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万見
- PDB-6avp: Staphylococcus aureus Type II pantothenate kinase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6avp
タイトルStaphylococcus aureus Type II pantothenate kinase in complex with ADP and pantothenate analog Phosphate-MeO-N5Pan
要素Type II pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE / Staphylococcus aureus / SaPanK / ADP / pantothenate analog
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type II pantothenate kinase, bacterial / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-N7E / Type II pantothenate kinase / Type II pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, Y. / Antoshchenko, T. / Strauss, E. / Barnard, L. / Huang, Y.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-based identification of uncompetitive inhibitors for Staphylococcus aureus pantothenate kinase.
著者: Chen, Y. / Antoshchenko, T. / Strauss, E. / Barnard, L. / Huang, Y.H.
履歴
登録2017年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II pantothenate kinase
B: Type II pantothenate kinase
C: Type II pantothenate kinase
D: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,87416
ポリマ－115,4754
非ポリマー3,40012
水3,405189
1
A: Type II pantothenate kinase
C: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4378
ポリマ－57,7372
非ポリマー1,7006
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
2
B: Type II pantothenate kinase
D: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4378
ポリマ－57,7372
非ポリマー1,7006
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area20680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.571, 56.705, 133.075
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Type II pantothenate kinase / PanK-II / Pantothenic acid kinase


分子量: 28868.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: coaW, ERS072840_01840, ERS073071_01656, ERS073583_01730, SAMEA2236422_02154, SAMEA2236459_02267, SAMEA2384700_01964, SAMEA2384800_02212, SAMEA2384856_02334, SAMEA2445640_02323
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A167Z3Z6, UniProt: Q2FWC7*PLUS, pantothenate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-N7E / N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(5-methoxypentyl)-beta-alaninamide


分子量: 398.389 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H31N2O8P
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月30日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→131.35 Å / Num. obs: 47658 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.49 % / Net I/σ(I): 8.39
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→131.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.492 / ESU R Free: 0.299
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2955 2410 5.1 %RANDOM
Rwork0.2447 ---
obs0.2472 45234 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.57 Å2 / Biso mean: 39.87 Å2 / Biso min: 12.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.39 Å20 Å2-4.69 Å2
2---1.97 Å20 Å2
3----1.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→131.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8030 0 216 189 8435
Biso mean--27.14 30.66 -
残基数----1048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0198384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.028016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.97511384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.7743.00518372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.92751042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.37925.213376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.325151362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0731532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021918
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 165 -
Rwork0.387 3262 -
all-3427 -
obs--96.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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