PDB-6au5: Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6au5

タイトル

Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant

要素

cetuximab Fab heavy chain
cetuximab Fab light chain
meditope

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / anti-EGFR

機能・相同性

機能・相同性情報

IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.484 Å

データ登録者

Bzymek, K.P. / Williams, J.C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Meditope-Fab interaction: threading the hole.
著者: Bzymek, K.P. / Ma, Y. / Avery, K.N. / Horne, D.A. / Williams, J.C.

履歴

登録	2017年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6au5.ent.gz	294 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6au5_validation.pdf.gz	461 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6au5_full_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示
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CIF形式データ	6au5_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6au5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6au5	HTTPS FTP

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関連構造データ

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#21 - 2001年9月
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血清アルブミン (Serum Albumin)
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: cetuximab Fab light chain

B: cetuximab Fab heavy chain

C: cetuximab Fab light chain

D: cetuximab Fab heavy chain

E: meditope

F: meditope

ヘテロ分子

97.2 kDa, 6 ポリマー
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1

A: cetuximab Fab light chain

B: cetuximab Fab heavy chain

E: meditope

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, SPR
48.5 kDa, 3 ポリマー
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2

C: cetuximab Fab light chain

D: cetuximab Fab heavy chain

F: meditope

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.580, 83.060, 211.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	cetuximab Fab light chain 分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: purified from commercial cetuximab IgG (erbitux) 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: IGKC / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P01834
#2: 抗体	cetuximab Fab heavy chain 分子量: 23725.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: purified from commercial cetuximab IgG (erbitux) 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: S6B291
#3: タンパク質・ペプチド	meditope 分子量: 1434.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
由来についての詳細	cetuximab Fab light chain in this entry matches to the sequence from the first deposited cetuximab ...cetuximab Fab light chain in this entry matches to the sequence from the first deposited cetuximab structure in PDB (1yy8).

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→33.173 Å / Num. obs: 40278 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 34.8
反射シェル	解像度: 2.48→2.55 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.165 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique obs: 2533 / CC_1/2: 0.973 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ID0

5id0

解像度: 2.484→33.173 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	2014	5 %
R_work	0.1858	-	-
obs	0.1878	40272	98.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.484→33.173 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6755	0	15	294	7064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6938
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.023	9451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.052	4131
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.484-2.5461	0.2537	121	0.2092	2302	X-RAY DIFFRACTION	84
2.5461-2.6149	0.2663	142	0.2093	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6149-2.6919	0.284	143	0.2112	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6919-2.7787	0.3007	142	0.2169	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7787-2.878	0.2611	143	0.2098	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
2.878-2.9931	0.2772	144	0.1972	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9931-3.1292	0.2582	143	0.2027	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1292-3.2941	0.2345	145	0.1987	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2941-3.5003	0.2225	145	0.1818	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5003-3.7702	0.229	146	0.1748	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7702-4.1489	0.212	146	0.1627	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1489-4.7478	0.1647	147	0.1407	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7478-5.976	0.1777	150	0.1676	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
5.976-33.1761	0.2479	157	0.2265	2963	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7562	-1.7209	1.3359	2.4122	-3.5005	6.0632	0.3724	0.467	-0.3263	-0.1279	-0.0919	0.3763	0.4017	-0.1637	-0.2927	0.4813	-0.1278	-0.078	0.4786	-0.1208	0.3408	-12.6823	23.8569	19.2263
2	0.7304	-0.0982	-1.0231	0.5697	0.3608	1.5935	0.3646	0.4101	-0.2073	-0.4154	0.1599	0.2764	0.2066	0.2559	-0.4004	0.4137	-0.0225	-0.0332	0.5728	-0.1531	0.2337	-8.2184	30.6046	10.6672
3	1.8553	0.2522	-0.5317	3.6888	-1.7128	2.3535	-0.0065	0.2126	-0.3539	-0.1837	0.056	-0.0839	0.3914	-0.1176	-0.0535	0.451	0.024	-0.1022	0.4468	-0.1568	0.3041	-4.1211	27.1134	15.4837
4	0.0796	-0.3311	0.4939	1.9546	-3.3096	5.8524	0.0787	-0.0278	-0.0338	-0.52	0.2078	0.009	-0.0255	0.1685	-0.2364	0.3729	0.0116	-0.1043	0.2597	-0.1004	0.3453	-6.9449	17.9682	36.2031
5	3.6649	0.9483	0.5042	1.2963	-1.2741	2.7214	0.0608	-0.319	0.2682	0.556	-0.003	-0.4525	-0.3598	0.3274	-0.0741	0.2383	-0.0676	-0.0378	0.2994	-0.0835	0.3257	2.5256	37.3823	57.7249
6	1.7458	-1.0477	-0.3937	6.8754	6.543	6.6072	-0.055	0.164	-0.1338	-0.1204	0.1346	-0.0307	0.1511	-0.2425	0.1539	0.1746	0.019	-0.0798	0.117	-0.0542	0.3643	-7.2494	27.8535	50.4652
7	4.6465	-0.5982	-5.0968	0.8076	2.3202	9.3494	0.0041	0.0005	-0.3672	0.0159	0.0053	0.0366	0.654	-0.0894	-0.0066	0.2387	0.0096	-0.0629	0.2696	-0.0372	0.3458	-12.2685	34.2592	55.3655
8	2.1475	0.2805	-0.629	2.7554	2.0601	5.6617	0.012	-0.1091	-0.1993	-0.0683	-0.0557	0.1028	-0.2126	0.0645	0.0738	0.1187	0.027	-0.0324	0.1725	-0.0202	0.2966	-5.5909	28.9154	54.5849
9	4.8573	-2.4881	-3.4213	3.372	2.5098	6.5943	-0.2387	-0.0904	-0.047	0.1871	0.2576	-0.0015	-0.115	0.3604	-0.2428	0.3547	0.016	-0.019	0.4394	-0.0483	0.2821	6.4429	48.4515	19.8834
10	5.4641	3.5558	-5.3719	4.8541	-4.3245	5.8772	0.143	0.4403	0.294	0.3107	0.3598	0.1413	-0.3409	-0.5681	-0.2602	0.3595	0.0696	-0.0236	0.4447	-0.0912	0.1955	-4.9182	44.3279	17.2907
11	5.3127	0.914	-0.0717	2.6651	-0.5367	2.24	0.1141	0.5469	0.0246	-0.133	0.0102	0.1146	-0.9161	-0.4417	-0.173	0.4733	0.1319	0.0594	0.6	-0.004	0.2504	-1.8124	52.6791	10.5571
12	2.9403	0.4216	-1.2885	2.8539	0.3608	5.925	0.1004	0.2966	0.3037	0.012	0.3277	0.019	-0.2702	0.0381	-0.3525	0.289	0.0748	-0.0237	0.4304	-0.0203	0.2431	1.1545	47.1717	16.1259
13	1.484	-0.5631	0.6756	1.7088	0.0729	4.0494	-0.0898	0.0543	-0.0783	-0.0047	0.041	-0.0745	-0.2855	-0.1438	0.0013	0.1013	-0.0131	0.0086	0.1724	-0.0347	0.2892	3.1074	39.222	41.9249
14	2.1233	-1.2362	0.3075	3.6745	-1.4681	1.4385	-0.0766	0.0917	-0.0571	-0.0812	0.0792	0.0271	-0.0102	-0.0297	0.0118	0.1764	0.0118	-0.0336	0.2296	-0.137	0.2448	4.0859	36.1163	43.2964
15	8.5246	-7.3058	4.5684	8.9228	-7.9765	8.8242	-0.1256	0.6028	0.0382	0.0941	-0.3148	-0.6448	-0.142	0.4913	0.4975	0.2005	-0.0406	-0.057	0.1915	-0.0189	0.2395	12.9688	38.2405	45.0824
16	4.9556	-1.5138	1.7463	4.5968	-4.7634	5.2915	0.1099	0.2038	0.075	0.9272	-0.2242	-0.13	-0.9552	0.5935	0.0224	0.2615	-0.0394	-0.0701	0.2111	-0.0016	0.3563	12.7423	40.7309	49.9917
17	0.2892	0.4795	0.8444	1.2305	2.5503	5.7232	-0.0942	0.3175	0.1792	-0.3263	0.3176	-0.0323	-0.4531	0.3598	-0.2277	0.4202	-0.0849	0.021	0.3879	0.0792	0.3283	-26.2666	14.6173	16.3002
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19	2.3101	-1.5082	2.4019	5.7747	-4.1087	4.0218	-0.1288	-0.206	0.3491	-0.1536	0.3126	-0.751	0.763	-0.4502	-0.316	0.411	0.0405	-0.0725	0.5166	-0.0991	0.3963	-35.261	-10.2802	22.8814
20	2.3361	-0.2992	0.0509	2.2932	0.0907	1.5625	-0.4635	0.5057	-0.2108	-0.0798	0.4019	0.0595	-0.0425	-0.1898	0.1448	0.5047	-0.1048	-0.014	0.4433	-0.0316	0.2412	-36.0292	-4.9638	13.6727
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24	7.0484	-1.5022	3.2189	0.3394	-0.7577	1.7056	-0.8423	-0.7428	1.5859	1.3476	0.6262	-1.5043	0.2796	0.2738	0.1094	0.8245	0.1515	-0.1514	0.57	-0.2828	0.7619	-38.6911	14.2897	56.3391
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26	6.9736	1.6297	-0.0512	2.8429	0.843	3.0657	-0.3024	0.3571	0.373	-0.6641	0.2521	0.3313	-0.5295	-0.2706	0.1201	0.2642	0.0004	-0.0453	0.2287	0.0766	0.1878	-43.162	6.8727	39.5383
27	0.4668	-1.2313	-0.3093	4.5486	0.3583	2.2494	-0.1548	-0.2963	-0.0137	0.2491	0.1438	-0.237	0.1539	-0.0666	0.0119	0.1243	-0.0108	-0.04	0.1637	0.0384	0.1994	-36.6093	3.8743	45.4972
28	8.5049	-6.6054	-3.9805	5.153	3.3992	3.2296	0.2851	0.6073	-0.4117	-0.2439	-0.1725	0.0981	0.2144	-0.211	-0.0524	0.2693	-0.0221	-0.0655	0.1413	0.0138	0.2761	-42.4666	-3.6128	39.8455
29	3.2534	-1.8948	-2.2402	4.3783	4.9373	5.5887	0.04	0.0278	0.0172	0.3899	0.1395	-0.1751	0.4936	-0.3328	-0.1584	0.2459	-0.053	-0.0085	0.1811	0.0469	0.3332	-45.0412	-2.3754	47.9539
30	8.0288	5.2404	-2.0856	5.0275	-2.759	2.6324	0.3923	0.0734	0.067	1.1373	-0.0768	0.327	0.1573	-1.0604	0.0929	0.396	0.07	-0.0059	0.6603	-0.221	0.3268	-7.0262	36.2846	30.5742
31	5.7045	3.6648	-5.2321	3.4041	-2.2508	5.9961	0.3459	0.0848	-0.7553	1.2421	-0.3092	0.0885	0.2669	0.7349	0.049	0.3617	-0.0105	-0.0679	0.4993	-0.0131	0.3892	-25.6429	3.5583	28.5391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:25)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 26:38)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 39:102)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 103:113)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 114:128)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 129:150)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 151:163)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 164:212)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 1:33)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 34:51)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 52:72)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 73:105)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 106:151)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 152:194)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 195:209)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 210:221)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 1:113)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 114:213)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 1:17)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resseq 18:43)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 44:82)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resseq 83:117)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resseq 118:131)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resseq 132:140)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resseq 141:156)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resseq 157:171)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resseq 172:199)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resseq 200:209)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resseq 210:220)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resseq 2:11)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resseq 2:11)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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