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- PDB-6arb: CRYSTAL STRUCTURE OF PROTEIN CitE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6arb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PROTEIN CitE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN COMPLEX WITH MAGNESIUM, PYRUVATE AND COENZYME A
要素Citrate lyase subunit beta-like protein
キーワードLYASE / PROTEIN CitE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / COENZYME A / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ / oxaloacetate metabolic process / lyase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Citrate lyase beta subunit-like / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / PHOSPHATE ION / PYRUVIC ACID / Citrate lyase subunit beta-like protein / Citrate lyase subunit beta-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.717 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wang, H. / Bonanno, J.B. / Carvalho, L. / Almo, S.C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: An essential bifunctional enzyme inMycobacterium tuberculosisfor itaconate dissimilation and leucine catabolism.
著者: Wang, H. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Hunt, D.M. / Rodgers, A. / Douglas, H.L. / Garza-Garcia, A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / de Carvalho, L.P.S.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018
タイトル: Discovery of a novel stereospecific beta-hydroxyacyl-CoA lyase/thioesterase shared by three metabolic pathways in Mycobacterium tuberculosis
著者: Wang, H. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Hunt, D.M. / Rodgers, A. / Garza-Garcia, A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
履歴
登録2017年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年3月1日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate lyase subunit beta-like protein
B: Citrate lyase subunit beta-like protein
C: Citrate lyase subunit beta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,24120
ポリマ－89,8563
非ポリマー3,38517
水8,017445
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15490 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area28950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.533, 73.491, 86.459
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-508-

HOH

21C-430-

HOH

詳細trimer by gel filtration

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Citrate lyase subunit beta-like protein


分子量: 29951.939 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: citE, Rv2498c / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPE1, UniProt: P9WPE0*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ

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非ポリマー , 6種, 462分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.4 M Ammonium phosphate, no buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.717→28.454 Å / Num. obs: 163623 / % possible obs: 98.93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 15.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.1_743精密化
MOSFLMデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U5H

1u5h


解像度: 1.717→28.454 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 6498 3.97 %
Rwork0.219 --
obs0.2207 163623 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.315 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6012 Å2-0 Å2-0.8368 Å2
2--0.2971 Å2-0 Å2
3----1.8984 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.717→28.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5976 0 210 445 6631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0568545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8052302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051119
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7173-1.73680.38521720.36184580X-RAY DIFFRACTION87
1.7368-1.75730.37462030.35335145X-RAY DIFFRACTION96
1.7573-1.77870.37612260.325132X-RAY DIFFRACTION98
1.7787-1.80120.33161930.30175340X-RAY DIFFRACTION99
1.8012-1.82490.34371830.32015231X-RAY DIFFRACTION99
1.8249-1.84990.3252050.28835249X-RAY DIFFRACTION99
1.8499-1.87630.37572390.32595282X-RAY DIFFRACTION99
1.8763-1.90430.3322500.27485154X-RAY DIFFRACTION99
1.9043-1.93410.3112250.25545304X-RAY DIFFRACTION99
1.9341-1.96580.27712260.2345243X-RAY DIFFRACTION100
1.9658-1.99970.30972660.23785241X-RAY DIFFRACTION100
1.9997-2.0360.28472230.23365207X-RAY DIFFRACTION100
2.036-2.07520.28631850.23025312X-RAY DIFFRACTION99
2.0752-2.11750.25851930.22155352X-RAY DIFFRACTION100
2.1175-2.16350.25071910.21465385X-RAY DIFFRACTION100
2.1635-2.21390.28472070.21795223X-RAY DIFFRACTION100
2.2139-2.26920.26512040.22515263X-RAY DIFFRACTION100
2.2692-2.33050.28012570.22115242X-RAY DIFFRACTION100
2.3305-2.39910.27662230.20685287X-RAY DIFFRACTION100
2.3991-2.47650.27152190.2015267X-RAY DIFFRACTION100
2.4765-2.56490.25312270.20215253X-RAY DIFFRACTION100
2.5649-2.66750.28212480.20685273X-RAY DIFFRACTION100
2.6675-2.78880.26452480.21255291X-RAY DIFFRACTION100
2.7888-2.93570.27022050.2045307X-RAY DIFFRACTION100
2.9357-3.11950.21162340.20475221X-RAY DIFFRACTION100
3.1195-3.360.25822240.19595318X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.69740.22382180.19085256X-RAY DIFFRACTION100
3.6974-4.2310.21572090.19245260X-RAY DIFFRACTION99
4.231-5.32490.1992100.18995297X-RAY DIFFRACTION100
5.3249-28.45760.26331850.22975210X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6184-0.1783-0.15150.47410.19591.0445-0.02560.0623-0.0875-0.0137-0.02990.07570.1845-0.19230.03520.0744-0.0482-0.00150.09630.00530.0884-13.9019-3.5818-23.0409
20.4198-0.0013-0.09040.919-0.16340.9559-0.01190.0158-0.029-0.1101-0.0267-0.1430.07550.23480.02640.06440.0230.01170.1414-0.00860.099618.98364.7959-22.9733
30.62460.2090.14170.57660.07090.9258-0.08250.04340.1085-0.07960.0410.0807-0.3474-0.12560.02950.11130.0043-0.00790.00620.00690.0528-4.831628.9474-23.1521
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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