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- PDB-6avf: Crystal structure of the KFJ5 TCR-NY-ESO-1-HLA-B*07:02 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6avf
タイトルCrystal structure of the KFJ5 TCR-NY-ESO-1-HLA-B*07:02 complex
要素
  • (T-cell receptor ...) x 2
  • ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human Leukocyte Antigen / Major histocompatibility complex / Immunoglobulin / T cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / T cell receptor complex / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / T cell receptor complex / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / response to bacterium / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / MHC class II protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / defense response / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell activation / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / positive regulation of protein binding / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / : / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / : / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 4 / T cell receptor beta variable 28 / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / Cancer/testis antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.028 Å
データ登録者Gully, B.S. / Gras, S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Divergent T-cell receptor recognition modes of a HLA-I restricted extended tumour-associated peptide.
著者: Chan, K.F. / Gully, B.S. / Gras, S. / Beringer, D.X. / Kjer-Nielsen, L. / Cebon, J. / McCluskey, J. / Chen, W. / Rossjohn, J.
履歴
登録2017年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Beta-2-microglobulin
A: T-cell receptor alpha variable 4,TCR alpha chain
B: T-cell receptor beta variable 28,TCR beta chain
P: ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU
H: HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6865
ポリマ－104,6865
非ポリマー00
水8,053447
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10310 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area38010 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.366, 67.679, 105.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 MH

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#5: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain / MHC class I antigen B*7


分子量: 40508.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01889

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T-cell receptor ... , 2種, 2分子 AB

#2: タンパク質 T-cell receptor alpha variable 4,TCR alpha chain


分子量: 23191.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAV4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4J268
#3: タンパク質 T-cell receptor beta variable 28,TCR beta chain / V_segment translation product


分子量: 28087.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCRBV3S1, TRBV28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B6

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 448分子 P

#4: タンパク質・ペプチド ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU


分子量: 1149.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78358*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MIB pH 7.0 and 25 % (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.028→46.01 Å / Num. obs: 109701 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8094 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.028→46.008 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 3854 3.51 %
Rwork0.2038 --
obs0.2056 109701 97.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.028→46.008 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6559 0 0 447 7006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1719176
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4082467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049967
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0276-2.05240.34671340.33493312X-RAY DIFFRACTION85
2.0524-2.07830.34711060.31293753X-RAY DIFFRACTION96
2.0783-2.10570.31641520.3013840X-RAY DIFFRACTION99
2.1057-2.13450.30381470.27733814X-RAY DIFFRACTION99
2.1345-2.1650.31681480.27783868X-RAY DIFFRACTION99
2.165-2.19740.31281470.26723810X-RAY DIFFRACTION99
2.1974-2.23170.28511260.26783847X-RAY DIFFRACTION99
2.2317-2.26830.31131570.26743726X-RAY DIFFRACTION96
2.2683-2.30740.29921200.25763866X-RAY DIFFRACTION99
2.3074-2.34930.2991370.24683836X-RAY DIFFRACTION99
2.3493-2.39450.28511240.24233878X-RAY DIFFRACTION99
2.3945-2.44340.30661700.24573805X-RAY DIFFRACTION99
2.4434-2.49650.28291350.23173918X-RAY DIFFRACTION99
2.4965-2.55460.31551480.22983780X-RAY DIFFRACTION99
2.5546-2.61850.24641250.22313858X-RAY DIFFRACTION99
2.6185-2.68930.30721460.24163836X-RAY DIFFRACTION98
2.6893-2.76840.39311420.24983813X-RAY DIFFRACTION99
2.7684-2.85770.28511410.23613847X-RAY DIFFRACTION99
2.8577-2.95990.30311320.20733862X-RAY DIFFRACTION99
2.9599-3.07830.21731470.20923858X-RAY DIFFRACTION99
3.0783-3.21840.29041450.20913810X-RAY DIFFRACTION98
3.2184-3.3880.25161250.18613771X-RAY DIFFRACTION97
3.388-3.60020.26491410.17553707X-RAY DIFFRACTION96
3.6002-3.87810.17511340.16413719X-RAY DIFFRACTION96
3.8781-4.26810.21021360.15353758X-RAY DIFFRACTION96
4.2681-4.88510.17281370.13743644X-RAY DIFFRACTION94
4.8851-6.15240.23361310.15413675X-RAY DIFFRACTION95
6.1524-46.02020.20951210.16713636X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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