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- PDB-6akk: Crystal structure of the second Coiled-coil domain of SIKE1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6akk
タイトルCrystal structure of the second Coiled-coil domain of SIKE1
要素Suppressor of IKBKE 1
キーワードPROTEIN BINDING / homotetramer / Coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAF6 mediated IRF7 activation / small GTPase binding / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / TRAF3-dependent IRF activation pathway / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / cytosol
類似検索 - 分子機能
Suppressor of IKBKE 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zhou, L. / Chen, M. / Zhou, Z.C.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2019
タイトル: Architecture, substructures, and dynamic assembly of STRIPAK complexes in Hippo signaling.
著者: Tang, Y. / Chen, M. / Zhou, L. / Ma, J. / Li, Y. / Zhang, H. / Shi, Z. / Xu, Q. / Zhang, X. / Gao, Z. / Zhao, Y. / Cheng, Y. / Jiao, S. / Zhou, Z.
履歴
登録2018年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of IKBKE 1
B: Suppressor of IKBKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9453
ポリマ－12,8532
非ポリマー921
水1,78399
1
A: Suppressor of IKBKE 1
B: Suppressor of IKBKE 1
ヘテロ分子

A: Suppressor of IKBKE 1
B: Suppressor of IKBKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8906
ポリマ－25,7064
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area6750 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.797, 110.871, 46.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-87-

ASN

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要素

#1: タンパク質 Suppressor of IKBKE 1 / Suppressor of IKK-epsilon


分子量: 6426.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIKE1, SIKE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q9BRV8
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M (NH4)2HPO4 (ammonium dibasic phosphate); 0.1 M acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 17636 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 873 / CC1/2: 0.994 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→35.598 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 1638 9.97 %
Rwork0.2461 --
obs0.2483 16427 90.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数790 0 6 99 895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005816
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7571095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.846616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004140
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.54420.311310.26171180X-RAY DIFFRACTION89
1.5442-1.5940.29711350.23021239X-RAY DIFFRACTION92
1.594-1.6510.24441310.2361250X-RAY DIFFRACTION93
1.651-1.71710.26261400.23391259X-RAY DIFFRACTION94
1.7171-1.79520.31311430.25021293X-RAY DIFFRACTION96
1.7952-1.88980.31261270.26931104X-RAY DIFFRACTION84
1.8898-2.00820.41161120.3391055X-RAY DIFFRACTION78
2.0082-2.16330.25781530.23641343X-RAY DIFFRACTION99
2.1633-2.38090.34441320.29061181X-RAY DIFFRACTION87
2.3809-2.72540.23491520.21951366X-RAY DIFFRACTION100
2.7254-3.43320.22961540.22341375X-RAY DIFFRACTION99
3.4332-35.60820.23361280.23631144X-RAY DIFFRACTION78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87730.09910.25233.6763-2.18241.22080.081-0.04360.15680.2476-0.13540.23930.02010.02350.01030.12590.00350.02090.1613-0.00670.100216.184313.272615.4177
21.67880.45040.02287.428-0.51190.22560.0715-0.0658-0.2719-0.3118-0.0730.0708-0.0137-0.0141-0.00610.1412-0.004-0.00710.13990.00120.056116.3852-9.16897.6396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 71 through 119 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 72 through 118 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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