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- PDB-6an9: Crystal structure of PPk2 class III in complex with ADP from Cyto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6an9
タイトルCrystal structure of PPk2 class III in complex with ADP from Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406
要素Polyphosphate:AMP phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / PPK2 / polyphosphate kinase / ADP-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの / polyphosphate kinase activity / polyphosphate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Polyphosphate:nucleotide phosphotransferase, PPK2 / Polyphosphate phosphotransferase / Polyphosphate kinase-2-related / Polyphosphate kinase 2 (PPK2) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Polyphosphate:AMP phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.891 Å
データ登録者Nocek, B. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into Substrate Selectivity and Activity of Bacterial Polyphosphate Kinases
著者: Nocek, B. / Khusnutdinova, A.N. / Ruszkowski, M. / Flick, R. / Burda, M. / Batyrova, K. / Brown, G. / Mucha, A. / Joachimiak, A. / Berlicki, L. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2017年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyphosphate:AMP phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8253
ポリマ－35,3051
非ポリマー5192
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.121, 111.121, 178.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2243-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Polyphosphate:AMP phosphotransferase


分子量: 35305.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (strain ATCC 33406 / NCIMB 9469) (バクテリア)
株: ATCC 33406 / NCIMB 9469 / 遺伝子: CHU_0107
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q11YW6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.1 M Ammonium tartrate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月11日 / 詳細: double mirror
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→39.3 Å / Num. obs: 44492 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2363: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RHF

3rhf


解像度: 1.891→39.287 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.64 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2054 2242 5.06 %
Rwork0.1762 --
obs0.1777 44346 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.891→39.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2373 0 33 152 2558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4523383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2521485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8911-1.93220.26811430.2592510X-RAY DIFFRACTION97
1.9322-1.97710.2541490.22552615X-RAY DIFFRACTION100
1.9771-2.02660.23031470.20382603X-RAY DIFFRACTION100
2.0266-2.08130.22881520.19932609X-RAY DIFFRACTION100
2.0813-2.14260.24481480.19182610X-RAY DIFFRACTION99
2.1426-2.21170.21361420.18642632X-RAY DIFFRACTION100
2.2117-2.29080.21291310.17772626X-RAY DIFFRACTION100
2.2908-2.38250.22951350.18322639X-RAY DIFFRACTION99
2.3825-2.49090.22981360.17862637X-RAY DIFFRACTION100
2.4909-2.62220.24481430.18842623X-RAY DIFFRACTION99
2.6222-2.78640.29181380.20592647X-RAY DIFFRACTION99
2.7864-3.00150.23591260.20052683X-RAY DIFFRACTION99
3.0015-3.30340.2241350.19672660X-RAY DIFFRACTION99
3.3034-3.78110.18641620.16712647X-RAY DIFFRACTION99
3.7811-4.76250.13341360.13012680X-RAY DIFFRACTION98
4.7625-39.29570.19821190.17232683X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1879-0.0280.13250.1386-0.16450.3066-0.04530.0299-0.1321-0.00590.28550.46210.1065-0.81350.29070.2553-0.057800.77030.0980.481815.90051.4737.7148
20.0256-0.076-0.01950.08450.1440.0769-0.0804-0.14040.2620.05410.0108-0.1796-0.2582-0.14710.00010.31910.00420.05430.4728-0.01030.335526.541914.821149.9907
30.1239-0.17340.01890.2840.1170.0266-0.0526-0.1040.07570.0113-0.0424-0.038-0.2039-0.437300.31450.0113-0.00670.38770.01840.333133.43996.896640.4819
40.6708-0.32960.00430.7086-0.35720.68990.08030.0553-0.0183-0.0924-0.00520.0070.138-0.1354-00.2522-0.0972-0.00920.30980.00010.284339.51-6.414436.1565
50.03160.0131-0.04270.0052-0.03080.06270.0983-0.03460.2382-0.0173-0.0516-0.0654-0.3912-0.4282-00.45570.0049-0.04190.53590.05930.409731.343815.068920.6415
60.1567-0.18770.05610.31080.18470.2270.0270.0513-0.0899-0.11060.11730.04740.0687-0.50370.00070.2894-0.1093-0.04610.46510.02480.340527.6701-2.775929.1471
70.0372-0.03310.03530.06710.05850.04320.03910.0875-0.12540.1269-0.07990.1216-0.2723-0.3262-0.00010.25010.0297-0.00240.50990.04550.342423.43817.748544.938
80.06140.1051-0.16940.0165-0.08140.188-0.02260.0947-0.3609-0.0840.302-0.2577-0.4748-0.0441-0.00010.4372-0.05470.05290.5289-0.05470.366239.200717.226375.2547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 63 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 91 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 197 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 198 through 219 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 220 through 257 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 258 through 276 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 277 through 302 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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