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万見
- PDB-6atz: HLA-DRB1*1402 in complex with citrullinated fibrinogen peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6atz
タイトルHLA-DRB1*1402 in complex with citrullinated fibrinogen peptide
要素
  • Fibrinogen beta chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • MHC class II antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / MHC / citrulline / Rheumatoid Arthritis
機能・相同性
機能・相同性情報


sugar-phosphatase activity / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation ...sugar-phosphatase activity / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / polysaccharide binding / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / T cell receptor binding / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / early endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Histidine acid phosphatases active site signature. / : / Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain ...Histidine acid phosphatases active site signature. / : / Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Histidine phosphatase superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / Acid glucose-1-phosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ting, Y.T. / Scally, S.W. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Ann. Rheum. Dis. / 年: 2017
タイトル: Molecular basis for increased susceptibility of Indigenous North Americans to seropositive rheumatoid arthritis.
著者: Scally, S.W. / Law, S.C. / Ting, Y.T. / Heemst, J.V. / Sokolove, J. / Deutsch, A.J. / Bridie Clemens, E. / Moustakas, A.K. / Papadopoulos, G.K. / Woude, D.V. / Smolik, I. / Hitchon, C.A. / ...著者: Scally, S.W. / Law, S.C. / Ting, Y.T. / Heemst, J.V. / Sokolove, J. / Deutsch, A.J. / Bridie Clemens, E. / Moustakas, A.K. / Papadopoulos, G.K. / Woude, D.V. / Smolik, I. / Hitchon, C.A. / Robinson, D.B. / Ferucci, E.D. / Bernstein, C.N. / Meng, X. / Anaparti, V. / Huizinga, T. / Kedzierska, K. / Reid, H.H. / Raychaudhuri, S. / Toes, R.E. / Rossjohn, J. / El-Gabalawy, H. / Thomas, R.
履歴
登録2017年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: MHC class II antigen
C: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
D: MHC class II antigen
E: Fibrinogen beta chain
F: Fibrinogen beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,70911
ポリマ－87,5426
非ポリマー1,1675
水2,018112
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: MHC class II antigen
E: Fibrinogen beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4966
ポリマ－43,7713
非ポリマー7253
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7450 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
2
C: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
D: MHC class II antigen
F: Fibrinogen beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2135
ポリマ－43,7713
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7780 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.881, 72.885, 95.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 3 through 21 or (resid 22...
21(chain D and (resid 3 through 51 or resid 53...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHR(chain B and (resid 3 through 21 or (resid 22...BB3 - 211 - 19
12GLUGLUARGARG(chain B and (resid 3 through 21 or (resid 22...BB22 - 2320 - 21
13THRTHRALAALA(chain B and (resid 3 through 21 or (resid 22...BB3 - 1901 - 188
14THRTHRALAALA(chain B and (resid 3 through 21 or (resid 22...BB3 - 1901 - 188
15THRTHRALAALA(chain B and (resid 3 through 21 or (resid 22...BB3 - 1901 - 188
16THRTHRALAALA(chain B and (resid 3 through 21 or (resid 22...BB3 - 1901 - 188
21THRTHRTHRTHR(chain D and (resid 3 through 51 or resid 53...DD3 - 511 - 49
22LEULEUPROPRO(chain D and (resid 3 through 51 or resid 53...DD53 - 9751 - 95
23VALVALLEULEU(chain D and (resid 3 through 51 or resid 53...DD99 - 16197 - 159
24THRTHRTRPTRP(chain D and (resid 3 through 51 or resid 53...DD163 - 188161 - 186
25ARGARGALAALA(chain D and (resid 3 through 51 or resid 53...DD189 - 190187 - 188
26THRTHRALAALA(chain D and (resid 3 through 51 or resid 53...DD3 - 1901 - 188
27THRTHRALAALA(chain D and (resid 3 through 51 or resid 53...DD3 - 1901 - 188
28THRTHRALAALA(chain D and (resid 3 through 51 or resid 53...DD3 - 1901 - 188
29THRTHRALAALA(chain D and (resid 3 through 51 or resid 53...DD3 - 1901 - 188

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 20598.287 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 MHC class II antigen


分子量: 21951.359 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0A1I7H6

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 6分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド Fibrinogen beta chain / Fibrinogen beta- 74Cit69-81


分子量: 1221.367 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 69-81 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02675*PLUS
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 113分子

#5: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 30% PEG3350, 0.2 M potassium nitrate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.06 Å / Num. obs: 24028 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 71175 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.8330.481958631460.7540.3280.5842.398.8
8.95-47.062.70.06318557000.9910.0440.07710.399.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4MCY

4mcy


解像度: 2.7→45.478 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 1106 4.61 %
Rwork0.2012 22901 -
obs0.203 24007 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.85 Å2 / Biso mean: 40.8262 Å2 / Biso min: 21.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→45.478 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6051 0 153 112 6316
Biso mean--59.2 33.73 -
残基数----753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5728608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031115
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5823656
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B2247X-RAY DIFFRACTION7.14TORSIONAL
12D2247X-RAY DIFFRACTION7.14TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7001-2.8230.33081140.25472845295999
2.823-2.97180.37151400.26142833297399
2.9718-3.15790.3221370.23422847298499
3.1579-3.40170.25451150.22142863297899
3.4017-3.74380.25931250.19382858298399
3.7438-4.28520.21351480.17152868301699
4.2852-5.39750.18591570.160228593016100
5.3975-45.48460.21681700.21312928309899

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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