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万見
- PDB-6apw: Crystal structure of Staphylococcus aureus biotin protein ligase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6apw
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus biotin protein ligase in complex with inhibitor
要素Bifunctional ligase/repressor BirA
キーワードLIGASE / Inhibitor / Antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.614 Å
データ登録者Cini, D.A. / Wilce, M.C.J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2018
タイトル: Halogenation of Biotin Protein Ligase Inhibitors Improves Whole Cell Activity against Staphylococcus aureus.
著者: Paparella, A.S. / Lee, K.J. / Hayes, A.J. / Feng, J. / Feng, Z. / Cini, D. / Deshmukh, S. / Booker, G.W. / Wilce, M.C.J. / Polyak, S.W. / Abell, A.D.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional ligase/repressor BirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4312
ポリマ－38,0161
非ポリマー4161
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.454, 94.454, 130.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional ligase/repressor BirA / Biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase / Biotin--protein ligase / Biotin-[acetyl-CoA carboxylase] synthetase


分子量: 38015.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: birA, BER48_001399, SAMEA2236422_00088, SAMEA2236459_00088, SAMEA2384800_00088, SAMEA2384856_00382, SAMEA2445640_00088
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A181HT70, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物 ChemComp-BTV / 4-[(4-{5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)methyl]benzoic acid


分子量: 415.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N5O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000,Tris-HCl pH 7.5, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.614→46.76 Å / Num. obs: 18559 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 26.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/av σ(I): 38.43 / Net I/σ(I): 38.43
反射 シェル解像度: 2.614→2.708 Å / 冗長度: 25.8 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 4.37 / Num. unique obs: 1788 / CC1/2: 0.948 / Rpim(I) all: 0.1675 / % possible all: 98.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.614→46.761 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 970 5.23 %
Rwork0.1937 --
obs0.1955 18552 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.614→46.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2613 0 29 7 2649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5873635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4581607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6141-2.75190.33051340.27922423X-RAY DIFFRACTION99
2.7519-2.92430.27151300.25732474X-RAY DIFFRACTION100
2.9243-3.150.27561400.2472476X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.4670.26051440.21822467X-RAY DIFFRACTION100
3.467-3.96840.20961460.19832503X-RAY DIFFRACTION100
3.9684-4.99890.19291360.15762542X-RAY DIFFRACTION100
4.9989-46.7680.22091400.17942697X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.88580.8479-1.50578.666-0.98336.05550.03230.17850.413-0.07590.1516-0.4846-0.2742-0.1461-0.25970.54070.20520.1070.67660.12680.622624.814724.651146.3862
22.54910.1355-1.08083.39250.42382.88070.0484-0.0690.18020.03510.17160.2354-0.3844-0.3725-0.27370.46720.01630.06060.66510.11850.418240.711713.89324.9691
32.0090.3784-0.77054.244-0.11213.18840.080.16940.3967-0.29240.27570.4246-0.6586-0.3004-0.3550.52170.00430.05870.65340.13940.511143.155121.554614.9662
45.3498-0.3327-1.78076.69920.05748.0272-0.12570.1981-0.2633-0.6012-0.1463-0.48550.28520.12860.21810.7647-0.07370.09060.71940.03420.502953.841316.7358-0.6355
58.2796-5.08522.88528.18494.15057.9352-0.29520.10210.8603-0.364-0.3199-1.6848-2.00781.84920.11260.6342-0.22580.04590.631-0.05360.738751.234218.571920.6051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:62 )A2 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 63:168 )A63 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 169:288 )A169 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 289:323 )A289 - 323
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 401:401 )A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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