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- PDB-6aix: Crystal structure of DXO in complex with adenosine 3', 5' bisphos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aix
タイトルCrystal structure of DXO in complex with adenosine 3', 5' bisphosphate and two magnesium ions
要素Decapping and exoribonuclease protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / 5[prime]-3[prime] exoribonuclease / DXO / adenosine 3[ prime] and 5[prime] bisphosphate / nuclease inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / RNA destabilization / mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / nucleic acid metabolic process / nuclear mRNA surveillance / 5'-3' exonuclease activity / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 ...RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / RNA destabilization / mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / nucleic acid metabolic process / nuclear mRNA surveillance / 5'-3' exonuclease activity / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / mRNA binding / nucleotide binding / magnesium ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RAI1-like / RAI1-like family / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Decapping and exoribonuclease protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chang, J.H. / Tong, L.
資金援助 韓国, 米国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2016R1C1B2009691 韓国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118093 米国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Molecular mechanism for the inhibition of DXO by adenosine 3',5'-bisphosphate.
著者: Yun, J.S. / Yoon, J.H. / Choi, Y.J. / Son, Y.J. / Kim, S. / Tong, L. / Chang, J.H.
履歴
登録2018年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decapping and exoribonuclease protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6084
ポリマ－43,1331
非ポリマー4763
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.460, 87.872, 50.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Decapping and exoribonuclease protein / DXO / Dom-3 homolog Z


分子量: 43132.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dxo, Dom3z, Ng6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O70348, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; ...参照: UniProt: O70348, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 100mM pAp, 10mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 33976 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.8→40.512 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1992 2015 6 %
Rwork0.1697 --
obs0.1715 33590 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2889 0 29 399 3317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8254195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6282508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051421
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7978-1.84280.24541350.20372089X-RAY DIFFRACTION92
1.8428-1.89260.23611480.19232209X-RAY DIFFRACTION98
1.8926-1.94830.22291390.18832288X-RAY DIFFRACTION98
1.9483-2.01120.23461390.1882252X-RAY DIFFRACTION99
2.0112-2.0830.23291440.18742256X-RAY DIFFRACTION99
2.083-2.16640.22761490.17182240X-RAY DIFFRACTION99
2.1664-2.2650.22311460.17722267X-RAY DIFFRACTION99
2.265-2.38440.20851490.1782283X-RAY DIFFRACTION99
2.3844-2.53380.24381400.1812263X-RAY DIFFRACTION100
2.5338-2.72940.25251390.18232294X-RAY DIFFRACTION100
2.7294-3.0040.19891430.17422283X-RAY DIFFRACTION100
3.004-3.43850.16941470.16412289X-RAY DIFFRACTION100
3.4385-4.33130.16731490.14722300X-RAY DIFFRACTION100
4.3313-40.52190.17061480.16322262X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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