PDB-6asp: Structure of Grp94 with methyl 3-chloro-2-(2-(1-(2-ethoxybenzyl)-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6asp

タイトル

Structure of Grp94 with methyl 3-chloro-2-(2-(1-(2-ethoxybenzyl)-1 H-imidazol-2-yl)ethyl)-4,6-dihydroxybenzoate, a Grp94-selective inhibitor and promising therapeutic lead for treating myocilin-associated glaucoma

要素

Endoplasmin

キーワード

CHAPERONE/INHIBITOR / Grp94 / Hsp90 / Inhibitor / Glaucoma / CHAPERONE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Trafficking and processing of endosomal TLR / Scavenging by Class A Receptors / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Post-translational protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum lumen / ERAD pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / melanosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.696 Å

データ登録者

Huard, D.J.E. / Lieberman, R.L.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Trifunctional High-Throughput Screen Identifies Promising Scaffold To Inhibit Grp94 and Treat Myocilin-Associated Glaucoma.
著者: Huard, D.J.E. / Crowley, V.M. / Du, Y. / Cordova, R.A. / Sun, Z. / Tomlin, M.O. / Dickey, C.A. / Koren, J. / Blair, L. / Fu, H. / Blagg, B.S.J. / Lieberman, R.L.

履歴

登録	2017年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6asp.cif.gz	192.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6asp.ent.gz	151.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6asp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6asp_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6asp_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	6asp_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	6asp_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6asp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6asp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6asqC 2gfdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yi7-d 6aom-2 7k9u-2 6eya-d 1ysz-d 5ttz-2 2yeg-2 5in9-1 5uc4-4 4ykw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (14) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoplasmin

B: Endoplasmin

ヘテロ分子

59 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoplasmin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoplasmin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.661, 84.772, 96.013
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endoplasmin / 94 kDa glucose-regulated protein / GRP-94 / Heat shock protein 90 kDa beta member 1 分子量: 26187.615 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 69-286, GGGG linker, 328-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: HSP90B1, GRP94, TRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41148
#2: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-V2C / methyl 3-chloro-2-(2-(1-(2-ethoxybenzyl)-1 H-imidazol-2-yl)ethyl)-4,6-dihydroxybenzoate 分子量: 430.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃ClN₂O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化	温度: 289.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 1:1 30 mg/mL protein in 100 mM bicine, pH 7.8 against mother liquor (37% PEG400, 5% glycerol, 100 mM bicine, pH 7.8, 75 mM magnesium chloride). Crystals were harvested, and soaked for 48 ...詳細: 1:1 30 mg/mL protein in 100 mM bicine, pH 7.8 against mother liquor (37% PEG400, 5% glycerol, 100 mM bicine, pH 7.8, 75 mM magnesium chloride). Crystals were harvested, and soaked for 48 hours in mother liquor containing 3.69 mM inhibitor. After soaking, glycerol was added to ~25% final concentration.

結晶

マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.78 %

結晶化

温度: 289.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 1:1 30 mg/mL protein in 100 mM bicine, pH 7.8 against mother liquor (37% PEG400, 5% glycerol, 100 mM bicine, pH 7.8, 75 mM magnesium chloride). Crystals were harvested, and soaked for 48 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 197.5 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月22日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.696→38.78 Å / Num. obs: 15293 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 41.77 Å² / R_merge(I) obs: 0.1301 / Net I/σ(I): 22.46
反射シェル	解像度: 2.696→2.792 Å / R_merge(I) obs: 0.6753

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2GFD

2gfd

解像度: 2.696→38.776 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2377	1527	10 %
R_work	0.1777	-	-
obs	0.1836	15264	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.696→38.776 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3378	0	164	37	3579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3576
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.244	4787
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.256	2102
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	552
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	587

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6955-2.7825	0.2822	133	0.2144	1191	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7825-2.8819	0.3107	133	0.2171	1213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8819-2.9972	0.2661	138	0.1971	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9972-3.1336	0.2616	138	0.1844	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1336-3.2987	0.2504	136	0.1794	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2987-3.5053	0.2536	137	0.1685	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5053-3.7757	0.2119	139	0.1602	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7757-4.1553	0.2108	140	0.155	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1553-4.7556	0.2076	140	0.1409	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7556-5.9881	0.2383	144	0.1911	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9881-38.7796	0.2348	149	0.2082	1336	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5546	0.2769	0.0318	0.1044	-0.0317	0.2766	-0.5229	0.7792	-0.4131	0.2391	0.7923	-0.3383	-0.0844	0.1904	0.0284	0.3179	0.165	-0.0187	0.2571	0.0287	0.1801	-60.1573	32.9049	-69.5076
2	0.3992	0.1761	0.2333	0.3174	-0.2671	0.716	0.0331	-0.0105	0.0474	0.0398	-0.0853	0.0866	0.1189	0.0082	-0.0001	0.1838	-0.0024	0.0258	0.1873	-0.0454	0.218	-55.9468	37.3784	-49.9715
3	0.2817	-0.0297	0.0903	0.1645	0.0396	0.1159	-0.2668	0.1539	0.0138	-0.4162	-0.5505	-0.3074	0.1783	0.8112	-0.05	0.4965	0.2523	0.1255	0.9209	-0.0545	0.4585	-48.6219	31.0111	-69.551
4	1.2786	0.0364	-0.0819	0.7572	0.4271	1.1953	0.2165	-0.0888	-0.1792	-0.0007	-0.1692	-0.105	0.1542	0.0207	0.0004	0.2179	-0.0249	-0.0596	0.1606	-0.0381	0.2292	-61.9095	31.9464	-50.3675
5	0.1989	0.1651	0.0371	0.092	-0.083	0.4892	-0.311	0.2209	0.5069	0.2171	0.4074	0.0408	0.177	0.2955	0.0094	0.3471	0.0966	-0.0188	0.3291	-0.0225	0.1147	-59.9989	74.8129	-66.2663
6	0.4308	-0.2018	0.3014	0.3287	-0.284	0.3519	0.0985	-0.1436	0.0121	0.0609	-0.0497	-0.053	-0.0295	-0.1146	0.0001	0.1686	-0.0058	0.0127	0.2131	-0.0459	0.1486	-55.3981	77.1121	-44.5132
7	2.1098	-0.3194	0.4891	0.9244	0.4635	1.9537	-0.0179	-0.0024	0.0332	-0.0539	0.0454	-0.0626	0.0202	0.0957	0.0011	0.1201	-0.0053	-0.0033	0.138	-0.0499	0.1428	-59.3022	74.97	-50.9923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 74 through 96 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 97 through 164 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 165 through 195 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 196 through 337 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 74 through 96 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 97 through 149 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 150 through 337 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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