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万見
- PDB-6anj: Synaptotagmin-7, C2A domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6anj
タイトルSynaptotagmin-7, C2A domain
要素Synaptotagmin-7
キーワードPROTEIN BINDING / CALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion regulated lysosome exocytosis / vesicle-mediated cholesterol transport / regulation of glucagon secretion / synaptic vesicle recycling / phagosome-lysosome fusion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / short-term synaptic potentiation / regulation of bone remodeling / dense core granule / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter ...calcium ion regulated lysosome exocytosis / vesicle-mediated cholesterol transport / regulation of glucagon secretion / synaptic vesicle recycling / phagosome-lysosome fusion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / short-term synaptic potentiation / regulation of bone remodeling / dense core granule / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / calcium-ion regulated exocytosis / plasma membrane repair / regulation of phagocytosis / calcium-dependent phospholipid binding / early phagosome / peroxisomal membrane / regulation of synaptic vesicle endocytosis / syntaxin binding / clathrin binding / regulation of dopamine secretion / phosphatidylserine binding / regulation of insulin secretion / detection of calcium ion / GABA-ergic synapse / phagocytosis / axon terminus / vesicle-mediated transport / cellular response to calcium ion / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / phagocytic vesicle membrane / peroxisome / synaptic vesicle / presynaptic membrane / lysosome / calmodulin binding / lysosomal membrane / neuronal cell body / glutamatergic synapse / calcium ion binding / dendrite / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin 7, C2A domain / Synaptotagmin 7, C2B domain / Synaptotagmin / C2 domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like ...Synaptotagmin 7, C2A domain / Synaptotagmin 7, C2B domain / Synaptotagmin / C2 domain / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Synaptotagmin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Rizo, J. / Voleti, R.
引用
ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Exceptionally tight membrane-binding may explain the key role of the synaptotagmin-7 C2A domain in asynchronous neurotransmitter release.
著者: Voleti, R. / Tomchick, D.R. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
#1: ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2010
タイトル: Structural and mutational analysis of functional differentiation between synaptotagmins-1 and -7.
著者: Xue, M. / Craig, T.K. / Shin, O.H. / Li, L. / Brautigam, C.A. / Tomchick, D.R. / Sudhof, T.C. / Rosenmund, C. / Rizo, J.
履歴
登録2017年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2678
ポリマ－16,8651
非ポリマー4027
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.302, 55.302, 89.805
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-7 / Protein Syt7 / Synaptotagmin VII / SytVII


分子量: 16865.297 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A domain (UNP residues 134-262) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Syt7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q62747
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 21% t-butanol, 0.1 M Tris, 0.1 M calcium chloride, 0.125 M KCl, 15% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日 / 詳細: monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.698→27.651 Å / Num. obs: 17195 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 11.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.985 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / CC1/2: 0.542 / Rpim(I) all: 0.528 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D8K

2d8k


解像度: 1.698→27.651 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1811 1638 9.95 %random
Rwork0.1444 ---
obs0.148 16468 95.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.68 Å2 / Biso mean: 17.4537 Å2 / Biso min: 4.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.698→27.651 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1138 0 55 188 1381
Biso mean--28.21 30.03 -
残基数----138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6751615
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.701722
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6977-1.74770.3432680.228765772551
1.7477-1.80410.28471360.19621263139998
1.8041-1.86850.19191400.164512901430100
1.8685-1.94330.19821410.157912681409100
1.9433-2.03180.18251410.133713171458100
2.0318-2.13880.17591430.12612841427100
2.1388-2.27280.15461450.126112771422100
2.2728-2.44820.16751440.123112941438100
2.4482-2.69430.20781470.138312881435100
2.6943-3.08380.20191420.14713041446100
3.0838-3.88350.16061470.130112771424100
3.8835-27.65470.15331440.15571311145599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90120.08080.13191.2483-0.44920.39430.105-0.02520.20240.1962-0.1766-0.0168-0.04040.0002-0.09020.0841-0.0257-0.01940.1836-0.02580.127-1.952531.840420.4769
20.6643-0.2031-0.18310.5074-0.13811.55390.0055-0.0247-0.0312-0.03810.01820.04470.20910.0608-0.00380.07660.0195-0.03620.0437-0.01160.064718.723521.434125.9564
30.7083-0.0634-0.84360.4473-0.39962.53930.0471-0.08580.0950.06060.04890.0388-0.1959-0.0042-0.0470.05020.015-0.02020.0527-0.01120.084816.195428.434827.7679
40.6817-0.04010.15690.23320.38880.82620.0505-0.07880.0122-0.0387-0.00640.26150.0611-0.1622-0.03340.0898-0.0049-0.03220.11890.02260.13568.620422.133728.483
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -8 through 137 )A-8 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 138 through 210 )A138 - 210
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 211 through 244 )A211 - 244
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 245 through 262 )A245 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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