PDB-6ank: Synaptotagmin-7, C2A- and C2B-domains

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ank

タイトル

Synaptotagmin-7, C2A- and C2B-domains

要素

Synaptotagmin-7

キーワード

PROTEIN BINDING / CALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium ion regulated lysosome exocytosis / vesicle-mediated cholesterol transport / regulation of glucagon secretion / phagosome-lysosome fusion / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / synaptic vesicle recycling / short-term synaptic potentiation / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of bone remodeling / dense core granule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.254 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Rizo, J. / Voleti, R.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Exceptionally tight membrane-binding may explain the key role of the synaptotagmin-7 C2A domain in asynchronous neurotransmitter release.
著者: Voleti, R. / Tomchick, D.R. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.

履歴

登録	2017年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ank.cif.gz	332.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ank.ent.gz	276.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ank.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/6ank ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/6ank	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6anjSC 3n5aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i97-d 5jhk-d 6pwg-d 5jgq-d 5jgi-d 6k9a-d 2bc3-d 3hr4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Synaptotagmin-7

B: Synaptotagmin-7

ヘテロ分子

66.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Synaptotagmin-7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Synaptotagmin-7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.637, 75.059, 70.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.510, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Synaptotagmin-7 / Protein Syt7 / Synaptotagmin VII / SytVII 分子量: 33004.207 Da / 分子数: 2 / 断片: C2A-C2B domains (UNP residues 134-403) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Syt7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q62747
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M calcium chloride, 0.125 M KCl, 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月19日 / 詳細: monochromator
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→44.46 Å / Num. obs: 25080 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / % possible all: 56.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N5A, 6ANJ

3n5a

6anj

解像度: 2.254→44.456 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.94

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2568	2008	9.12 %	random
R_work	0.2141	-	-	-
obs	0.218	22025	80.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.68 Å² / B_iso mean: 50.9553 Å² / B_iso min: 17.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.254→44.456 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4321	0	48	103	4472
B_iso mean	-	-	79	39.62	-
残基数	-	-	-	-	525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	4492
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.489	5982
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	657
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	748
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.112	2722

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2545-2.3108	0.3137	45	0.3021	468	513	26
2.3108-2.3733	0.3286	71	0.2844	696	767	40
2.3733-2.4431	0.3504	89	0.283	873	962	49
2.4431-2.522	0.3316	114	0.2969	1055	1169	60
2.522-2.6121	0.3098	121	0.2924	1223	1344	70
2.6121-2.7167	0.3145	146	0.2808	1474	1620	82
2.7167-2.8403	0.3405	176	0.2774	1726	1902	97
2.8403-2.99	0.3022	171	0.2677	1775	1946	100
2.99-3.1773	0.3269	180	0.2532	1777	1957	100
3.1773-3.4226	0.2696	180	0.2259	1774	1954	100
3.4226-3.7668	0.2554	184	0.19	1788	1972	100
3.7668-4.3115	0.2029	183	0.1774	1779	1962	100
4.3115-5.4305	0.1795	178	0.1477	1791	1969	99
5.4305-44.4646	0.2382	170	0.1955	1818	1988	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.492	-0.0423	-0.5913	1.555	0.3582	3.2032	0.492	-0.3238	-0.0547	0.451	-0.4095	-0.162	-0.175	0.0648	-0.0638	0.4502	-0.1705	0.0125	0.3562	0.0751	0.2076	8.7961	11.6047	56.4511
2	1.0031	0.1555	-2.2328	1.0146	0.0711	6.2518	0.0361	0.0222	-0.197	0.3596	-0.4164	0.2759	-0.3929	-0.7666	0.3401	0.3466	-0.0568	0.0386	0.3452	-0.0085	0.2472	2.9206	9.4748	51.6363
3	0.8422	-0.436	-0.2184	0.8489	0.5008	1.7869	0.2509	0.2276	-0.0622	0.0331	-0.3144	0.2354	-0.8624	0.3404	0.071	0.4963	-0.0312	0.0761	0.3252	0.0325	0.299	10.8963	17.8409	47.4415
4	1.1881	0.552	0.3545	2.6538	-0.0518	1.9111	-0.0664	-0.1047	0.0795	-0.2122	0.0887	-0.1061	0.0353	0.055	-0.0451	0.2027	-0.0022	0.0467	0.2297	-0.0655	0.238	-24.49	18.9425	58.1309
5	1.1762	-0.4958	0.1162	7.2161	5.3596	5.0056	0.3156	0.1078	0.2361	-1.196	0.0165	0.0236	-0.3042	-0.5026	-0.2395	0.4064	-0.0714	0.0464	0.2342	-0.0371	0.2739	-30.4832	16.357	48.2004
6	1.9958	1.1258	0.062	4.6943	2.561	2.7977	0.1472	0.1355	-0.3083	-0.0896	-0.0738	-0.1019	0.0241	-0.1585	0.1864	0.0952	0.0361	-0.0108	0.2527	-0.071	0.2992	-30.066	16.216	57.6708
7	2.0359	0.3808	0.3726	6.7397	-0.111	1.493	-0.03	0.2847	0.0727	-0.5621	-0.0263	0.316	0.0513	-0.2701	0.1234	0.287	0.0179	0.0542	0.2527	-0.0263	0.2138	-26.4022	18.4698	48.8439
8	1.9329	0.594	0.2225	3.1382	0.7232	1.278	0.1191	0.1216	-0.2444	-0.4127	0.0406	-0.2344	0.4509	0.3207	-0.0802	0.1727	0.0411	0.0405	0.2771	-0.0985	0.2713	-19.8857	10.8929	55.3502
9	1.7437	-0.1727	-0.6558	1.9792	-0.3271	3.2752	0.259	-0.1593	0.077	0.6474	-0.1678	-0.0214	0.2176	-0.2328	0.0431	0.3917	-0.0911	0.0102	0.3154	-0.002	0.1632	53.6898	16.7623	24.0188
10	1.4375	-0.0558	-1.3901	1.2394	-0.4436	4.1792	0.0486	0.0805	-0.1085	0.1787	-0.2002	0.4476	0.4162	-0.5104	0.0723	0.3055	-0.0839	0.0799	0.4069	-0.029	0.2531	47.8475	17.3146	19.1026
11	6.9853	-4.4309	-1.2593	4.7291	-1.7654	4.0539	-0.7395	0.0164	0.6321	0.0055	-0.1581	-0.1005	-0.2468	0.3468	0.4401	0.2728	0.0737	-0.0197	0.3553	-0.0193	0.3632	62.8745	19.666	7.5471
12	3.8528	0.6979	-1.68	1.5204	-0.2262	1.1448	0.7226	0.6424	0.4039	-0.0376	-0.1411	-0.1669	-0.3468	-0.2081	-0.3123	0.5458	-0.0221	-0.0012	0.355	0.0793	0.3978	52.9749	24.819	19.2393
13	2.2635	0.0272	-0.4457	2.3546	0.5793	2.3897	-0.3567	0.0235	-0.2045	-0.1328	0.0497	0.2493	0.2012	0.0721	0.3112	0.1765	0.0498	-0.0417	0.1865	0.0136	0.2683	19.1484	11.707	22.4113
14	0.8483	0.2794	0.4249	0.1586	0.3226	0.695	-0.0623	-0.1406	0.0937	-0.0933	-0.08	0.132	-0.1418	-0.1846	-0.8923	0.0606	0.2423	-0.3099	0.1541	-0.134	0.5887	12.4781	17.4531	20.3411
15	2.2882	0.1323	-0.0612	2.5513	0.7232	2.8226	-0.4282	0.2374	-0.4782	-0.1406	-0.0529	0.2301	0.0633	0.2598	0.2379	0.19	0.0651	0.026	0.2191	-0.0149	0.3865	20.5424	8.769	20.2659
16	3.8336	2.2827	0.8929	5.1651	0.3206	1.6906	-0.2569	0.0242	-0.925	0.4651	0.2597	-0.1121	0.2269	0.1372	0.1914	0.2492	0.2834	0.1038	0.2485	0.0731	0.3596	24.8044	6.5474	27.4922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 135:206)	A	135 - 206
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 207:233)	A	207 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 234:259)	A	234 - 259
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 266:306)	A	266 - 306
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 307:326)	A	307 - 326
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 327:344)	A	327 - 344
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 345:362)	A	345 - 362
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 363:402)	A	363 - 402
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 135:208)	B	135 - 208
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 209:243)	B	209 - 243
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 244:249)	B	244 - 249
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 250:267)	B	250 - 267
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 268:315)	B	268 - 315
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 316:327)	B	316 - 327
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 328:391)	B	328 - 391
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 392:403)	B	392 - 403

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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