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万見
- PDB-6atu: Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6atu
タイトルExploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular Toolbox
要素Elafin
キーワードTOXIN / Knottins / Cystine knot / Toxins
機能・相同性
機能・相同性情報


cornification / copulation / structural constituent of skin epidermis / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / Antimicrobial peptides / endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / antibacterial humoral response / extracellular matrix ...cornification / copulation / structural constituent of skin epidermis / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / Antimicrobial peptides / endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / antibacterial humoral response / extracellular matrix / innate immune response / : / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Seminal vesicle protein I / Seminal vesicle protein I repeats signature. / Trappin protein transglutaminase-binding repeat / : / Trappin protein transglutaminase binding domain / Elafin-like / R-elafin / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' ...Seminal vesicle protein I / Seminal vesicle protein I repeats signature. / Trappin protein transglutaminase-binding repeat / : / Trappin protein transglutaminase binding domain / Elafin-like / R-elafin / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gewe, M.M. / Rupert, P. / Strong, R.K.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Screening, large-scale production and structure-based classification of cystine-dense peptides.
著者: Correnti, C.E. / Gewe, M.M. / Mehlin, C. / Bandaranayake, A.D. / Johnsen, W.A. / Rupert, P.B. / Brusniak, M.Y. / Clarke, M. / Burke, S.E. / De Van Der Schueren, W. / Pilat, K. / Turnbaugh, S. ...著者: Correnti, C.E. / Gewe, M.M. / Mehlin, C. / Bandaranayake, A.D. / Johnsen, W.A. / Rupert, P.B. / Brusniak, M.Y. / Clarke, M. / Burke, S.E. / De Van Der Schueren, W. / Pilat, K. / Turnbaugh, S.M. / May, D. / Watson, A. / Chan, M.K. / Bahl, C.D. / Olson, J.M. / Strong, R.K.
履歴
登録2017年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elafin
B: Elafin
C: Elafin
D: Elafin
E: Elafin
F: Elafin
G: Elafin
H: Elafin
I: Elafin
J: Elafin
K: Elafin
L: Elafin
M: Elafin
N: Elafin
O: Elafin
P: Elafin
Q: Elafin
R: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,85018
ポリマ－110,85018
非ポリマー00
水5,621312
1
A: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
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8
H: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
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10
J: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
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水181
タイプ名称対称操作数
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11
K: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
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水181
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12
L: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
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非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
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13
M: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
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14
N: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
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15
O: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
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16
P: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
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17
Q: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
18
R: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1581
ポリマ－6,1581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
19
B: Elafin
C: Elafin
G: Elafin
I: Elafin
N: Elafin
O: Elafin
P: Elafin
Q: Elafin

M: Elafin

A: Elafin
D: Elafin
F: Elafin
J: Elafin
R: Elafin

E: Elafin
H: Elafin
K: Elafin
L: Elafin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,85018
ポリマ－110,85018
非ポリマー00
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation4_564y,-x+1,z-1/41
crystal symmetry operation4_464y-1,-x+1,z-1/41
Buried area22480 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area41760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.333, 71.333, 214.444
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質
Elafin / Elastase-specific inhibitor / ESI / Peptidase inhibitor 3 / PI-3 / Protease inhibitor WAP3 / Skin- ...Elastase-specific inhibitor / ESI / Peptidase inhibitor 3 / PI-3 / Protease inhibitor WAP3 / Skin-derived antileukoproteinase / SKALP / WAP four-disulfide core domain protein 14


分子量: 6158.354 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PI3, WAP3, WFDC14 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19957
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4M Na malonate pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→71.33 Å / Num. obs: 41565 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 29.91
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Num. unique obs: 2035 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.196 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FLE

1fle


解像度: 2.4→71.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 8.379 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.249 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24825 2051 4.9 %RANDOM
Rwork0.19649 ---
obs0.19915 39448 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.584 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→71.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6305 0 0 312 6617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196491
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1972.038812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.707314599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7365861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.20124.465159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.92151147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9871535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0226916
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02983
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0865.5813498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0765.583497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.1939.3724341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.1939.3744342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.486.2882993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4796.292994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.07210.3114471
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.15651.8776302
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.17151.8936262
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.396→2.458 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 158 -
Rwork0.278 2852 -
obs--96.07 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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