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万見
- PDB-6awl: Crystal structure of human Coq9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6awl
タイトルCrystal structure of human Coq9
要素Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TetR family / Coenzyme Q biosynthesis / lipid binding / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Mitochondrial Protein Partnership / MPP
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquinol biosynthesis / ubiquinone biosynthesis complex / ubiquinone biosynthetic process / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial inner membrane / lipid binding / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Ubiquinone biosynthesis protein COQ9 / : / Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, N-terminal domain / COQ9 / COQ9
類似検索 - ドメイン・相同性
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Lohman, D.C. / Smith, R.W. / Pagliarini, D.J. / Mitochondrial Protein Partnership (MPP)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U01GM094622-01 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2019
タイトル: An Isoprene Lipid-Binding Protein Promotes Eukaryotic Coenzyme Q Biosynthesis.
著者: Lohman, D.C. / Aydin, D. / Von Bank, H.C. / Smith, R.W. / Linke, V. / Weisenhorn, E. / McDevitt, M.T. / Hutchins, P. / Wilkerson, E.M. / Wancewicz, B. / Russell, J. / Stefely, M.S. / Beebe, E. ...著者: Lohman, D.C. / Aydin, D. / Von Bank, H.C. / Smith, R.W. / Linke, V. / Weisenhorn, E. / McDevitt, M.T. / Hutchins, P. / Wilkerson, E.M. / Wancewicz, B. / Russell, J. / Stefely, M.S. / Beebe, E.T. / Jochem, A. / Coon, J.J. / Bingman, C.A. / Dal Peraro, M. / Pagliarini, D.J.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
B: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0014
ポリマ－71,1002
非ポリマー9012
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: there seems to be an inter-chain swap of helix 10 in the crystal.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.110, 97.390, 63.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial


分子量: 35549.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COQ9, C16orf49, HSPC326, PSEC0129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75208
#2: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein was dissolved at 4.89 mg/mL in a buffer containing 10 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.3 mM TCEP. 200 nL of protein was mixed with 200 nL of reservoir in a SD2 plate. The reservoir ...詳細: Protein was dissolved at 4.89 mg/mL in a buffer containing 10 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.3 mM TCEP. 200 nL of protein was mixed with 200 nL of reservoir in a SD2 plate. The reservoir consisted of 21% w/v PEG 3350, 0.25 M NaCl, and 0.1 M bistris pH 6.5. Crystals were cryopreserved in 35% PEG 3350, 0.2 M NaCl and 0.1 M bistris buffer, pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月7日
放射モノクロメーター: silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.69 Å / Num. obs: 31242 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 36.31 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09055 / Rpim(I) all: 0.04409 / Net I/σ(I): 12.38
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.355 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 3066 / CC1/2: 0.48 / Rpim(I) all: 0.658 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RHP

4rhp


解像度: 2→48.69 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 2000 6.41 %
Rwork0.1974 --
obs0.2003 31212 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3248 0 46 205 3499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6614657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6852064
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.30551410.30752061X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10550.33841430.2852098X-RAY DIFFRACTION100
2.1055-2.16740.28221410.26352052X-RAY DIFFRACTION100
2.1674-2.23740.30141430.25392096X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.31730.27541420.2372055X-RAY DIFFRACTION100
2.3173-2.41010.28521420.22552092X-RAY DIFFRACTION100
2.4101-2.51980.3021440.21512098X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.65260.25451410.21012069X-RAY DIFFRACTION100
2.6526-2.81880.27191430.21032078X-RAY DIFFRACTION100
2.8188-3.03640.24421440.21282095X-RAY DIFFRACTION100
3.0364-3.34190.28221430.19692094X-RAY DIFFRACTION100
3.3419-3.82540.23881430.17852095X-RAY DIFFRACTION100
3.8254-4.81890.19821440.15832108X-RAY DIFFRACTION100
4.8189-48.70940.19731460.17752121X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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