PDB-6apa: Crystal structure of TEM1 beta-lactamase mutant I263A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6apa

タイトル

Crystal structure of TEM1 beta-lactamase mutant I263A

要素

Beta-lactamase TEM

キーワード

HYDROLASE / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Roose, B.W. / Dmochowski, I.J.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Chemphyschem / 年: 2019
タイトル: A Structural Basis for129Xe Hyper-CEST Signal in TEM-1 beta-Lactamase.
著者: Roose, B.W. / Zemerov, S.D. / Wang, Y. / Kasimova, M.A. / Carnevale, V. / Dmochowski, I.J.

履歴

登録	2017年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6apa.cif.gz	411 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6apa.ent.gz	335.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6apa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6apa_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6apa_full_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示
XML形式データ	6apa_validation.xml.gz	47.5 KB	表示
CIF形式データ	6apa_validation.cif.gz	69.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6apa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6apa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hviSC 5hw1C 5i52C 5i63C 5kkfC 5kpuC 6aykC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kkf-4 4oqg-2 5kpu-2 4id4-d 4rx2-8 4opr-d 5i63-2 5kpu-1 4ibx-5 3dtm-d 5ghz-1 5hw5-3 5i52-1 5i52-4 1erm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase TEM

B: Beta-lactamase TEM

C: Beta-lactamase TEM

D: Beta-lactamase TEM

115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase TEM

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase TEM

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-lactamase TEM

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Beta-lactamase TEM

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.669, 84.292, 95.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase TEM / IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 ...IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2 分子量: 28869.822 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-286 / 変異: M182T, I263A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6 / プラスミド: PJ411 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1019 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2% v/v tacsimate, pH 6.0, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 20% w/v PEG3350 PH範囲: 6.0-7.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月1日

放射

モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.46

反射

解像度: 1.86→95.91 Å / Num. obs: 79520 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.162 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.86-1.9	6.4	0.502	4470	0.936	0.215	0.547	97.4
9.48-95.91	6.8	0.07	648	0.998	0.029	0.076	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.17	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5HVI

5hvi

解像度: 1.86→95.91 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 31.94

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2489	4025	5.18 %
R_work	0.2132	-	-
obs	0.2148	79479	98.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.38 Å² / B_iso mean: 11.6461 Å² / B_iso min: 2.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.86→95.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7993	0	0	1072	9065
B_iso mean	-	-	-	17.29	-
残基数	-	-	-	-	1052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	8169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.613	11093
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	1291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.79	3033

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8602-1.8923	0.3213	363	0.2656	7443	7806	93
1.8923-1.9267	0.3203	382	0.2666	7234	7616	92
1.9267-1.9637	0.2813	412	0.2549	7493	7905	92
1.9637-2.0038	0.2698	400	0.2417	7318	7718	93
2.0038-2.0473	0.2638	401	0.2352	7387	7788	93
2.0473-2.0949	0.2712	348	0.2372	7456	7804	93
2.0949-2.1472	0.2403	394	0.2273	7401	7795	93
2.1472-2.2052	0.2817	424	0.223	7448	7872	93
2.2052-2.2701	0.2343	411	0.2266	7364	7775	93
2.2701-2.3433	0.3018	367	0.223	7491	7858	94
2.3433-2.4269	0.2857	409	0.2204	7434	7843	93
2.4269-2.5239	0.2665	434	0.2172	7493	7927	93
2.5239-2.6386	0.2241	442	0.2101	7333	7775	93
2.6386-2.7774	0.2786	394	0.2196	7315	7709	92
2.7774-2.9511	0.2656	354	0.2053	7545	7899	95
2.9511-3.1782	0.242	348	0.2014	7537	7885	95
3.1782-3.4969	0.238	403	0.1889	7481	7884	94
3.4969-4.0001	0.1939	464	0.1744	7508	7972	93
4.0001-5.0291	0.1846	412	0.171	7445	7857	94
5.0291-21.5597	0.2495	386	0.2337	7413	7799	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5924	-0.4252	0.3522	0.5979	0.1815	1.1633	0.0121	-0.1606	-0.1223	0.0169	-0.0607	0.0263	0.2171	-0.0459	0.0351	0.0919	0.004	0.0028	0.0757	0.0352	0.1464	19.2138	-22.8792	11.3693
2	0.315	-0.0824	0.1465	0.1409	0.1216	0.3643	-0.0119	0.0656	0.1324	-0.0033	0.0008	-0.0449	-0.1292	0.0689	0.0178	0.0879	-0.0058	-0.0132	0.0186	0.0067	0.1102	17.1764	-5.9414	-15.0832
3	0.2859	0.1002	-0.2179	0.453	-0.2339	0.9719	-0.0241	-0.0257	0.0526	0.0806	-0.003	0.0246	0.0047	0.016	0.0251	0.069	0.0009	0.0007	0.0295	-0.0071	0.1094	14.6617	-5.945	-3.2504
4	0.5754	-0.0778	-0.0218	0.6515	0.0222	0.7962	-0.0037	-0.1228	-0.1319	0.0135	0.0295	-0.0224	0.0934	0.0405	-0.0188	0.0535	0.0028	-0.0128	0.0385	0.0011	0.0997	20.6365	-21.8509	-0.8877
5	0.4718	-0.0471	-0.1808	0.5457	-0.1543	0.7322	-0.0181	0.1901	-0.1134	-0.0123	-0.0226	0.0142	0.1709	-0.0065	0.0285	0.0878	-0.0126	-0.0136	0.0704	-0.0232	0.1578	-4.5491	-22.8587	10.3839
6	0.1491	0.0358	0.029	0.1122	-0.0453	0.1847	0.0049	-0.0259	0.1142	0.0406	0.001	0.051	-0.0978	-0.0276	0.0432	0.1051	0.0026	0.0091	-0.0026	0.0008	0.1314	-2.3391	-5.6779	36.9698
7	0.5331	0.3054	-0.3183	0.4586	0.1177	0.6173	-0.0398	0.0787	0.0558	-0.0606	0.0147	-0.0218	-0.0712	-0.0449	0.0091	0.0734	-0.008	-0.0086	0.0246	0.006	0.105	0.4398	-5.8551	25.1721
8	0.3714	0.1512	-0.0159	0.3758	-0.0032	0.2694	-0.007	0.0708	-0.1259	-0.0113	0.0576	-0.0262	0.0498	0.0106	-0.0222	0.0559	0.0089	-0.0187	0.0186	-0.0074	0.1242	-3.6784	-20.9488	24.4662
9	1.4706	0.1086	1.0465	0.1028	-0.1711	1.3942	0.1181	0.2286	-0.1498	-0.1255	-0.062	0.1749	0.1298	0.0593	-0.0512	0.0484	-0.0255	-0.0241	0.1321	-0.0069	0.0906	-14.2102	-25.3192	15.8408
10	2.9068	1.1284	0.2132	4.0587	0.0209	1.3721	-0.0716	0.0593	0.1689	0.1141	0.0427	0.1205	-0.1945	-0.2125	0.0354	0.0717	0.0321	-0.0269	0.1277	0.003	0.0507	21.9487	-10.7042	61.1953
11	0.5294	-0.2275	0.4295	1.9782	-0.0321	1.075	-0.1074	-0.0364	0.1314	-0.0244	-0.0601	0.0018	-0.1725	0.0764	0.141	0.0966	0.01	-0.0205	0.0575	-0.0178	0.1111	31.4902	-13.8269	57.2025
12	0.1897	-0.0752	-0.1399	0.2151	0.1338	0.2237	-0.0277	0.0194	-0.0543	-0.0145	0.0187	-0.0201	0.0492	-0.0131	0.0353	0.0963	-0.0229	-0.0351	0.0178	-0.0026	0.089	33.456	-26.1692	34.1508
13	0.842	0.0523	-0.456	0.7702	-0.107	0.616	-0.0251	0.1177	-0.0245	-0.0722	0.0104	0.1579	0.1529	-0.1403	-0.0041	0.0772	-0.0186	-0.0249	0.0352	0.0081	0.1176	23.7507	-29.5653	33.1231
14	1.3339	1.1384	0.8762	0.9795	0.6627	1.4307	-0.0627	0.1286	-0.1767	-0.0533	0.1029	-0.0851	0.0831	0.1548	-0.0426	0.0613	-0.0093	0.0024	0.0382	-0.0091	0.1217	36.3891	-28.8566	47.5916
15	0.8144	0.0491	-0.0236	1.1574	-0.1881	0.6215	-0.0227	-0.0555	-0.077	0.0667	0.037	-0.0838	0.0171	0.0078	-0.0042	0.1156	0.004	-0.007	0.0227	0.0058	0.0772	30.8495	-23.562	52.116
16	0.1394	0.0782	-0.0287	0.1774	-0.0906	0.243	0.0272	0.0112	0.0938	-0.0156	0.0028	-0.0621	-0.0935	-0.01	0.0093	0.0887	0.0058	-0.0192	-0.0219	0.0211	0.1366	27.1617	-11.4372	39.2945
17	0.6225	-0.0922	0.213	0.6573	-0.4624	0.8972	0.026	-0.023	-0.0277	0.112	-0.0413	0.1394	0.0715	0.0067	0.0034	0.0916	0.0097	-0.0011	0.0286	0.0054	0.0918	22.0417	-17.3628	48.0557
18	0.2416	0.2342	-0.17	1.2694	-0.3126	0.7238	0.0331	0.0123	0.1269	0.0569	0.0537	0.0771	-0.1132	-0.0136	-0.1074	0.1059	0.0054	-0.0243	0.0267	-0.0011	0.1364	23.1756	-12.252	51.323
19	1.3948	0.7791	-0.6711	4.8512	-0.3181	1.5033	-0.1342	-0.1144	0.2146	-0.0502	0.1068	0.4492	-0.2029	-0.1496	0.0277	0.11	0.045	-0.0476	0.1186	-0.0211	0.098	16.4372	-9.259	53.8869
20	0.3466	-0.0514	-0.2048	0.1807	-0.0433	0.6992	0.0116	-0.0316	0.0263	-0.0016	0.0179	0.0048	-0.0829	-0.0623	-0.009	0.0808	-0.0034	-0.0358	0.0153	-0.0079	0.11	14.1111	24.5623	27.3487
21	3.0551	0.5032	-1.3658	1.0885	-0.8252	2.7819	0.042	-0.104	-0.376	-0.0006	-0.0476	0.2646	0.3107	-0.2565	0.0318	0.0986	-0.0686	-0.0348	0.17	-0.0011	0.1937	4.7396	10.5211	8.6893
22	0.0992	0.0262	0.0836	0.3097	0.0562	0.3606	0.0188	-0.0023	-0.0202	0.0335	0.0708	0.0325	0.0686	-0.0269	-0.0499	0.0775	-0.0021	-0.019	0.0202	0.0036	0.1197	15.5831	13.323	22.6883
23	0.4983	-0.0298	-0.1069	0.464	-0.0325	0.4443	0.0005	-0.0795	0.0827	-0.0295	0.0178	0.019	-0.0945	-0.0367	-0.0305	0.0805	0.0043	-0.0312	0.0278	-0.0107	0.1033	9.7132	29.3229	25.2361

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 68 )	A	26 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 118 )	A	69 - 118
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 119 through 179 )	A	119 - 179
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 180 through 290 )	A	180 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 26 through 68 )	B	26 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 69 through 118 )	B	69 - 118
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 119 through 179 )	B	119 - 179
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 180 through 271 )	B	180 - 271
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 272 through 290 )	B	272 - 290
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 26 through 50 )	C	26 - 50
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 51 through 68 )	C	51 - 68
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 69 through 98 )	C	69 - 98
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 99 through 142 )	C	99 - 142
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 143 through 167 )	C	143 - 167
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 168 through 195 )	C	168 - 195
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 196 through 229 )	C	196 - 229
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 230 through 251 )	C	230 - 251
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 252 through 271 )	C	252 - 271
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 272 through 290 )	C	272 - 290
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 26 through 98 )	D	26 - 98
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 99 through 118 )	D	99 - 118
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 119 through 179 )	D	119 - 179
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 180 through 290 )	D	180 - 290

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)