+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6avx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Arabidopsis thaliana SOBER1 F65L | ||||||
![]() | Carboxylesterase SOBER1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / plant deacetylase / hypersensitive response | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of plant-type hypersensitive response / short-chain carboxylesterase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / defense response to other organism / phospholipase A2 activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / fatty acid metabolic process / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Burger, M. / Willige, B.C. / Chory, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A hydrophobic anchor mechanism defines a deacetylase family that suppresses host response against YopJ effectors. 著者: Burger, M. / Willige, B.C. / Chory, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 72.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | Monomer as determined by gel filtration |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24988.555 Da / 分子数: 1 / 変異: F65L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SOBER1, At4g22305 / プラスミド: pGEX4T3 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q84WK4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.69 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 16% (v/v) PEG 20,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.27→39.032 Å / Num. obs: 47288 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.02519 / Net I/σ(I): 18.77 |
反射 シェル | 解像度: 1.27→1.32 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05704 / Mean I/σ(I) obs: 9.09 / Num. unique obs: 4531 / CC1/2: 0.987 / % possible all: 95 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6AVV 解像度: 1.271→39.032 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.31
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.21 Å2 / Biso mean: 14.777 Å2 / Biso min: 4.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.271→39.032 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
|