PDB-6aje: Crystal structure of DHODH in complex with ferulenol from Eimeria...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aje

タイトル

Crystal structure of DHODH in complex with ferulenol from Eimeria tenella

要素

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Coccidium / mitochondria / electron transport chain / dihydroorotate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.65 Å

データ登録者

Shiba, T. / Inaoka, D.K. / Sato, D. / Hartuti, E.D. / Amalia, E. / Nagahama, M. / Yoshioka, Y. / Matsubayashi, M. / Balogun, E.O. / Tsuji, N. ...

引用

ジャーナル: Genes (Basel) / 年: 2020
タイトル: Structural and Biochemical Features of Eimeria tenella Dihydroorotate Dehydrogenase, a Potential Drug Target.
著者: Sato, D. / Hartuti, E.D. / Inaoka, D.K. / Sakura, T. / Amalia, E. / Nagahama, M. / Yoshioka, Y. / Tsuji, N. / Nozaki, T. / Kita, K. / Harada, S. / Matsubayashi, M. / Shiba, T.

履歴

登録	2018年8月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aje.cif.gz	582 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aje.ent.gz	482.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6aje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6aje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aj5SC 6idjC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6i4b-1 1zkl-d 2yxv-1 4gxw-1 6acb-d 1rgu-2 2nqj-1 5m3w-d 5jo3-d 6zwf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

C: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

D: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

199 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	132.984, 132.984, 214.998
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase 分子量: 48792.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム) 遺伝子: ETH_00004975 / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: U6KL66, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸分子量: 156.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-9AU / 4-oxidanyl-3-[(2~{E},6~{E})-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienyl]chromen-2-one / フェルレノ-ル分子量: 366.493 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₀O₃
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 1.8 M Triammonium citrate, 1 mM ferulenol PH範囲: 7.0-7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.65→50 Å / Num. obs: 24158 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 3.65→3.71 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.797 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 1187 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6AJ5

6aj5

解像度: 3.65→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.886 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.767 / SU B: 96.038 / SU ML: 0.684 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.874 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30334	1089	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22104	-	-	-
obs	0.22508	21056	92.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.906 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.01 Å²	-0.51 Å²	0 Å²
2-	-	-1.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.65→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11764	0	276	0	12040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	12267
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11982
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.522	2.006	16595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.03	3	27543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.934	5	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.894	23.578	545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.687	15	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.845	15	113
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	13711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2702
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.042	3.929	6016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.041	3.928	6015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.904	5.883	7506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.904	5.884	7507
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.697	4.066	6251
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.697	4.066	6252
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.373	6.078	9090
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.033	31.757	14452
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.032	31.759	14453
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.65→3.742 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	65	-
R_work	0.316	1026	-
obs	-	-	63.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3224	0.1798	0.082	2.1193	0.258	0.2786	0.107	0.1231	0.0959	0.0735	-0.053	-0.1595	-0.1058	0.0146	-0.054	0.3685	-0.0655	0.056	0.2891	0.0025	0.0312	12.8684	-129.8474	174.8159
2	1.2746	0.601	0.6152	1.3152	0.0932	1.163	-0.0935	0.1477	-0.0215	-0.0213	0.0588	0.125	-0.0195	0.1923	0.0347	0.3198	0.0383	-0.015	0.1575	-0.1001	0.1218	23.0789	-103.9673	204.0297
3	0.6807	-0.3558	0.2668	1.2077	0.2869	1.6072	0.0681	0.0324	-0.1218	0.2952	-0.0827	0.1535	-0.0268	0.2491	0.0146	0.3484	-0.0603	0.0443	0.2755	0.0484	0.0491	46.6824	-136.6839	140.6698
4	0.7916	-0.1303	0.1897	0.9505	0.1902	1.1339	-0.0304	-0.0955	0.3068	-0.1546	-0.1857	0.0204	-0.195	-0.0455	0.2161	0.3689	0.1107	-0.0423	0.083	-0.0854	0.2826	18.3862	-108.0783	116.2265

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 501
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 501
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	37 - 501
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	37 - 501

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関連情報:EMDBヘッダ

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