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- PDB-6apk: Trans-acting transferase from Disorazole synthase solved by seria... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6apk
タイトルTrans-acting transferase from Disorazole synthase solved by serial femtosecond XFEL crystallography
要素DisD protein
キーワードTRANSFERASE / Disorazole synthase / XFEL crystal structure / serial femtosecond crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, inserted helical domain / PfaD family protein / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase ...: / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, inserted helical domain / PfaD family protein / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Aldolase-type TIM barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sorangium cellulosum (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lyubimov, A.Y. / Mathews, I.I. / Uervivojnangkoorn, M. / Khosla, C. / Soltis, S.M. / Cohen, A.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: The Conformational Flexibility of the Acyltransferase from the Disorazole Polyketide Synthase Is Revealed by an X-ray Free-Electron Laser Using a Room-Temperature Sample Delivery Method ...タイトル: The Conformational Flexibility of the Acyltransferase from the Disorazole Polyketide Synthase Is Revealed by an X-ray Free-Electron Laser Using a Room-Temperature Sample Delivery Method for Serial Crystallography.
著者: Mathews, I.I. / Allison, K. / Robbins, T. / Lyubimov, A.Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Brunger, A.T. / Khosla, C. / DeMirci, H. / McPhillips, S.E. / Hollenbeck, M. / Soltis, M. / Cohen, A.E.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年4月11日Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: diffrn_source / entity_poly
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 2.12018年11月28日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn / pdbx_serial_crystallography_sample_delivery / pdbx_serial_crystallography_sample_delivery_fixed_target
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 2.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DisD protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6631
ポリマ－30,6631
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.214, 54.642, 124.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DisD protein / DszD


分子量: 30663.041 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-282 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sorangium cellulosum (バクテリア)
株: SO CE12 / 遺伝子: dszD, disD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4U443, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.6M Ammonium Sulphate, 100mM sodium citrate (pH 4.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: XPP / 波長: 1.3013 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX170-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.5 Å / Num. obs: 10781 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 3.09 Å2 / CC1/2: 0.92 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.79 / % possible all: 89.9
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed targetMotion control: DCSS / Sample holding: Crystal/Sample Extractor

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.32 Å19.49 Å
Translation4.32 Å19.49 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
cctbx.xfelデータ削減
cctbx.primeデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RGI

3rgi


解像度: 2.5→19.499 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 1080 10.02 %
Rwork0.2254 --
obs0.2298 10781 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2148 0 0 73 2221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032209
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6362989
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5431338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.118324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004401
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.61360.34351270.29011130X-RAY DIFFRACTION94
2.6136-2.7510.33721300.27411182X-RAY DIFFRACTION98
2.751-2.92290.29631340.27161198X-RAY DIFFRACTION100
2.9229-3.14770.2941340.23781200X-RAY DIFFRACTION100
3.1477-3.46280.2931350.21761215X-RAY DIFFRACTION99
3.4628-3.96030.23381360.19551227X-RAY DIFFRACTION100
3.9603-4.97580.20221380.16881244X-RAY DIFFRACTION100
4.9758-19.49960.21051460.19431305X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05710.05760.00370.07580.01990.01880.05180.0478-0.0898-0.01860.080.07990.01180.02690.03890.2350.03710.03490.08550.04070.160738.928621.268717.1364
20.0001-0.0043-0.00810.00230.00890.0149-0.0193-0.01530.0695-0.0881-0.01460.06750.08460.0046-0.08360.091-0.06610.18220.0863-0.0169-0.07940.794219.73154.7314
30.0401-0.01510.00540.01220.01070.0240.00280.08140.11940.005-0.07350.0201-0.0052-0.0087-0.0565-0.1141-0.1002-0.06280.0183-0.0350.017729.796820.534111.1217
40.01150.0157-0.00070.04340.00520.0391-0.03250.01880.0408-0.0785-0.07610.0764-0.00160.0566-0.1181-0.0214-0.1407-0.0734-0.0725-0.01540.06435.854444.236323.1999
50.00020.00130.0041-0.0002-0.00230.0148-0.01060.0280.02730.02330.0051-0.0124-0.05-0.0259-0.01690.2672-0.0376-0.14460.2607-0.01710.220221.425635.8196.791
60.0144-0.00780.00610.005-0.00350.0023-0.00230.0065-0.04930.06130.00680.07920.0291-0.0305-0.0028-0.0511-0.14180.02150.1364-0.04570.115819.983620.994217.3534
70.0853-0.0031-0.02420.0398-0.01140.026-0.031-0.0611-0.027-0.0247-0.0243-0.0234-0.00490.0176-0.08270.0833-0.0001-0.02140.0796-0.06040.118631.49824.92125.8067
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 73 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 117 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 118 through 192 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 193 through 208 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 209 through 231 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 232 through 282 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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