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- PDB-6alk: NMR solution structure of the major beech pollen allergen Fag s 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6alk
タイトルNMR solution structure of the major beech pollen allergen Fag s 1
要素Fag s 1 pollen allergen
キーワードALLERGEN / ligand binding / conformational diversity
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fag s 1 pollen allergen
類似検索 - 構成要素
生物種Fagus sylvatica (ヨーロッパブナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Moraes, A.H. / Asam, A. / Almeida, F.C.L. / Wallner, M. / Ferreira, F. / Valente, A.P.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
FAPERJ202.902/2015 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)303785/2014-4 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)426265/2016-5 ブラジル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural basis for cross-reactivity and conformation fluctuation of the major beech pollen allergen Fag s 1.
著者: Moraes, A.H. / Asam, C. / Almeida, F.C.L. / Wallner, M. / Ferreira, F. / Valente, A.P.
履歴
登録2017年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fag s 1 pollen allergen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2501
ポリマ－17,2501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Fag s 1 pollen allergen


分子量: 17250.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fagus sylvatica (ヨーロッパブナ)
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: B7TWE6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic33D CBCA(CO)NH
151isotropic33D HN(CA)CB
171isotropic33D HNCA
161isotropic33D HNCO
1101isotropic23D HBHA(CO)NH
191isotropic23D HN(CO)CA
181isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic23D 1H-15N NOESY
1111isotropic23D (H)CCH-COSY
1141isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Fag s 1, 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 5 % [U-100% 2H] TFE, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O
詳細: 600 micromolar of isotopically labeled (15N, 13C) Fag s 1 in 10 mM of sodium phosphate, 150 mM NaCl pH 7.8 containing 5 % of deuterated 2,2,2 trifluoroethanol-D2 (TFE) and 10 % of D2O.
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
600 uMFag s 1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
5 %TFE[U-100% 2H]1
10 %D2O[U-100% 2H]1
試料状態詳細: 600 micromolar of isotopically labeled (15N, 13C) Fag s 1 in 10 mM of sodium phosphate, 150 mM NaCl pH 7.8 containing 5 % of deuterated 2,2,2 trifluoroethanol-D2 (TFE) and 10 % of D2O. The ...詳細: 600 micromolar of isotopically labeled (15N, 13C) Fag s 1 in 10 mM of sodium phosphate, 150 mM NaCl pH 7.8 containing 5 % of deuterated 2,2,2 trifluoroethanol-D2 (TFE) and 10 % of D2O. The experiments were acquired at 308 K.
イオン強度: 0.187 M / Label: condition 1 / pH: 7.8 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.1 / 温度: 308 K / Temperature err: 1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Analysis2.4.1CcpNmr Analysis was primarily written by Wayne Boucher and Tim Stevens at the University of Cambridgechemical shift assignment
ARIA2.3.1Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNS1.3.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
Analysis2.4.1CCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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