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万見
- PDB-8eni: Crystal structure of Staphylococcus aureus biotin protein ligase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eni
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus biotin protein ligase in complex with inhibitor
要素Bifunctional ligase/repressor BirA
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / Biotin protein ligase (ビオチン) / inhibitor (酵素阻害剤) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase activity / protein lipoylation / transferase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional ligase/repressor BirA / Helix-turn-helix, type 11 / HTH domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Transcriptional repressor, C-terminal / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WNE / Bifunctional ligase/repressor BirA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wilce, M.C.J. / Cini, D.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2018
タイトル: Halogenation of Biotin Protein Ligase Inhibitors Improves Whole Cell Activity against Staphylococcus aureus.
著者: Paparella, A.S. / Lee, K.J. / Hayes, A.J. / Feng, J. / Feng, Z. / Cini, D. / Deshmukh, S. / Booker, G.W. / Wilce, M.C.J. / Polyak, S.W. / Abell, A.D.
履歴
登録2022年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional ligase/repressor BirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5172
ポリマ－38,0151
非ポリマー5031
水97354
1
A: Bifunctional ligase/repressor BirA
ヘテロ分子

A: Bifunctional ligase/repressor BirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0354
ポリマ－76,0302
非ポリマー1,0052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area28400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.240, 94.240, 131.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-536-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional ligase/repressor BirA / Biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase / Biotin--protein ligase / Biotin-[acetyl-CoA carboxylase] synthetase


分子量: 38014.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: birA, SAV1456 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H3JRH8, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物 ChemComp-WNE / 3-[4-(5-fluoro-4-{5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)butyl]-5-methyl-1,3-benzoxazol-2(3H)-one


分子量: 502.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H31FN6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, MOPS, MgCl,PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.13 Å / Num. obs: 22829 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 57.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 1.23
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Num. unique obs: 8264 / CC1/2: 0.456

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20220110データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AQQ

6aqq


解像度: 2.4→39.67 Å / SU ML: 0.3906 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1579
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 1139 5 %
Rwork0.2038 21662 -
obs0.2054 22801 95.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2607 0 35 54 2696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01132695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35133635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0757393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0106466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5727997
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.510.43691400.38482644X-RAY DIFFRACTION95.8
2.51-2.640.33581420.30972714X-RAY DIFFRACTION97.71
2.64-2.80.30881440.25762718X-RAY DIFFRACTION97.55
2.8-3.020.31231430.27042721X-RAY DIFFRACTION97.32
3.02-3.320.28111410.23242728X-RAY DIFFRACTION96.79
3.32-3.80.22281430.19482700X-RAY DIFFRACTION95.43
3.8-4.790.17621420.16362703X-RAY DIFFRACTION93.65
4.79-39.670.21251440.16932734X-RAY DIFFRACTION90.25
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.509356544792.57230241882-3.012342659944.36276902821-3.70896353754.258512720950.205925140898-0.0703267344528-0.02169037991750.159227475947-0.001465089062360.3089209447580.0430271957668-0.277680979846-0.160632676720.494997363155-0.0816953275079-0.1524075749750.4397295156460.05720448063410.43189358105928.252553595481.046073092737.5156482614
22.70171752221-0.4575220488920.4882361664762.26847913392-1.076562942283.637093012770.2054766361820.380547818357-0.189654567539-0.4088905304820.1137698305280.3494637899270.26008216191-0.545122298871-0.294118406540.548805732492-0.00283951259252-0.1290673035720.4231348724120.04089632510080.42083201385427.811159688991.475446847412.41721076
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 133 )2 - 1331 - 131
22chain 'A' and (resid 134 through 323 )134 - 323132 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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