein CYP51


分子量: 53559.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
遺伝子: NF0102700 / プラスミド: pCW-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H4A2U9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-1YN / 2-[(2R)-butan-2-yl]-4-{4-[4-(4-{[(2R,4S)-2-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1H-1,2,4-triazol-1-ylmethyl)-1,3-dioxolan-4-yl]methoxy}phenyl)piperazin-1-yl]phenyl}-2,4-dihydro-3H-1,2,4-triazol-3-one / Itraconazole / 4-[4-[4-[4-[[(2R,4S)-2-(2,4-ジクロロフェニル)-2-[(1H-1,2,4-トリアゾ-ル-1(以下略)


分子量: 705.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H38Cl2N8O4 / コメント: 薬剤, 抗真菌剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 33% PEG MME 550, 0.03 M CaCl2, 3% Jeffamine M-600, 0.1 M bis-Tris propane, pH 7.5
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: Nitrogen stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→71.15 Å / Num. obs: 14541 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.535 % / Biso Wilson estimate: 85.962 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 7.14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.6-2.676.8742.8650.5910690.3033.199.8
2.67-2.746.8282.3670.7510500.4242.564100
2.74-2.826.6521.6511.089910.6061.792100
2.82-2.916.4161.4221.2710090.6541.55199.8
2.91-36.7031.0521.759500.8221.141100
3-3.117.0210.8732.199190.8920.94399.7
3.11-3.236.8130.5483.318860.9360.59499.7
3.23-3.366.6730.3874.318510.9770.42199.8
3.36-3.516.3110.3075.58370.9820.33699.9
3.51-3.686.360.2266.998030.9860.24799.8
3.68-3.886.5830.1649.737360.9930.17899.5
3.88-4.116.4420.13311.927040.9920.14598.7
4.11-4.396.180.10713.726720.9940.117100
4.39-4.755.7810.09415.26110.9950.10497.9
4.75-5.26.4470.09116.795750.9940.199.8
5.2-5.816.5120.09716.75200.9930.10599.4
5.81-6.716.1110.08817.154700.9930.09798.7
6.71-8.226.2180.06820.384000.9970.075100
8.22-11.636.2770.0622.523070.9950.06699.7
11.63-71.155.9060.05522.051810.9940.06198.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.475
最高解像度最低解像度
Rotation71.15 Å3.29 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP11.1.03位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TL8

5tl8


解像度: 2.6→71.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 46.561 / SU ML: 0.421 / SU R Cruickshank DPI: 0.3446 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.399
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 724 5 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
obs0.2217 13816 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.69 Å2 / Biso mean: 95.087 Å2 / Biso min: 56.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å2-6.13 Å2
2--1.65 Å2-0 Å2
3----1.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→71.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3577 0 141 13 3731
Biso mean--86.87 72.64 -
残基数----449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9382.035176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92138424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9375448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60223.208159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.29215666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.241528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02849
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.598 60 -
Rwork0.619 1003 -
all-1063 -
obs--99.91 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.461 Å / Origin y: -0.2284 Å / Origin z: 18.881 Å
111213212223313233
T0.2252 Å20.0408 Å2-0.0384 Å2-0.1692 Å20.0048 Å2--0.0262 Å2
L2.032 °20.5718 °20.8966 °2-3.1935 °20.2761 °2--1.9072 °2
S0.0994 Å °0.0801 Å °-0.0772 Å °-0.0808 Å °-0.0551 Å °-0.0346 Å °-0.0004 Å °-0.1337 Å °-0.0443 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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