PDB-6avk: Streptavidin bound to peptide-like compound KPM-6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6avk

タイトル

Streptavidin bound to peptide-like compound KPM-6

要素

Streptavidin

キーワード

BIOTIN BINDING PROTEIN / streptavidin

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Park, H. / Shamim, R. / McEnaney, P. / Kodadek, T.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Efficient Workflow for Screening DNA-encoded One Bead One Compound Libraries Using a Flow Cytometer
著者: McEnaney, P. / Dickson, P. / Dang, V. / MacConnell, A. / Cavett, V. / Reza, S. / Park, H. / Paegel, B. / Kodadek, T.

履歴

登録	2017年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6avk.cif.gz	115.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6avk.ent.gz	88.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6avk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6avk_validation.pdf.gz	891.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6avk_full_validation.pdf.gz	895.1 KB	表示
XML形式データ	6avk_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	6avk_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/6avk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/6avk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vwaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4y59-d 1rxk-1 6udc-d 4bx5-d 3t6f-1 1kl5-d 7kby-1 2izf-1 6vp1-d 6vob-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

26.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.310, 93.520, 104.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-22- TYR
2	1	B-349- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 12965.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-BZ4 / N-[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-2-({[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl][2-(chloromethyl)-1,3-oxazole-4-carbonyl]amino}methyl)-N-[(4-carbamoyl-1,3-oxazol-2-yl)methyl]-1,3-oxazole-4-carboxamide 分子量: 677.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₂₅ClN₆O₁₀
#3: 化合物	ChemComp-HDO / 1-hydroxydodecan-4-one 分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₂H₂₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium iodide, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月16日
放射	モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→69.65 Å / Num. obs: 45941 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 9975 / Num. unique obs: 2212 / CC_1/2: 0.861 / R_pim(I) all: 0.239 / R_rim(I) all: 0.416 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1VWA

1vwa

解像度: 1.4→69.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.065 / SU R_free Blow DPI: 0.061 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.058

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.186	2251	4.9 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.174	45903	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6945 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2473 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4472 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.16 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→69.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1808	0	62	303	2173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2046	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	2857	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		635	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		37	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		303	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2046	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.76
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	13.27
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		261	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2675	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.44 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	151	4.56 %
R_work	0.201	3163	-
all	0.203	3314	-
obs	-	-	98.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6697	-0.2438	-0.4713	1.3165	0.4621	1.0381	-0.0149	-0.0003	0.0461	-0.0006	0.0006	0.0626	-0.1776	-0.0408	0.0143	-0.0208	-0.0032	-0.0021	-0.0426	0.0022	-0.0383	15.9136	29.3275	11.5698
2	0.6066	-0.257	-0.3594	0.9947	0.0959	1.1157	-0.0802	-0.0402	-0.1241	0.1133	0.0115	0.0954	0.0722	0.0439	0.0687	-0.0299	-0.0009	0.0122	-0.048	0.0086	-0.0253	21.3209	13.7615	13.6698

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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