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- PDB-6aok: Crystal structure of Legionella pneumophila effector Ceg4 with N-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aok
タイトルCrystal structure of Legionella pneumophila effector Ceg4 with N-terminal TEV protease cleavage sequence
要素Ceg4
キーワードHYDROLASE / Effector / Legionella pneumophila / infection / HAD-like phosphatase / alpha/beta protein / phosphotyrosine
機能・相同性HAD-like superfamily / metal ion binding / membrane / Dot/Icm T4SS effector
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Cuff, M.E. / Nocek, B. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Yim, V. / Di Leo, R. / Savchenko, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: TheLegionella pneumophilaeffector Ceg4 is a phosphotyrosine phosphatase that attenuates activation of eukaryotic MAPK pathways.
著者: Quaile, A.T. / Stogios, P.J. / Egorova, O. / Evdokimova, E. / Valleau, D. / Nocek, B. / Kompella, P.S. / Peisajovich, S. / Yakunin, A.F. / Ensminger, A.W. / Savchenko, A.
履歴
登録2017年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ceg4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8345
ポリマ－25,6171
非ポリマー2174
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.035, 48.027, 100.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ceg4


分子量: 25616.592 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-208 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0096 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q5ZZB5
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.5 mM manganese chloride, 0.1 M Tris pH 7.3, 30% (w/v) PEG 4K, 2 mM phosphotyrosine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→40 Å / Num. obs: 16374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 817 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.266 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2733精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.88→37.172 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.55
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1984 1461 4.99 %RANDOM
Rwork0.1564 ---
obs0.1585 29282 96.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→37.172 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1758 0 11 259 2028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2672531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.016725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8789-1.94610.27071140.19912223X-RAY DIFFRACTION77
1.9461-2.0240.24361370.18872634X-RAY DIFFRACTION91
2.024-2.11610.22231530.1812817X-RAY DIFFRACTION98
2.1161-2.22760.21821440.1662903X-RAY DIFFRACTION100
2.2276-2.36720.20891490.16032863X-RAY DIFFRACTION100
2.3672-2.54990.1971500.15842853X-RAY DIFFRACTION100
2.5499-2.80640.21791570.15472910X-RAY DIFFRACTION100
2.8064-3.21230.1951530.14422878X-RAY DIFFRACTION100
3.2123-4.04640.16391530.12642873X-RAY DIFFRACTION100
4.0464-37.17960.18131510.16322867X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3312-1.44181.73484.23651.29967.1738-0.033-0.3813-0.78870.5135-0.0605-0.34630.58520.39860.09510.15620.0249-0.00350.14420.0380.289937.458459.995355.2262
21.99161.0046-0.01062.0282-0.10010.65170.0559-0.18610.06310.2135-0.03740.16990.0237-0.0688-0.00960.09440.01660.00640.1560.00810.110924.314818.982363.3858
33.19380.4388-1.56181.34710.21313.11490.0275-0.09740.14980.0652-0.01290.018-0.1014-0.10760.00080.07150.0267-0.02880.110.00250.115529.991830.281160.9825
42.4980.2539-1.11992.48670.6144.3138-0.0295-0.31760.29750.1311-0.0127-0.2002-0.2970.19660.03570.08970.0019-0.07180.177-0.0380.192343.787534.640462.9887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -8:1)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 2:72)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 73:146)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 147:204)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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