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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6aje | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DHODH in complex with ferulenol from Eimeria tenella | ||||||
要素 | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Coccidium / mitochondria / electron transport chain / dihydroorotate dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.65 Å | ||||||
データ登録者 | Shiba, T. / Inaoka, D.K. / Sato, D. / Hartuti, E.D. / Amalia, E. / Nagahama, M. / Yoshioka, Y. / Matsubayashi, M. / Balogun, E.O. / Tsuji, N. ...Shiba, T. / Inaoka, D.K. / Sato, D. / Hartuti, E.D. / Amalia, E. / Nagahama, M. / Yoshioka, Y. / Matsubayashi, M. / Balogun, E.O. / Tsuji, N. / Kita, K. / Harada, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Genes (Basel) / 年: 2020 タイトル: Structural and Biochemical Features of Eimeria tenella Dihydroorotate Dehydrogenase, a Potential Drug Target. 著者: Sato, D. / Hartuti, E.D. / Inaoka, D.K. / Sakura, T. / Amalia, E. / Nagahama, M. / Yoshioka, Y. / Tsuji, N. / Nozaki, T. / Kita, K. / Harada, S. / Matsubayashi, M. / Shiba, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6aje.cif.gz | 582.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6aje.ent.gz | 482.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6aje.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6aje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6aje | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48792.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム) 遺伝子: ETH_00004975 / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: U6KL66, dihydroorotate dehydrogenase (quinone) #2: 化合物 | ChemComp-FMN / #3: 化合物 | ChemComp-ORO / #4: 化合物 | ChemComp-9AU / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 1.8 M Triammonium citrate, 1 mM ferulenol PH範囲: 7.0-7.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.65→50 Å / Num. obs: 24158 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.65→3.71 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.797 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 1187 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6AJ5 解像度: 3.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.767 / SU B: 96.038 / SU ML: 0.684 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.874 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.906 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.65→20 Å
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拘束条件 |
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