PDB-6anz: Crystal structure of a hypothetical protein from Neisseria gonorrhoeae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6anz

タイトル

Crystal structure of a hypothetical protein from Neisseria gonorrhoeae

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Neisseria gonorrhoeae / hypothetical protein / uncharacterized protein / iodide phasing / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

: / Family of unknown function (DUF6911) / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein from Neisseria gonorrhoeae
著者: Bowatte, K. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6anz.cif.gz	77.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6anz.ent.gz	57.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6anz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6anz_validation.pdf.gz	420.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6anz_full_validation.pdf.gz	420.8 KB	表示
XML形式データ	6anz_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	6anz_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/6anz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/6anz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6m7k-d 2bjs-d 2vbb-d 4l1w-1 3mtf-2 2ab8-d 1odn-d 5klq-2 3snl-2 4r7h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NegoA.19190.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimeric
34.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.930, 74.400, 78.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- SO4
2	1	A-310- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / NegoA.19190.a.B1 分子量: 16855.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain NCCP11945) (淋菌) 株: NCCP11945 / 遺伝子: NGK_1889 / プラスミド: NegoA.19190.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4RQJ2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.17	43
2	2.04	40

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	詳細	pH
290	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	Native protein: Micolytic MCSG1 D8 (1.5 M ammonium sulfate, 100 mM sodium chloride, 100 mM Bis-Tris/HCl, pH 6.5), 25.6 mg/mL NegoA.19190.a.B1.PS38056, cryoprotectant: 25% ethylene glycol, puck MXK4-1, tray 285291d8, I222 crystal form
289	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	Iodide soak for phasing: RigakuReagents JCSG+ C10 (10% PEG20000, 2% dioxane, 100 mM Bicine/NaOH, pH 9.0), 25.6 mg/mL NegoA.19190.a.B1.PS38056, crystal soaked in 20% ethylene glycol and 2.5 M sodium iodide, then flash frozen, puck ZDJ2-5, tray 285290 c10, P212121 crystal form	9

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-F		1	0.97872
回転陽極			RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX-300	1	CCD	2017年6月23日
RIGAKU SATURN 944+	2	CCD	2017年7月21日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	diamond(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Rigaku Varimax	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97872	1
2	1.5418	1

反射

解像度: 1.6→41.459 Å / Num. obs: 19646 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.056 % / B_iso Wilson estimate: 21.12 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 1.017 / Net I/σ(I): 16.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	5.905	0.592	2.78	1411	0.873	0.649	98.7
1.64-1.69	6.154	0.483	3.53	1392	0.883	0.528	99.5
1.69-1.74	6.092	0.379	4.52	1350	0.926	0.415	99.6
1.74-1.79	6.106	0.296	5.71	1340	0.956	0.323	99.7
1.79-1.85	6.153	0.215	7.67	1277	0.981	0.235	99.9
1.85-1.91	6.133	0.172	9.6	1245	0.983	0.188	99.8
1.91-1.98	6.13	0.126	12.75	1185	0.991	0.137	99.9
1.98-2.07	6.127	0.102	15.33	1181	0.994	0.111	99.8
2.07-2.16	6.109	0.087	17.6	1092	0.994	0.096	99.7
2.16-2.26	6.083	0.076	20.21	1069	0.995	0.083	100
2.26-2.39	6.132	0.067	22.12	1024	0.996	0.073	100
2.39-2.53	6.113	0.061	24.16	946	0.997	0.066	99.9
2.53-2.7	6.113	0.056	26.03	917	0.997	0.061	99.8
2.7-2.92	5.999	0.05	28.29	841	0.998	0.054	99.9
2.92-3.2	6.028	0.047	30.57	788	0.998	0.051	99.7
3.2-3.58	5.992	0.044	33.37	723	0.997	0.048	100
3.58-4.13	5.933	0.043	34.55	630	0.998	0.047	100
4.13-5.06	5.916	0.041	35.41	547	0.998	0.045	99.8
5.06-7.16	5.63	0.041	34.09	435	0.998	0.044	100
7.16-41.459	5.123	0.043	33.68	253	0.994	0.049	96.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC		精密化
XDS		データ削減
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→41.459 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.13

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2102	1900	9.67 %	0
R_work	0.1813	-	-	-
obs	0.1842	19645	99.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.81 Å² / B_iso mean: 30.8044 Å² / B_iso min: 13.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→41.459 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1129	0	10	106	1245
B_iso mean	-	-	36.99	40.3	-
残基数	-	-	-	-	144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1232
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	1694
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	221
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.049	761

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.3015	114	0.2411	1251	99
1.64-1.6844	0.2932	122	0.2307	1247	99
1.6844-1.7339	0.2863	129	0.2163	1255	100
1.7339-1.7899	0.2264	138	0.2185	1269	100
1.7899-1.8539	0.2534	131	0.2007	1235	100
1.8539-1.9281	0.2365	125	0.1926	1273	100
1.9281-2.0158	0.2056	148	0.1881	1233	100
2.0158-2.1221	0.2378	126	0.1789	1282	100
2.1221-2.2551	0.2144	155	0.1768	1237	100
2.2551-2.4292	0.2128	130	0.1872	1267	100
2.4292-2.6736	0.2307	113	0.1917	1298	100
2.6736-3.0603	0.2073	153	0.19	1264	100
3.0603-3.8553	0.1918	169	0.1626	1272	100
3.8553-41.459	0.1855	147	0.1663	1362	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0657	0.7099	1.6134	2.5112	0.291	3.9808	0.0006	-0.0296	-0.0746	-0.2627	0.0004	0.2282	0.1932	-0.1789	-0.0426	0.2331	-0.0235	0.0324	0.1291	0.0451	0.1825	48.9129	76.9755	26.5294
2	6.4139	-3.9294	-2.2145	4.9741	-1.0108	3.0978	-0.3613	-0.2679	0.2952	0.3019	0.3077	-0.0978	-0.3786	-0.063	0.0573	0.2776	-0.0042	-0.0472	0.2165	-0.0178	0.1492	52.3072	87.4652	33.1827
3	9.3163	0.7448	4.7085	2.5616	0.1649	4.1693	0.0543	0.1828	-0.2341	-0.1196	0.0163	0.1846	0.1601	-0.0117	-0.1292	0.1308	-0.0056	0.0102	0.113	0.0045	0.1439	49.4788	79.844	20.4596
4	4.8125	2.5913	3.7961	3.8696	1.4555	3.8927	-0.3795	0.7919	-0.0883	-0.555	0.2624	-0.0244	-0.2388	0.3246	0.1389	0.2007	-0.0101	0.0167	0.2824	0.0208	0.1482	54.5998	82.0478	14.3724
5	4.9543	0.2102	-1.4528	1.9506	0.4284	1.4139	-0.0728	0.3705	0.1772	-0.2362	0.053	-0.33	-0.0911	0.1011	0.0076	0.1916	-0.0135	0.0245	0.1659	0.0517	0.1782	60.8634	87.6202	17.0339
6	3.474	0.7813	-2.3885	2.8787	1.4365	3.0461	-0.2656	-0.7097	-0.8009	0.8634	-0.2979	0.257	-0.1858	-0.1327	0.4938	0.3972	0.0226	-0.0177	0.446	0.1336	0.5658	33.509	92.3248	25.1269

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -5 through 21 )	A	-5 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 45 )	A	22 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 69 )	A	46 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 70 through 89 )	A	70 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 90 through 131 )	A	90 - 131
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 132 through 138 )	A	132 - 138

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