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- PDB-4rhp: Crystal structure of human COQ9 in complex with a phospholipid, N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rhp
タイトルCrystal structure of human COQ9 in complex with a phospholipid, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR5043
要素Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / all alpha-helical protein / Ubiquinone biosynthesis / mitochondrial / Mitochondrial Protein Partnership / MPP
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquinol biosynthesis / ubiquinone biosynthesis complex / isoprenoid binding / ubiquinone biosynthetic process / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / enzyme activator activity / mitochondrial inner membrane / lipid binding / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Ubiquinone biosynthesis protein COQ9 / : / Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, N-terminal domain / COQ9 / COQ9
類似検索 - ドメイン・相同性
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.393 Å
データ登録者Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Lee, D. / Kogan, S. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. ...Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Lee, D. / Kogan, S. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Mitochondrial Protein Partnership (MPP)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Mitochondrial COQ9 is a lipid-binding protein that associates with COQ7 to enable coenzyme Q biosynthesis.
著者: Lohman, D.C. / Forouhar, F. / Beebe, E.T. / Stefely, M.S. / Minogue, C.E. / Ulbrich, A. / Stefely, J.A. / Sukumar, S. / Luna-Sanchez, M. / Jochem, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / ...著者: Lohman, D.C. / Forouhar, F. / Beebe, E.T. / Stefely, M.S. / Minogue, C.E. / Ulbrich, A. / Stefely, J.A. / Sukumar, S. / Luna-Sanchez, M. / Jochem, A. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Wang, H. / Westphall, M.S. / Wrobel, R.L. / Everett, J.K. / Mitchell, J.C. / Lopez, L.C. / Coon, J.J. / Tong, L. / Pagliarini, D.J.
履歴
登録2014年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22014年11月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
B: Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8753
ポリマ－54,1832
非ポリマー6921
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.340, 97.628, 64.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ubiquinone biosynthesis protein COQ9, mitochondrial


分子量: 27091.748 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 84-318 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75208
#2: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: mircobatch under oil / pH: 8.5
詳細: 100 mM TRIS (pH 8.5), 20% (v/v) PEG 3350, and 200 mM MgCl2 , mircobatch under oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.79 Å / Num. obs: 35868 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 15.68
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique all: 3589 / Rsym value: 0.464 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
SnB位相決定
RESOLVEモデル構築
XTALVIEW精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.393→48.79 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 1885 10.22 %RANDOM
Rwork0.1791 ---
all0.1866 35868 --
obs0.1859 18450 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.647 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8369 Å2-0 Å2-2.2861 Å2
2---1.4375 Å2-0 Å2
3----0.3994 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.393→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3159 0 32 90 3281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1174404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3251203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004567
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.393-2.45770.33581200.22371181X-RAY DIFFRACTION93
2.4577-2.530.27421460.20751284X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.61170.28611410.18471265X-RAY DIFFRACTION100
2.6117-2.7050.29031580.19591284X-RAY DIFFRACTION100
2.705-2.81330.2661380.19351273X-RAY DIFFRACTION100
2.8133-2.94140.33931540.19691274X-RAY DIFFRACTION100
2.9414-3.09640.28661570.18881258X-RAY DIFFRACTION100
3.0964-3.29040.23821470.17561274X-RAY DIFFRACTION100
3.2904-3.54430.27081400.17851309X-RAY DIFFRACTION100
3.5443-3.90090.21081540.16581280X-RAY DIFFRACTION100
3.9009-4.4650.19871280.14981289X-RAY DIFFRACTION100
4.465-5.62410.23161480.17381289X-RAY DIFFRACTION100
5.6241-48.82410.2221540.18721305X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.6155 Å / Origin y: -24.8997 Å / Origin z: -33.7711 Å
111213212223313233
T0.0967 Å2-0.0129 Å2-0.0085 Å2-0.1214 Å20.0034 Å2--0.1357 Å2
L0.3435 °2-0.0483 °2-0.0397 °2-0.5055 °2-0.1259 °2--0.7825 °2
S0.0059 Å °-0.048 Å °0.035 Å °0.0249 Å °-0.0578 Å °0.0049 Å °-0.0843 Å °-0.005 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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