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- PDB-6ali: Solution NMR structure of a putative thioredoxin (ECH_0218) in th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ali
タイトルSolution NMR structure of a putative thioredoxin (ECH_0218) in the oxidized state from Ehrlichia chaffeensis, the etiological agent responsible for human monocytic ehrlichiosis. Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease target EhchA.00546.a
要素Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / INFECTIOUS DISEASES / THIOREDOXIN / HUMAN MONOCYTIC EHRLICHIOSIS / TICK DISEASES / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / protein-disulfide reductase activity / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily / Thioredoxin
機能・相同性情報
生物種Ehrlichia chaffeensis (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Buchko, G.W. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN2722001200025C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200700057C 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Solution NMR structures of oxidized and reduced Ehrlichia chaffeensis thioredoxin: NMR-invisible structure owing to backbone dynamics.
著者: Buchko, G.W. / Hewitt, S.N. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2017年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年9月6日ID: 2MOD
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3621
ポリマ－14,3621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The protein eluted as one band off a Superdex75 SEC column.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 14362.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ehrlichia chaffeensis (strain ATCC CRL-10679 / Arkansas) (バクテリア)
株: ATCC CRL-10679 / Arkansas / 遺伝子: trx, ECH_0218 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q2GHP2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic33D HN(CA)CB
121anisotropic33D CBCA(CO)NH
131anisotropic33D HNCO
141anisotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
151anisotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
181anisotropic33D C(CO)NH
171anisotropic13D 1H-15N NOESY
161anisotropic12D 1H-15N HSQC
1101anisotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
191anisotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
1111anisotropic32D 1H-15N HSQC deuterium exchange

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.1 mM sodium chloride, 0.02 mM TRIS, 93% H2O/7% D2O
Label: sample_1 / 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 mMsodium chloridenatural abundance1
0.02 mMTRISnatural abundance1
試料状態イオン強度: 0.12 M / Ionic strength err: 0.004 / Label: sample_1 / pH: 7.0 / PH err: 0.1 / 圧: ambient atm / 温度: 293 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VXRSVarianVXRS7501
Varian VXRSVarianVXRS8002
Varian VXRSVarianVXRS6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger A. T. et.al.精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Felix2007Accelrys Software Inc.解析
Sparky3.115Goddardデータ解析
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
詳細: Proline 97 was fixed in the cis-position based on all other Thioredoxin structures. STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 ...詳細: Proline 97 was fixed in the cis-position based on all other Thioredoxin structures. STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) AFTER ADDING 5% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE DISTANCE RESTRAINTS AND THE VDW LIMIT TO THE LOWER RESTRAINT. PARAM19 WAS USED FOR THE WATER REFINEMENT CALCULATIONS.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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