PDB-6aqy: Crystal structure of a gdp-l-fucose synthetase from Naegleria fowleri

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aqy

タイトル

Crystal structure of a gdp-l-fucose synthetase from Naegleria fowleri

要素

gdp-l-fucose synthetase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NIAID / structural genomics / brain-eating bacteria / NADP-dependent / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a gdp-l-fucose synthetase from Naegleria fowleri
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

履歴

登録	2017年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aqy.cif.gz	751.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aqy.ent.gz	620.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6aqy_validation.pdf.gz	485.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aqy_full_validation.pdf.gz	504.2 KB	表示
XML形式データ	6aqy_validation.xml.gz	64.3 KB	表示
CIF形式データ	6aqy_validation.cif.gz	88.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e5yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4oga-d 3w13-d 6znd-d 3w11-d 4n5f-d 5a9w-d 6aqz-1 6vep-2 2zoq-d 5a9y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NafoA.00085.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: gdp-l-fucose synthetase

B: gdp-l-fucose synthetase

C: gdp-l-fucose synthetase

D: gdp-l-fucose synthetase

E: gdp-l-fucose synthetase

F: gdp-l-fucose synthetase

ヘテロ分子

235 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: gdp-l-fucose synthetase

B: gdp-l-fucose synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
78.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: gdp-l-fucose synthetase

D: gdp-l-fucose synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: gdp-l-fucose synthetase

F: gdp-l-fucose synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.730, 102.100, 121.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 10 or (resid 11 through 13...
2	1	(chain B and (resid 10 or (resid 11 through 13...
3	1	(chain C and (resid 10 or (resid 11 through 13...
4	1	(chain D and (resid 10 through 16 or (resid 17...
5	1	(chain E and (resid 10 or (resid 11 through 13...
6	1	(chain F and (resid 10 through 65 or (resid 66...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PRO	PRO	(chain A and (resid 10 or (resid 11 through 13...	A	A	10	18
1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	(chain A and (resid 10 or (resid 11 through 13...	A	A	11 - 13	19 - 21
1	3	HIS	HIS	LYS	LYS	(chain A and (resid 10 or (resid 11 through 13...	A	A	0 - 333	8 - 341
1	4	HIS	HIS	LYS	LYS	(chain A and (resid 10 or (resid 11 through 13...	A	A	0 - 333	8 - 341
1	5	HIS	HIS	LYS	LYS	(chain A and (resid 10 or (resid 11 through 13...	A	A	0 - 333	8 - 341
1	6	HIS	HIS	LYS	LYS	(chain A and (resid 10 or (resid 11 through 13...	A	A	0 - 333	8 - 341
2	1	PRO	PRO	PRO	PRO	(chain B and (resid 10 or (resid 11 through 13...	B	B	10	18
2	2	ILE	ILE	LEU	LEU	(chain B and (resid 10 or (resid 11 through 13...	B	B	11 - 13	19 - 21
2	3	ARG	ARG	LYS	LYS	(chain B and (resid 10 or (resid 11 through 13...	B	B	4 - 333	12 - 341
2	4	ARG	ARG	LYS	LYS	(chain B and (resid 10 or (resid 11 through 13...	B	B	4 - 333	12 - 341
2	5	ARG	ARG	LYS	LYS	(chain B and (resid 10 or (resid 11 through 13...	B	B	4 - 333	12 - 341
2	6	ARG	ARG	LYS	LYS	(chain B and (resid 10 or (resid 11 through 13...	B	B	4 - 333	12 - 341
3	1	PRO	PRO	PRO	PRO	(chain C and (resid 10 or (resid 11 through 13...	C	C	10	18
3	2	ILE	ILE	LEU	LEU	(chain C and (resid 10 or (resid 11 through 13...	C	C	11 - 13	19 - 21
3	3	GLN	GLN	LYS	LYS	(chain C and (resid 10 or (resid 11 through 13...	C	C	3 - 333	11 - 341
3	4	GLN	GLN	LYS	LYS	(chain C and (resid 10 or (resid 11 through 13...	C	C	3 - 333	11 - 341
3	5	GLN	GLN	LYS	LYS	(chain C and (resid 10 or (resid 11 through 13...	C	C	3 - 333	11 - 341
3	6	GLN	GLN	LYS	LYS	(chain C and (resid 10 or (resid 11 through 13...	C	C	3 - 333	11 - 341
4	1	PRO	PRO	ASP	ASP	(chain D and (resid 10 through 16 or (resid 17...	D	D	10 - 16	18 - 24
4	2	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain D and (resid 10 through 16 or (resid 17...	D	D	17 - 20	25 - 28
4	3	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain D and (resid 10 through 16 or (resid 17...	D	D	5 - 333	13 - 341
4	4	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain D and (resid 10 through 16 or (resid 17...	D	D	5 - 333	13 - 341
4	5	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain D and (resid 10 through 16 or (resid 17...	D	D	5 - 333	13 - 341
4	6	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain D and (resid 10 through 16 or (resid 17...	D	D	5 - 333	13 - 341
5	1	PRO	PRO	PRO	PRO	(chain E and (resid 10 or (resid 11 through 13...	E	E	10	18
5	2	ILE	ILE	LEU	LEU	(chain E and (resid 10 or (resid 11 through 13...	E	E	11 - 13	19 - 21
5	3	MET	MET	LYS	LYS	(chain E and (resid 10 or (resid 11 through 13...	E	E	1 - 333	9 - 341
5	4	MET	MET	LYS	LYS	(chain E and (resid 10 or (resid 11 through 13...	E	E	1 - 333	9 - 341
5	5	MET	MET	LYS	LYS	(chain E and (resid 10 or (resid 11 through 13...	E	E	1 - 333	9 - 341
5	6	MET	MET	LYS	LYS	(chain E and (resid 10 or (resid 11 through 13...	E	E	1 - 333	9 - 341
6	1	PRO	PRO	PHE	PHE	(chain F and (resid 10 through 65 or (resid 66...	F	F	10 - 65	18 - 73
6	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain F and (resid 10 through 65 or (resid 66...	F	F	66 - 67	74 - 75
6	3	PRO	PRO	LYS	LYS	(chain F and (resid 10 through 65 or (resid 66...	F	F	10 - 333	18 - 341
6	4	PRO	PRO	LYS	LYS	(chain F and (resid 10 through 65 or (resid 66...	F	F	10 - 333	18 - 341
6	5	PRO	PRO	LYS	LYS	(chain F and (resid 10 through 65 or (resid 66...	F	F	10 - 333	18 - 341
6	6	PRO	PRO	LYS	LYS	(chain F and (resid 10 through 65 or (resid 66...	F	F	10 - 333	18 - 341

#1: タンパク質	gdp-l-fucose synthetase 分子量: 39026.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TCK0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: NafoA.00085.a.B1.PS38274 at 12 mg/mL against Morpheus screen condition C8 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 30 mM sodium nitrate, 30 mM disodium hydrogen phosphate, 30 mM ammonium ...詳細: NafoA.00085.a.B1.PS38274 at 12 mg/mL against Morpheus screen condition C8 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 30 mM sodium nitrate, 30 mM disodium hydrogen phosphate, 30 mM ammonium sulfate, 0.1 M MOPS/HEPES pH 7.5, crystal tracking ID 292647c8, dhq2-1 unique puck ID

結晶

マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.27 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: NafoA.00085.a.B1.PS38274 at 12 mg/mL against Morpheus screen condition C8 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 30 mM sodium nitrate, 30 mM disodium hydrogen phosphate, 30 mM ammonium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→35.558 Å / Num. obs: 75854 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.174 % / B_iso Wilson estimate: 57.53 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 1.036 / Net I/σ(I): 19.16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.55-2.62	4.276	0.567	2.77	5557	0.82	0.646	99.9
2.62-2.69	4.267	0.431	3.62	5480	0.896	0.491	99.9
2.69-2.77	4.278	0.343	4.7	5312	0.926	0.391	99.9
2.77-2.85	4.259	0.273	5.77	5133	0.954	0.312	99.8
2.85-2.94	4.247	0.207	7.57	4983	0.971	0.237	99.6
2.94-3.05	4.244	0.155	9.85	4807	0.984	0.176	99.7
3.05-3.16	4.212	0.116	12.76	4668	0.99	0.133	99.7
3.16-3.29	4.199	0.091	15.84	4498	0.993	0.104	99.8
3.29-3.44	4.17	0.069	19.59	4302	0.996	0.079	99.7
3.44-3.61	4.134	0.053	23.91	4100	0.997	0.061	99.8
3.61-3.8	4.104	0.044	27.82	3942	0.998	0.05	99.8
3.8-4.03	4.076	0.039	31.37	3705	0.998	0.045	99.8
4.03-4.31	4.081	0.035	34.44	3512	0.998	0.04	99.8
4.31-4.66	4.065	0.031	37.36	3253	0.998	0.036	99.8
4.66-5.1	4.08	0.03	37.95	3018	0.999	0.034	99.7
5.1-5.7	4.077	0.03	38.04	2713	0.998	0.034	99.8
5.7-6.58	4.086	0.029	37.96	2405	0.999	0.033	99.9
6.58-8.06	4.062	0.024	40.55	2046	0.999	0.027	99.9
8.06-11.4	4.042	0.02	44.12	1588	0.999	0.022	98.7
11.4-35.558	3.722	0.02	42.22	832	0.999	0.023	91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4e5y

4e5y

解像度: 2.55→35.558 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2403	2059	2.72 %
R_work	0.1857	-	-
obs	0.1872	75816	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 193.27 Å² / B_iso mean: 71.423 Å² / B_iso min: 24.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.55→35.558 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14496	0	22	150	14668
B_iso mean	-	-	151	53.53	-
残基数	-	-	-	-	1926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	14887
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.897	20281
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2226
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.337	8668

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	7009	X-RAY DIFFRACTION	9.57	TORSIONAL
1	2	B	7009	X-RAY DIFFRACTION	9.57	TORSIONAL
1	3	C	7009	X-RAY DIFFRACTION	9.57	TORSIONAL
1	4	D	7009	X-RAY DIFFRACTION	9.57	TORSIONAL
1	5	E	7009	X-RAY DIFFRACTION	9.57	TORSIONAL
1	6	F	7009	X-RAY DIFFRACTION	9.57	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.55-2.6093	0.3298	134	0.2703	4894	5028	100
2.6093-2.6745	0.3057	124	0.2508	4878	5002	100
2.6745-2.7468	0.2759	122	0.2367	4942	5064	100
2.7468-2.8276	0.3156	135	0.2394	4905	5040	100
2.8276-2.9188	0.2917	139	0.2463	4879	5018	100
2.9188-3.0231	0.3053	155	0.2401	4856	5011	100
3.0231-3.144	0.3177	155	0.2226	4891	5046	100
3.144-3.287	0.2874	153	0.2277	4897	5050	100
3.287-3.4602	0.2711	139	0.2128	4913	5052	100
3.4602-3.6768	0.2535	152	0.1922	4911	5063	100
3.6768-3.9603	0.2201	163	0.173	4894	5057	100
3.9603-4.3582	0.2029	138	0.154	4925	5063	100
4.3582-4.9874	0.1751	122	0.1477	4978	5100	100
4.9874-6.278	0.2335	115	0.1775	4980	5095	100
6.278-35.5615	0.1984	113	0.1556	5014	5127	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2453	-0.3671	-0.7321	5.1159	-2.6074	2.3568	0.0259	-0.2801	0.1914	0.3642	0.0855	-0.1669	-0.6554	0.0806	-0.1408	0.59	0.0235	-0.0398	0.336	-0.1408	0.388	-43.5248	21.0773	33.0725
2	3.3466	-1.369	-0.4	7.3727	3.4563	6.2265	-0.1056	-0.5976	-0.4008	1.0492	0.1906	0.1749	0.7143	0.0474	-0.0953	0.4725	0.0236	-0.0146	0.3639	0.0555	0.345	-48.2016	7.4491	35.5013
3	3.0636	-0.4121	-1.5719	3.5028	1.4719	3.6956	-0.0256	-0.0257	-0.0715	-0.1165	0.0578	-0.2031	-0.0581	0.3445	-0.0097	0.3284	-0.0115	-0.0466	0.2691	0.0283	0.3144	-42.8328	7.2585	19.1215
4	4.0963	-1.3049	1.4177	1.4666	-0.2507	2.8737	-0.0229	-0.4135	0.0701	0.067	0.0742	-0.4266	-0.0613	0.7713	-0.0222	0.4597	-0.0526	-0.057	0.6874	-0.0711	0.6005	-24.6359	11.9675	31.488
5	1.566	1.0011	1.0599	2.1679	-0.3065	3.3135	-0.0898	-0.0283	-0.0046	-0.0124	0.0212	0.1111	0.6126	-0.1747	0.0649	0.5258	-0.0609	0.0866	0.2824	-0.0267	0.4968	-57.6407	-20.0445	3.2624
6	2.9015	0.3802	-0.4665	5.9708	1.3803	4.769	-0.3138	-0.3018	0.109	0.289	0.0658	0.5753	0.5414	-0.3666	0.3237	0.434	-0.0041	0.0399	0.2759	0.0022	0.3965	-58.3142	-14.6626	14.1094
7	2.5504	0.0214	-0.7747	2.8718	0.895	3.4569	-0.0127	0.0966	0.2369	-0.0601	0.0984	-0.0764	-0.1119	0.1156	-0.0737	0.3721	0.0081	-0.0037	0.2782	0.0031	0.3673	-46.8845	-4.4203	8.871
8	1.5782	0.0563	1.0667	3.8961	-1.966	4.1058	0.0345	0.1519	0.2908	-0.4272	0.2815	0.6186	0.0064	-0.3331	-0.2961	0.5558	-0.0184	0.0643	0.3452	0.0744	0.563	-57.4154	-5.2218	-9.6237
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11	0.3359	-1.015	0.6156	4.8411	-1.0067	4.5203	0.0108	-0.1169	0.1302	0.2031	-0.1388	-0.4517	-0.0914	-0.2144	0.1273	0.3314	0.0303	-0.112	0.4889	-0.0208	0.566	-8.4706	9.9838	-18.5427
12	6.3303	0.8981	-0.4375	2.334	-0.14	1.5084	0.0153	0.0987	-0.0903	0.3561	-0.038	-0.1632	0.1854	0.0725	0.0201	0.5633	0.0202	-0.0297	0.2973	0.0033	0.3388	-26.9824	18.9536	-26.9529
13	3.4505	-2.0015	1.4659	5.2873	-1.5124	6.6241	0.1446	-0.6786	-0.7714	0.1085	0.1496	-0.003	0.9746	-0.6748	-0.158	0.7645	-0.1562	-0.1775	0.6943	0.2871	0.81	-0.6882	-18.7807	1.759
14	2.6327	-2.0427	2.46	2.6104	-0.1536	7.1623	0.7021	-0.2281	-0.5705	-0.7229	-0.4782	-0.3492	1.9687	0.8003	-0.023	0.7968	0.0105	-0.0878	0.5213	0.1538	0.9278	2.3495	-18.743	-10.6825
15	3.4226	-2.9612	2.2879	5.2694	-3.004	7.8025	-0.0242	-0.377	-0.0504	-0.2996	-0.3052	-0.6328	0.4785	-0.0954	0.042	0.4523	0.0002	-0.1196	0.5373	0.0299	0.652	-1.4066	-7.2904	-12.5204
16	2.3671	-3.2809	0.1951	6.1898	-2.5948	5.8129	-0.5988	-1.2344	0.3562	0.585	0.6741	-0.102	-0.5865	-0.6163	-0.0966	0.5382	0.113	-0.1777	0.9989	-0.0116	0.73	-7.2309	0.553	-4.4864
17	7.5267	-1.7297	2.7595	3.7925	-1.6591	4.7134	-0.4662	-0.8061	0.3587	0.2294	0.0723	-0.9837	0.0106	0.0227	0.3022	0.6484	0.053	-0.2018	0.5632	0.0426	0.8197	10.0605	-4.8169	2.8297
18	2.8703	0.1869	1.8523	0.9165	-0.6178	2.46	-0.7579	-1.4176	1.6322	0.333	-0.022	-1.2399	-0.7434	-0.5844	0.6358	1.0082	0.2451	-0.4208	0.6419	-0.2502	1.49	13.9561	4.4454	12.1261
19	8.9356	-0.5389	4.194	3.5543	-1.2487	5.6561	-0.4184	-1.8872	0.2614	0.7868	0.4484	-0.0548	-0.1861	-1.2673	0.0898	0.7352	0.1621	-0.0667	1.0772	0.0444	0.6241	1.5933	-6.3672	10.6073
20	6.7233	-1.4176	0.463	2.6131	0.5079	3.0678	-0.3547	-1.4812	0.8338	0.5873	0.053	-0.4291	-0.5192	-0.4173	0.2391	0.8707	0.2758	-0.2599	1.0243	-0.0123	0.8488	5.8327	0.775	14.1646
21	4.6639	-1.7648	2.1878	1.4277	-0.5199	1.1447	-0.1231	-0.4888	-0.1886	0.0541	-0.1286	-0.7148	-0.2025	0.0139	0.2311	0.7482	-0.0425	-0.2675	0.6898	0.2861	1.0339	19.2929	-10.1171	7.8807
22	1.8566	-0.4071	1.9299	5.4537	2.6579	6.6289	-0.2537	0.3226	0.1308	-0.4129	0.261	-0.3143	-0.6421	0.5504	0.0229	0.4109	-0.1243	0.1852	0.5131	-0.0838	0.4955	-33.7346	-4.4689	-70.1282
23	5.1024	1.02	-0.3915	4.3602	-0.2878	3.8899	-0.0032	-0.408	0.2581	0.1552	0.0903	-0.0897	-0.3629	-0.3835	-0.1403	0.4236	0.0121	-0.0018	0.4727	-0.0671	0.3316	-47.2864	-4.178	-61.1519
24	3.2554	0.3941	0.8373	2.2012	-0.1666	4.0785	0.1521	-0.5799	-0.2402	0.4455	0.0728	-0.424	0.2155	0.4074	-0.2138	0.4515	0.0232	-0.0027	0.6131	-0.061	0.52	-29.8691	-12.2176	-51.3347
25	1.1713	0.0308	-1.355	0.4751	0.4281	2.0167	0.0569	0.1195	-0.0365	-0.1221	-0.2755	0.8137	-0.112	-1.6048	-0.2913	0.6055	0.2363	0.3188	2.565	-0.2878	0.8857	-85.039	-0.4911	-51.171
26	0.9057	0.046	-1.5431	1.7063	1.4239	4.0377	0.0522	-0.9025	1.2668	-0.0232	0.0941	0.0942	-1.1893	-1.2223	-0.2544	0.8074	0.5686	-0.0445	1.923	-0.3145	0.8713	-71.5554	4.2831	-56.6831
27	2.9008	-0.5367	-0.1122	2.1699	-0.6108	5.0773	0.245	-1.2359	-0.266	0.1613	0.0087	0.4185	0.137	-1.7946	-0.1821	0.4921	-0.0258	-0.0132	1.3934	0.0864	0.4755	-65.008	-9.7145	-54.221
28	0.0735	-0.4838	0.3987	3.1502	-1.1005	4.2151	0.4296	-1.692	0.3081	-0.5153	0.3788	0.5059	0.5383	-1.6785	-0.0117	0.5625	-0.2515	0.08	1.6757	0.0721	0.6573	-79.0406	-10.9386	-58.5878
29	2.8562	-0.4157	-0.2531	4.1707	-0.645	3.7905	0.5166	-0.7905	-1.0432	-0.9323	0.2133	0.9365	0.0292	-0.29	-0.2974	1.175	-0.524	-0.3164	1.0839	0.5328	1.231	-87.9222	-21.8101	-70.9275
30	0.5741	-0.5744	0.8473	0.7547	-0.5625	1.5137	0.625	-1.6051	-0.6004	-0.0097	0.2424	0.546	0.8103	-0.6924	0.4027	0.7443	-0.6719	-0.0718	2.3312	0.5763	1.1352	-82.3824	-21.0083	-53.5506
31	0.0399	0.2574	-0.2641	6.8837	-1.4062	1.6779	-0.4572	-0.9363	-0.1024	-0.524	0.0478	0.5075	0.2272	-1.3706	-0.2113	0.567	-0.4412	-0.1557	1.6173	0.237	0.9662	-94.5951	-11.9165	-66.8571

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 38 )	A	0 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 89 )	A	39 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 90 through 170 )	A	90 - 170
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 171 through 333 )	A	171 - 333
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 57 )	B	4 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 58 through 89 )	B	58 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 90 through 171 )	B	90 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 172 through 275 )	B	172 - 275
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 276 through 333 )	B	276 - 333
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 3 through 89 )	C	3 - 89
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 90 through 170 )	C	90 - 170
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 171 through 333 )	C	171 - 333
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 5 through 38 )	D	5 - 38
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 39 through 68 )	D	39 - 68
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 69 through 110 )	D	69 - 110
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 111 through 170 )	D	111 - 170
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 171 through 213 )	D	171 - 213
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 214 through 231 )	D	214 - 231
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 232 through 275 )	D	232 - 275
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 276 through 312 )	D	276 - 312
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 313 through 333 )	D	313 - 333
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 1 through 38 )	E	1 - 38
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 39 through 170 )	E	39 - 170
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 171 through 333 )	E	171 - 333
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 10 through 52 )	F	10 - 52
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 53 through 89 )	F	53 - 89
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 90 through 171 )	F	90 - 171
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 172 through 198 )	F	172 - 198
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 199 through 231 )	F	199 - 231
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 232 through 312 )	F	232 - 312
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 313 through 333 )	F	313 - 333

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)