PDB-6axf: Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6axf

タイトル

Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B

要素

RAS guanyl-releasing protein 2
Ras-related protein Rap-1b

キーワード

PROTEIN BINDING / SIGNALING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Rap protein signal transduction / diacylglycerol binding / modification of postsynaptic structure / regulation of cell junction assembly / Effects of PIP2 hydrolysis / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / Rap1 signalling ...
類似検索 - 分子機能

Ras-related protein Rap1 / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Kondo, Y. / Iwig, J.S. / Kuriyan, J.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: A histidine pH sensor regulates activation of the Ras-specific guanine nucleotide exchange factor RasGRP1.
著者: Vercoulen, Y. / Kondo, Y. / Iwig, J.S. / Janssen, A. / White, K.A. / Amini, M. / Barber, D.L. / Kuriyan, J. / Roose, J.P.

履歴

登録	2017年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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文書・詳細版	6axf_full_validation.pdf.gz	613.8 KB	表示
XML形式データ	6axf_validation.xml.gz	141.3 KB	表示
CIF形式データ	6axf_validation.cif.gz	188.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/6axf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/6axf	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	5k94-2 9ldb-d 2ia2-1 4y97-4 2ziv-d 5bxs-1 4owt-d 3flo-2 6iec-1 6iec-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RAS guanyl-releasing protein 2

B: Ras-related protein Rap-1b

C: RAS guanyl-releasing protein 2

D: Ras-related protein Rap-1b

E: RAS guanyl-releasing protein 2

F: Ras-related protein Rap-1b

G: RAS guanyl-releasing protein 2

H: Ras-related protein Rap-1b

I: RAS guanyl-releasing protein 2

J: Ras-related protein Rap-1b

K: RAS guanyl-releasing protein 2

L: Ras-related protein Rap-1b

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N: Ras-related protein Rap-1b

O: RAS guanyl-releasing protein 2

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A: RAS guanyl-releasing protein 2

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2

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O: RAS guanyl-releasing protein 2

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単位格子

Length a, b, c (Å)	138.998, 209.258, 336.765
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RAS guanyl-releasing protein 2 / Calcium and DAG-regulated guanine nucleotide exchange factor I / CalDAG-GEFI / Cdc25-like protein / ...Calcium and DAG-regulated guanine nucleotide exchange factor I / CalDAG-GEFI / Cdc25-like protein / hCDC25L / F25B3.3 kinase-like protein 分子量: 45881.188 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RASGRP2, CDC25L, MCG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7LDG7
#2: タンパク質	Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B 分子量: 19148.641 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1B, OK/SW-cl.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61224
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→49.46 Å / Num. obs: 171499 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 6.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→49.46 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2577	4365	4.9 %
R_work	0.2025	-	-
obs	0.2052	171493	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34903	0	0	0	34903

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	35577
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.55	48166
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.588	21645
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	5473
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	6198

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.1352	0.3777	291	0.3305	5449	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1352-3.1721	0.3559	271	0.3259	5446	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1721-3.2108	0.4164	269	0.3264	5409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2108-3.2514	0.3571	291	0.3105	5441	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2514-3.2942	0.3656	261	0.2971	5437	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2942-3.3393	0.3238	270	0.2877	5528	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3393-3.387	0.3429	228	0.2788	5524	X-RAY DIFFRACTION	100
3.387-3.4376	0.3442	301	0.2825	5388	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4376-3.4913	0.2829	252	0.2582	5450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4913-3.5485	0.3267	292	0.2561	5435	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5485-3.6096	0.3211	312	0.2304	5406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6096-3.6753	0.2834	247	0.2275	5525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6753-3.7459	0.2712	304	0.2169	5445	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7459-3.8224	0.2669	269	0.2074	5444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8224-3.9054	0.2925	305	0.2101	5377	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9054-3.9963	0.2564	313	0.2015	5444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9963-4.0961	0.2383	292	0.1921	5422	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0961-4.2068	0.2154	243	0.1807	5514	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2068-4.3306	0.2282	263	0.1759	5417	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3306-4.4702	0.2306	287	0.1676	5467	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4702-4.6299	0.2235	238	0.1669	5480	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6299-4.8151	0.244	274	0.1621	5435	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8151-5.0341	0.1882	278	0.1499	5453	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0341-5.2992	0.2111	285	0.1717	5432	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2992-5.6308	0.2643	281	0.183	5441	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6308-6.0648	0.266	294	0.1942	5435	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0648-6.6738	0.2631	314	0.2047	5387	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6738-7.6365	0.2872	259	0.1834	5472	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6365-9.6096	0.1881	303	0.1363	5432	X-RAY DIFFRACTION	100
9.6096-49.4665	0.1853	313	0.1601	5158	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9472	-1.5203	0.7553	3.1548	0.5522	2.1753	-0.0317	1.0555	0.5013	-0.2209	0.063	-0.489	-0.1925	0.3082	0.0166	0.5606	-0.1262	0.0068	0.9719	0.214	0.7001	88.167	243.0602	-9.9381
2	1.3753	-0.4013	-0.229	2.3381	-2.18	2.084	0.0009	0.4434	0.0005	-0.3554	0.4678	0.1105	0.4139	-0.2517	-0.4497	1.1176	-0.1091	-0.0473	0.9865	-0.2804	0.7613	81.2385	215.5928	1.2026
3	1.519	0.174	0.4599	2.8078	-2.3393	3.2937	-0.0784	0.2122	0.0537	0.0963	0.0536	-0.2594	-0.0971	0.1099	0.0333	0.3997	0.0515	-0.0432	0.4218	-0.0877	0.4575	88.2641	223.3145	19.4409
4	3.1689	0.8524	0.7313	2.414	-0.7001	2.428	-0.0636	0.4609	-0.7021	-0.4942	0.1166	-0.0741	-0.2905	-0.6908	-0.1893	0.6556	0.006	-0.0867	0.5839	-0.0638	0.6241	79.4281	210.2715	22.203
5	2.1736	0.0744	-0.1208	1.8192	0.0089	2.6657	-0.1806	0.1835	0.4327	0.539	0.2697	-0.5344	-1.4023	-0.127	0.1082	1.1613	0.0883	-0.1968	0.4975	-0.1073	0.8427	87.9149	243.2533	29.1631
6	0.3629	-0.2474	-0.0762	2.4723	0.1113	2.6056	-0.3528	-0.138	0.0784	0.8532	0.6391	-0.3442	-0.8259	-0.2933	-0.0942	0.942	0.2592	-0.0564	0.5217	-0.0844	0.5318	81.9539	234.8596	33.3874
7	1.1845	0.285	0.718	2.4435	0.4824	0.5706	0.2164	-0.1632	0.1112	0.2821	-0.089	0.1748	-0.6323	-0.9636	-0.2842	1.3743	0.7068	-0.1521	0.8257	-0.3113	0.6568	75.9254	237.3926	38.2981
8	1.6796	-0.5507	0.6356	3.4365	-1.1147	2.3865	-0.6046	-0.9477	0.225	1.8685	0.7902	0.3429	-1.6754	-1.1463	-0.1098	1.6285	0.5782	0.0754	0.9087	-0.1057	0.7613	74.113	244.1432	39.8545
9	2.6764	0.8183	-0.72	2.8541	-0.2442	3.9269	-0.0796	0.5543	0.0432	-0.5053	-0.179	0.3583	0.407	-0.2593	0.1875	0.5523	-0.0733	-0.0225	0.6344	-0.0703	0.3638	50.8945	176.3942	-13.1712
10	2.4997	0.5096	0.7828	0.1279	0.4141	1.7379	-0.4774	1.0095	0.8439	-0.2038	0.1379	0.536	-0.787	1.1584	0.4903	1.1919	-0.0207	-0.2658	0.8891	0.0195	0.8701	58.1961	195.6348	-9.6104
11	3.8089	0.9291	0.0094	4.4869	1.0027	3.2171	-0.0675	-0.2674	0.6904	-0.1318	-0.2473	1.185	-0.9268	-0.3653	0.4304	0.7254	0.2281	-0.0088	0.5304	-0.0267	0.7088	52.9974	209.0129	15.1319
12	0.6997	0.2371	-0.155	4.7702	2.8521	4.1409	0.0643	-0.0611	0.1456	0.0578	-0.1774	0.4272	-0.0045	-0.4079	0.0849	0.3086	-0.0083	0.0325	0.4801	-0.0703	0.445	52.3796	194.1481	19.1694
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56	8.9226	3.0376	-3.2246	6.4763	-0.8036	2.7278	-0.2241	0.668	-0.6279	-1.1335	0.4912	-0.2651	0.6858	0.3385	-0.203	0.7525	0.0871	0.0989	0.6642	-0.1434	0.4541	-18.6116	220.7885	47.2922
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精密化 TLSグループ

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62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'L' and (resid 37 through 86 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'L' and (resid 87 through 120 )
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80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'P' and (resid 37 through 74 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'P' and (resid 75 through 116 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'P' and (resid 117 through 153 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'P' and (resid 154 through 167 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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